PDB-4ofo: Crystal structure of YntA from Yersinia pestis, unliganded form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ofo

タイトル

Crystal structure of YntA from Yersinia pestis, unliganded form

要素

Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Nickel import / Periplasmic / ABC-type importer / extracytoplasmic nickel-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Lebrette, H. / Cavazza, C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
著者: Lebrette, H. / Brochier-Armanet, C. / Zambelli, B. / de Reuse, H. / Borezee-Durant, E. / Ciurli, S. / Cavazza, C.

履歴

登録	2014年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ofo.cif.gz	770.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ofo.ent.gz	649 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ofo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ofo_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ofo_full_validation.pdf.gz	470.7 KB	表示
XML形式データ	4ofo_validation.xml.gz	66.1 KB	表示
CIF形式データ	4ofo_validation.cif.gz	88.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/4ofo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/4ofo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oerC 4oesC 4oetC 4oeuC 4oevC 4oflC 3ry3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ry3-2 3ry3-1 4oet-1 1jdy-1 4ofl-1 1vkl-1 4dcy-1 1uiu-1 4dcx-2 5f9c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA

B: Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA

C: Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA

D: Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA

ヘテロ分子

220 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.230, 144.690, 149.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA / Putative substrate-binding periplasmic protein of ABC transporter / YpYntA 分子量: 55003.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: oppA4, y1231, YP_2461, YPO2660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CJS8, UniProt: A0A2U2H355*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 17 % PEG 6K, 50 mM HEPES pH 7.5 + NiCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→47.932 Å / Num. all: 44590 / Num. obs: 44529 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / R_sym value: 0.126 / Net I/σ(I): 12.61
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / R_sym value: 0.723 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RY3

3ry3

解像度: 3→47.932 Å / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.14 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2243	2275	5.11 %
R_work	0.1943	-	-
obs	0.1955	44529	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→47.932 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15476	0	4	27	15507

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	15936
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	21764
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.444	5680
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	2320
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2832

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0001-3.0653	0.3384	138	0.2772	2618	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0653-3.1366	0.3127	136	0.2626	2585	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1366-3.2151	0.3055	138	0.2463	2612	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2151-3.302	0.2486	138	0.2415	2621	X-RAY DIFFRACTION	95
3.302-3.3991	0.2397	138	0.2259	2626	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3991-3.5088	0.2656	136	0.2137	2593	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5088-3.6341	0.2441	138	0.214	2616	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6341-3.7796	0.2234	138	0.1992	2620	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7796-3.9515	0.255	138	0.1932	2613	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9515-4.1597	0.228	138	0.187	2640	X-RAY DIFFRACTION	95
4.1597-4.4202	0.1945	140	0.1735	2648	X-RAY DIFFRACTION	95
4.4202-4.7612	0.1945	138	0.1638	2629	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7612-5.2397	0.1987	141	0.1613	2669	X-RAY DIFFRACTION	95
5.2397-5.9966	0.2421	141	0.1788	2683	X-RAY DIFFRACTION	95
5.9966-7.5501	0.2088	142	0.1843	2700	X-RAY DIFFRACTION	95
7.5501-47.0355	0.1677	149	0.1791	2821	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3347	-0.3739	0.1254	2.7885	0.2179	2.2543	-0.0153	-0.093	-0.008	0.2073	0.1555	-0.7339	-0.1326	0.2334	-0.1703	0.4195	0.0436	-0.0232	0.3566	-0.021	0.6017	45.3257	26.5829	177.6356
2	2.3769	-0.9224	0.5291	1.9869	0.1247	1.8519	-0.0423	-0.464	-0.2519	0.5278	0.1441	-0.657	0.1556	-0.0049	-0.078	0.4851	0.0407	-0.1446	0.3516	0.0737	0.6817	44.1931	23.5178	182.8513
3	2.8308	-2.4463	-0.01	2.1941	-0.1633	0.2589	-0.2649	-0.3578	0.2903	0.31	0.4669	-1.086	0.3651	0.6349	-0.28	0.5818	0.0485	-0.2881	0.7128	-0.1841	1.312	64.2422	38.2356	190.6377
4	1.394	-0.6293	0.3268	3.7613	1.02	1.0154	0.1302	-0.1355	0.1383	0.072	0.1356	-1.3959	-0.0418	0.1109	-0.1696	0.4214	-0.067	-0.0531	0.3099	-0.0391	0.8779	47.5183	54.2661	190.2844
5	3.5063	2.0209	0.04	2.4621	0.2768	1.793	-0.1307	0.0145	-0.3588	-0.133	0.0827	-0.2642	0.1694	-0.2935	0.0434	0.4095	-0.0413	0.0284	0.3551	-0.0182	0.2551	9.6875	30.154	198.3861
6	0.6149	0.4405	-0.4373	0.9746	-0.4681	2.1713	0.052	0.0916	0.0419	0.0762	0.094	0.1593	-0.0582	-0.4711	-0.1186	0.2699	-0.0075	0.0072	0.3963	0.0389	0.2972	1.7999	38.7514	171.2266
7	2.1113	0.9249	-1.7788	0.787	-0.1025	2.7597	-0.1475	-0.0582	-0.1931	0.1071	0.0367	-0.0222	0.1923	0.1991	0.0341	0.4927	0.0122	0.061	0.437	0.0148	0.4603	27.7934	83.9055	150.1275
8	3.1108	0.6472	-1.6713	1.0272	-0.7708	1.7797	0.0216	-0.4024	0.0924	0.2026	-0.0131	0.0533	-0.2121	0.2238	0.0118	0.4901	-0.0347	0.0226	0.3809	-0.0153	0.3018	33.4463	87.5108	152.2773
9	2.0276	-1.7118	-1.8704	1.5052	1.6952	1.8999	-0.1521	0.0095	-0.4051	0.3368	-0.1586	0.4185	0.1877	-0.5712	0.2699	0.4009	0.0449	0.0624	0.4811	0.0224	0.4026	11.5516	70.7535	153.4865
10	0.7592	0.0257	-0.1502	2.4061	-0.025	0.7934	-0.07	-0.0088	-0.0493	-0.0312	0.0561	0.1322	-0.0177	-0.0086	0.0052	0.2526	-0.0019	0.0015	0.303	-0.022	0.171	26.2772	57.5153	141.8405
11	2.9688	0.1676	1.5471	1.2674	-0.156	2.7274	-0.3247	-0.452	0.712	0.1344	-0.1444	-0.2267	-0.2438	0.2119	0.378	0.3867	-0.0165	-0.0575	0.741	-0.1187	0.7503	66.8095	70.0973	159.0103
12	0.8049	-0.5479	0.1098	1.0836	-0.9067	1.9619	-0.032	0.9606	0.4772	-0.0779	-0.4766	-0.5955	-0.0344	1.1458	0.379	0.3915	-0.0684	0.1179	1.4494	0.3224	0.8433	72.0473	78.2607	130.3038

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 197 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 198 through 232 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 233 through 498 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 197 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 198 through 498 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 2 through 54 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 55 through 197 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 198 through 232 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 233 through 498 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 2 through 197 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 198 through 498 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)