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- PDB-4oe9: The crystal structure of the n-terminal domain of COMMD9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oe9
タイトルThe crystal structure of the n-terminal domain of COMMD9
要素COMM domain-containing protein 9
キーワードPROTEIN BINDING / ALL ALPHA HELICAL
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium ion transport / cholesterol homeostasis / Neddylation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / extracellular region / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
COMM domain-containing protein 9 / : / COMMD9, helical N-terminal domain / COMM domain / COMM domain / COMM domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / : / COMM domain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Hospenthal, M. / Celligoi, D. / Lott, J.S.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the architecture and membrane interactions of the conserved COMMD proteins.
著者: Healy, M.D. / Hospenthal, M.K. / Hall, R.J. / Chandra, M. / Chilton, M. / Tillu, V. / Chen, K.E. / Celligoi, D.J. / McDonald, F.J. / Cullen, P.J. / Lott, J.S. / Collins, B.M. / Ghai, R.
履歴
登録2014年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年8月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _citation.country ..._atom_site.auth_seq_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMM domain-containing protein 9
B: COMM domain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7416
ポリマ－27,1262
非ポリマー6154
水4,576254
1
A: COMM domain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9473
ポリマ－13,5631
非ポリマー3842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: COMM domain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7943
ポリマ－13,5631
非ポリマー2312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.490, 35.580, 54.300
Angle α, β, γ (deg.)104.03, 93.30, 91.11
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 COMM domain-containing protein 9


分子量: 13562.909 Da / 分子数: 2 / 断片: COMMD9, unp residues 1-117 / 変異: L67M, I101M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMMD9, HSPC166 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P000
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.38 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 28% mPEG 5000, 0.2M citric acid, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.979614, 0.976226
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月18日
放射モノクロメーター: SILICON DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9796141
20.9762261
Reflection冗長度: 5.1 % / 数: 159700 / Rmerge(I) obs: 0.069 / D res high: 1.3 Å / D res low: 34.5 Å / Num. obs: 31076 / % possible obs: 61.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRedundancy
1.31.331.810.5721.8
7.1434.593.310.0515.2
反射解像度: 1.55→32.74 Å / Num. all: 27029 / Num. obs: 27029 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique all: 3972 / % possible all: 51.5

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.1.27データスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→26.286 Å / FOM work R set: 0.907 / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 16.43 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1651 1367 5.06 %
Rwork0.1339 25644 -
obs0.1355 27011 90.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.29 Å2 / Biso mean: 13.11 Å2 / Biso min: 0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→26.286 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1784 0 40 254 2078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091883
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1582559
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.042693
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5501-1.60550.1833780.14511566164455
1.6055-1.66970.21191060.15112098220474
1.6697-1.74570.19551480.14442700284896
1.7457-1.83770.19841530.13932721287496
1.8377-1.95280.16941300.13212764289496
1.9528-2.10350.13841520.12012754290697
2.1035-2.31510.15531510.11742772292397
2.3151-2.64990.15211570.12542747290497
2.6499-3.33750.1571340.13732782291697
3.3375-26.28950.16741580.14382740289897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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