PDB-4ofq: Structure of the C-terminal domain of the Streptococcus pyogenes ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ofq

タイトル

Structure of the C-terminal domain of the Streptococcus pyogenes antigen I/II-family protein AspA

要素

Putative cell surface protein

キーワード

CELL ADHESION / Beta sandwich / Adhesin / Cell surface

機能・相同性

機能・相同性情報

cell wall / membrane => GO:0016020 / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hall, M. / Nylander, A. / Jenkinson, H.F. / Persson, K.

引用

ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2014
タイトル: Structure of the C-terminal domain of AspA (antigen I/II-family) protein from Streptococcus pyogenes.
著者: Hall, M. / Nylander, S. / Jenkinson, H.F. / Persson, K.

履歴

登録	2014年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ofq.cif.gz	299.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ofq.ent.gz	240.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ofq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/4ofq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/4ofq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2woyS 3opuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3opu-1 2wza-d 3opu-5 6dhw-2 3opu-4 2wqs-d 3hda-d 3opu-6 3opu-3 5le3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative cell surface protein

B: Putative cell surface protein

ヘテロ分子

78 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative cell surface protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative cell surface protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.002, 104.979, 74.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Putative cell surface protein 分子量: 38949.688 Da / 分子数: 2 / 断片: C23 domain residues 971-1307 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 株: MGAS6180 / 遺伝子: M28_Spy1325 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q48S75
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 984 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% glycerol ethoxylate, 10% tetrahydrofuran, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5417 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月21日
放射	モノクロメーター: Helios mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.798→31.67 Å / Num. all: 70996 / Num. obs: 70996 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 15.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.062
反射シェル	解像度: 1.798→1.863 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 6553 / % possible all: 82.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
APEX		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
SAINT		データ削減
SADABS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OPU and 2WOY

3opu

2woy

解像度: 1.8→31.669 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	3553	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1815	-	-	-
obs	0.1839	70928	97.8 %	-
all	-	70996	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.669 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5282	0	2	984	6268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5495
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.045	7450
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.019	1999
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	839
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	956

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8247	0.3798	99	0.3355	2178	X-RAY DIFFRACTION	79
1.8247-1.8507	0.3695	137	0.3038	2336	X-RAY DIFFRACTION	87
1.8507-1.8783	0.3168	140	0.274	2463	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8783-1.9077	0.3087	137	0.2592	2657	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9077-1.939	0.2667	132	0.2285	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
1.939-1.9724	0.2729	131	0.2145	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9724-2.0083	0.2593	146	0.2171	2708	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0083-2.0469	0.2375	152	0.204	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0469-2.0886	0.2316	151	0.2085	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0886-2.1341	0.2971	137	0.2046	2700	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1341-2.1837	0.2768	152	0.2044	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1837-2.2383	0.2696	149	0.198	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2383-2.2988	0.2364	144	0.1938	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2988-2.3664	0.254	143	0.1932	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3664-2.4428	0.2373	144	0.1889	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4428-2.53	0.2785	131	0.1909	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.6313	0.2303	138	0.184	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6313-2.751	0.2484	164	0.1825	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.751-2.8959	0.2372	141	0.1822	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8959-3.0772	0.2588	153	0.1824	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0772-3.3146	0.19	148	0.1709	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3146-3.6477	0.1844	161	0.1518	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6477-4.1745	0.1602	142	0.1385	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1745-5.2555	0.1707	134	0.1225	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2555-31.6735	0.2199	147	0.1609	2978	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9309	-0.6828	-0.4129	1.142	0.4936	2.1002	-0.046	-0.1079	0.0074	0.0385	-0.0057	0.0961	-0.0199	-0.3298	0.0461	0.0609	-0.0059	0.0284	0.1898	-0.0304	0.1312	54.827	21.084	5.888
2	1.5677	0.0192	0.2197	2.2106	0.19	2.3339	0.0028	0.0874	0.2156	-0.0743	-0.1087	-0.0976	-0.3441	0.0752	0.079	0.1144	-0.0041	-0.0076	0.0459	0.0276	0.1668	30.375	8.389	14.26
3	0.9006	-1.1217	0.0459	2.8507	-0.5839	2.1528	-0.0862	-0.0876	0.0309	0.2968	0.0933	0.0717	-0.3466	0.0411	-0.0116	0.1353	-0.012	0.0127	0.1398	0.0038	0.0895	30.092	4.401	16.277
4	1.1679	-1.2383	-0.4028	3.1349	0.3649	1.587	0.1091	0.0919	0.1002	-0.1778	-0.0892	-0.1105	-0.1784	0.0458	-0.0137	0.0867	-0.0125	0.0077	0.0902	0.0008	0.0754	55.885	20.368	5.999

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ((resseq 970:1306))	A	970 - 1306
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and ((resseq 972:1306))	B	972 - 179
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and ((resseq 1401:1965))	B	1401 - 1965
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and ((resseq 1401:2019))	A	1401 - 2019

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