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- PDB-4oe2: 2.00 Angstroms X-ray crystal structure of E268A 2-aminomuconate 6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oe2
タイトル2.00 Angstroms X-ray crystal structure of E268A 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase from Pseudomonas fluorescens
要素2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aldehyde dehydrogenase / Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
2-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...2-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Huo, L. / Davis, I. / Liu, F. / Esaki, S. / Iwaki, H. / Hasegawa, Y. / Liu, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Crystallographic and spectroscopic snapshots reveal a dehydrogenase in action.
著者: Huo, L. / Davis, I. / Liu, F. / Andi, B. / Esaki, S. / Iwaki, H. / Hasegawa, Y. / Orville, A.M. / Liu, A.
履歴
登録2014年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase
B: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase
C: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase
D: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,36416
ポリマ－208,2504
非ポリマー3,11412
水21,4021188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22040 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area60080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.534, 141.977, 173.798
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase


分子量: 52062.555 Da / 分子数: 4 / 変異: E268A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: nbaE / プラスミド: pET16Bb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KU-7 / 参照: UniProt: Q83V33
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.1
詳細: 0.2 M Sodium phosphate dibasic dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 , pH 9.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 144988 / Num. obs: 137685 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 5.539
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.745 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SERGUIデータ収集
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4I1W

4i1w


解像度: 2→41.737 Å / FOM work R set: 0.8027 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 6545 5.04 %Random
Rwork0.1949 ---
obs0.1969 123356 95.22 %-
all-152266 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.69 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 78.22 Å2 / Biso mean: 32.2 Å2 / Biso min: 15.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5742 Å2-0 Å20 Å2
2---2.8675 Å20 Å2
3---7.4417 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.737 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14668 0 204 1188 16060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00915209
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19420699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1092344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042680
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0315364
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9814-2.00390.3121660.26313059322564
2.0039-2.02750.32282360.24794685492198
2.0275-2.05220.29892270.23714652487997
2.0522-2.07820.27862660.23814612487898
2.0782-2.10550.3092350.24424668490397
2.1055-2.13440.32352580.2424614487298
2.1344-2.16480.27522420.24384632487497
2.1648-2.19720.29692270.23844679490697
2.1972-2.23150.28962540.23234606486097
2.2315-2.26810.29542500.23634571482196
2.2681-2.30720.28742430.23384574481797
2.3072-2.34910.28182280.22824629485796
2.3491-2.39430.30212440.22794564480895
2.3943-2.44320.26132300.22934594482496
2.4432-2.49630.29082750.22964531480695
2.4963-2.55430.29522640.22744546481095
2.5543-2.61820.27762610.21244503476495
2.6182-2.6890.27192590.2114556481595
2.689-2.76810.26612400.21694548478895
2.7681-2.85740.24552460.2084542478894
2.8574-2.95950.23942420.20744527476994
2.9595-3.0780.29232370.21044543478094
3.078-3.2180.23482380.20184571480994
3.218-3.38760.22442530.19464559481295
3.3876-3.59980.21682400.18494658489896
3.5998-3.87750.19952550.16954775503098
3.8775-4.26740.1832440.15664788503298
4.2674-4.88410.16522720.14324809508198
4.8841-6.15020.2092540.17434913516799
6.1502-41.74610.21112170.17325177539499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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