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- PDB-4oec: Crystal structure of glycerophosphodiester phosphodiesterase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oec
タイトルCrystal structure of glycerophosphodiester phosphodiesterase from Thermococcus kodakarensis KOD1
要素Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / TIM Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Atsuta, Y. / You, D.J. / Takano, K. / Koga, Y. / Kanaya, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glycerophosphodiester phosphodiesterase from Thermococcus kodakarensis KOD1
著者: Atsuta, Y. / You, D.J. / Takano, K. / Koga, Y. / Kanaya, S.
履歴
登録2014年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
B: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
C: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
D: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3218
ポリマ－114,2244
非ポリマー974
水12,484693
1
A: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5802
ポリマ－28,5561
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5802
ポリマ－28,5561
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5802
ポリマ－28,5561
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5802
ポリマ－28,5561
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.724, 132.034, 171.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase


分子量: 28555.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: KOD1 / 遺伝子: TK1397 / プラスミド: pET25b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus
参照: UniProt: Q5JGZ3, glycerophosphodiester phosphodiesterase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 % / Mosaicity: 0.507 ° / Mosaicity esd: 0.002 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30%(w/v) PEG4000, 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月4日
放射モノクロメーター: horizontal focusing mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 79998 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rsym value: 0.142 / Net I/σ(I): 23.493
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.9-1.9314.40.55839431100
1.93-1.9714.40.49439561100
1.97-2.0114.30.41639601100
2.01-2.0514.40.37639351100
2.05-2.0914.30.34539861100
2.09-2.1414.50.30438991100
2.14-2.1914.20.26640201100
2.19-2.2514.20.23939051100
2.25-2.3213.90.21940021100
2.32-2.3914.10.20439511100
2.39-2.4813.80.18439591100
2.48-2.5813.70.16940331100
2.58-2.713.70.1639651100
2.7-2.8413.70.15339881100
2.84-3.0213.50.1424029199.9
3.02-3.2513.30.1374018199.9
3.25-3.5813.20.1314059199.9
3.58-4.0911.50.1154026198.9
4.09-5.1610.20.1014041198.2
5.16-50130.0954323199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2otd

2otd


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.2426 / WRfactor Rwork: 0.1901 / FOM work R set: 0.8283 / SU B: 3.673 / SU ML: 0.111 / SU R Cruickshank DPI: 0.1734 / SU Rfree: 0.1639 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2499 3998 5 %RANDOM
Rwork0.1942 ---
all0.197 ---
obs0.197 79606 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.6 Å2 / Biso mean: 30.063 Å2 / Biso min: 13.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.91 Å20 Å2
3----2.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8016 0 4 693 8713
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0228140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9781.98211008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2325988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.31224.388392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.998151560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1111572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0216036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5071.54940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.33528008
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.90633200
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9734.53000
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.943 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 277 -
Rwork0.213 5316 -
all-5593 -
obs--96.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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