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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4odm | ||||||
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タイトル | Structure of SlyD from Thermus thermophilus in complex with S2-W23A peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | ISOMERASE / CHAPERONE / FKBP domain / IF domain / peptidyl-prolyl isomerase / PPIase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / ribosomal small subunit assembly / protein refolding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Quistgaard, E.M. / Low, C. / Nordlund, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: BMC Biol. / 年: 2016 タイトル: Molecular insights into substrate recognition and catalytic mechanism of the chaperone and FKBP peptidyl-prolyl isomerase SlyD. 著者: Quistgaard, E.M. / Weininger, U. / Ural-Blimke, Y. / Modig, K. / Nordlund, P. / Akke, M. / Low, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4odm.cif.gz | 288.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4odm.ent.gz | 244.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4odm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4odm_validation.pdf.gz | 542.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4odm_full_validation.pdf.gz | 547 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4odm_validation.xml.gz | 33 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4odm_validation.cif.gz | 48.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/4odm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/4odm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 13分子 ABCDEFGHIJKLM
#1: タンパク質 | 分子量: 16768.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 遺伝子: TTHA0346 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLE7, peptidylprolyl isomerase #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1742.095 Da / 分子数: 9 / Fragment: S2-W23A peptide (UNP residues 20-34) / Mutation: W23A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0 |
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-非ポリマー , 4種, 613分子
#3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 19% PEG3350, 8% Tacsimate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9199 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月6日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9199 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→29.111 Å / Num. all: 83454 / Num. obs: 83454 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.98 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 18.31 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / Num. unique all: 6009 / Rsym value: 0.766 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→29.111 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.8 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: PDB ENTRY 3LUO
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.111 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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