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- PDB-4ofv: Refinement of RAGE-DNA complex in 3S58 without DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ofv
タイトルRefinement of RAGE-DNA complex in 3S58 without DNA
要素Advanced glycosylation end product-specific receptor
キーワードPROTEIN BINDING / Ig domain / receptor / S100 proteins advanced glycation end products Ab oligomers DNA / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / glucose mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of DNA-templated DNA replication / positive regulation of dendritic cell differentiation / negative regulation of long-term synaptic depression ...advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / glucose mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of DNA-templated DNA replication / positive regulation of dendritic cell differentiation / negative regulation of long-term synaptic depression / regulation of p38MAPK cascade / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / induction of positive chemotaxis / transcytosis / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / S100 protein binding / protein localization to membrane / regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / regulation of spontaneous synaptic transmission / scavenger receptor activity / laminin receptor activity / positive regulation of double-strand break repair / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of activated T cell proliferation / response to amyloid-beta / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / negative regulation of long-term synaptic potentiation / phagocytic cup / phagocytosis / transport across blood-brain barrier / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of interleukin-6 production / response to wounding / fibrillar center / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / cell junction / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / regulation of inflammatory response / molecular adaptor activity / histone binding / learning or memory / response to hypoxia / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynapse / apical plasma membrane / inflammatory response / protein-containing complex binding / cell surface / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Advanced glycosylation end product-specific receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yatime, L. / Andersen, G.R.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2013
タイトル: RAGE is a nucleic acid receptor that promotes inflammatory responses to DNA.
著者: Sirois, C.M. / Jin, T. / Miller, A.L. / Bertheloot, D. / Nakamura, H. / Horvath, G.L. / Mian, A. / Jiang, J. / Schrum, J. / Bossaller, L. / Pelka, K. / Garbi, N. / Brewah, Y. / Tian, J. / ...著者: Sirois, C.M. / Jin, T. / Miller, A.L. / Bertheloot, D. / Nakamura, H. / Horvath, G.L. / Mian, A. / Jiang, J. / Schrum, J. / Bossaller, L. / Pelka, K. / Garbi, N. / Brewah, Y. / Tian, J. / Chang, C. / Chowdhury, P.S. / Sims, G.P. / Kolbeck, R. / Coyle, A.J. / Humbles, A.A. / Xiao, T.S. / Latz, E.
履歴
登録2014年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.52025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Remark 0THE ENTRY PDB ID 4OFV REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF X-RAY DATA OF ENTRY PDB ID 3S58

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Advanced glycosylation end product-specific receptor
B: Advanced glycosylation end product-specific receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3912
ポリマ－48,3912
非ポリマー00
水00
1
A: Advanced glycosylation end product-specific receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1961
ポリマ－24,1961
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Advanced glycosylation end product-specific receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1961
ポリマ－24,1961
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.920, 77.920, 224.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and resid 1:117
211chain B and resid 1:117
112chain A and resid 119:233
212chain B and resid 119:233

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.491606, -0.87081, -0.003618), (-0.870817, -0.491601, -0.002298), (0.000223, 0.00428, -0.999991)0.063846, 0.287838, -24.7736
2given(0.503308, -0.864104, 0.002295), (-0.864107, -0.503309, -4.17635), (0.001191, -0.001962, -0.999997)-0.094826, -0.258608, -25.0128

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要素

#1: タンパク質 Advanced glycosylation end product-specific receptor / Receptor for advanced glycosylation end products


分子量: 24195.580 Da / 分子数: 2 / 断片: VC1 fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGER, RAGE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15109
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.61 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 3S58
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: 12% PEG6000, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: THE ENTRY USES THE SF FILE FROM ENTRY PDB ID 3S58
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 13817 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 76.7 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.3_1479精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3S58

3s58
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.1→43.14 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 28.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 683 4.98 %
Rwork0.22 --
obs0.221 13727 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 94.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→43.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3274 0 0 0 3274
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023365
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6734574
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9161292
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004606
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A738X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B738X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
21A872X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B872X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.104-3.34360.32711410.2692481X-RAY DIFFRACTION95
3.3436-3.67990.30291360.24532630X-RAY DIFFRACTION100
3.6799-4.2120.22591440.20752634X-RAY DIFFRACTION100
4.212-5.30510.19441350.18872644X-RAY DIFFRACTION100
5.3051-43.1420.23771270.22922655X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8141.1068-0.77017.32230.59565.86540.4338-0.48650.15330.695-0.3493-0.303-0.65620.0794-0.39870.8040.05590.07740.60270.08960.700936.1235-7.8076-8.6239
25.05031.2740.59825.431-0.58395.5792-0.28150.3349-0.2996-0.77590.25520.13430.2929-0.35430.03320.6115-0.04750.02050.82290.09450.727824.8597-27.6528-16.2887
32.3467-1.1603-2.31344.6673-0.4926.33230.68740.2340.2165-0.5265-0.2401-0.0864-0.3610.2157-0.15190.87450.18820.20360.77660.09080.773352.6745-11.8842-46.0145
44.40120.76360.75862.4733-2.67136.27590.1137-0.9474-0.24480.0390.44710.21090.2233-0.428-0.27490.67620.0592-0.031.06830.21420.786236.6343-39.812821.3353
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 23:118 )A23 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 23:118 )B23 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 119:233 )A119 - 233
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 119:234 )B119 - 234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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