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- PDB-4ofl: Crystal structure of YntA from Yersinia pestis in complex with Ni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ofl
タイトルCrystal structure of YntA from Yersinia pestis in complex with Ni(L-His)2
要素Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Nickel import / Periplasmic / ABC-type importer / extracytoplasmic nickel-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HISTIDINE / NICKEL (II) ION / Solute-binding protein / Solute-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lebrette, H. / Cavazza, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
著者: Lebrette, H. / Brochier-Armanet, C. / Zambelli, B. / de Reuse, H. / Borezee-Durant, E. / Ciurli, S. / Cavazza, C.
履歴
登録2014年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA
B: Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,7498
ポリマ－110,0072
非ポリマー7426
水1,910106
1
A: Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3754
ポリマ－55,0041
非ポリマー3713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3754
ポリマ－55,0041
非ポリマー3713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.040, 213.830, 52.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA / Putative substrate-binding periplasmic protein of ABC transporter / YpYntA


分子量: 55003.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: oppA4, y1231, YP_2461, YPO2660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CJS8, UniProt: A0A2U2H355*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-HIS / HISTIDINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 29 % PEG 10K , 50 mM Tris pH 8.5, 1 M NaCl + NiCl2 + L-His, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→46.451 Å / Num. all: 27904 / Num. obs: 26613 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 10.54
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Rsym value: 0.512 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RY3

3ry3


解像度: 2.7→46.451 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 1331 5 %
Rwork0.1928 --
obs0.1948 26600 95.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.451 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7724 0 46 106 7876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78310888
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7592848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311160
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6999-2.79640.35181330.25722515X-RAY DIFFRACTION95
2.7964-2.90830.31461350.25152579X-RAY DIFFRACTION97
2.9083-3.04070.29891330.25472526X-RAY DIFFRACTION97
3.0407-3.20090.32451340.24212546X-RAY DIFFRACTION96
3.2009-3.40140.31241350.2142553X-RAY DIFFRACTION96
3.4014-3.6640.23911310.21032488X-RAY DIFFRACTION94
3.664-4.03250.20661340.17372558X-RAY DIFFRACTION97
4.0325-4.61560.17741330.1532518X-RAY DIFFRACTION95
4.6156-5.81330.18911310.16792489X-RAY DIFFRACTION94
5.8133-46.45820.20041320.17152497X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.902-0.81561.02212.21360.26191.94870.23710.039-0.14190.2398-0.0041-0.4550.66660.4591-0.16520.67570.168-0.09720.3401-0.05170.497711.4150.705644.9806
22.3713-0.7389-1.04234.11852.60713.82080.29180.35890.2228-0.46050.2814-0.56440.55780.7816-0.56840.68230.1422-0.05980.3829-0.04010.496515.65340.329541.2867
31.71020.99430.51131.24080.16591.15490.1087-0.00120.11480.0034-0.16460.14630.10850.03270.04920.17640.04840.0070.2362-0.02090.192414.079829.006644.4543
42.36861.05931.23623.03540.48581.9226-0.07870.1868-0.2891-0.37860.03950.11740.42070.02730.01670.3011-0.04860.06430.244-0.01550.2625-0.261718.668638.4875
52.64390.49191.39463.2423-1.39262.7779-0.21520.51270.5241-0.5298-0.02230.0373-0.54380.37410.30830.7298-0.0290.01630.34660.07320.5842.560187.017526.892
61.76-0.48871.32641.93550.81914.4215-0.1730.66270.3028-0.6704-0.045-0.5812-0.57121.08470.2330.6804-0.03170.12130.55310.21250.52827.567486.763324.2907
70.56290.64480.37662.36331.18822.04080.0950.03510.2193-0.0828-0.0588-0.4462-0.16670.0191-0.01960.23480.04270.0250.25560.05660.46962.191558.901425.8296
81.88360.550.79723.00641.30612.28640.092-0.12890.38550.3517-0.0346-0.0456-0.27350.0486-0.09020.3516-0.0265-0.00630.231-0.02490.42972.840369.839541.2226
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 115 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 116 through 152 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 153 through 455 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 456 through 498 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 115 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 116 through 152 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 153 through 455 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 456 through 498 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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