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万見
- PDB-4ob9: Crystal structure of chorismate synthase from Acinetobacter bauma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ob9
タイトルCrystal structure of chorismate synthase from Acinetobacter baumannii at 2.50A resolution
要素Chorismate synthase
キーワードLYASE / Chorismate synthase / synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate synthase / chorismate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / FMN binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chorismate synthase signature 3. / Chorismate synthase, AroC fold / Chorismate synthase AroC / Chorismate synthase signature 2. / Chorismate synthase / Chorismate synthase, conserved site / Chorismate synthase AroC superfamily / Chorismate synthase / Chorismate synthase signature 1. / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chorismate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shukla, P.K. / Chaudhary, A. / Singh, N. / Sinha, M. / Bhushan, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of chorismate synthase from Acinetobacter baumannii at 2.50A resolution
著者: Shukla, P.K. / Chaudhary, A. / Singh, N. / Sinha, M. / Bhushan, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2014年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chorismate synthase
B: Chorismate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1022
ポリマ－78,1022
非ポリマー00
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area30600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.980, 89.790, 108.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Chorismate synthase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate phospholyase


分子量: 39051.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: ATCC 19606 / 遺伝子: aroC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0C7F3, chorismate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50mM Tris-HCl, 0.2M MgCl2, 20% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月13日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→108.38 Å / Num. all: 23133 / Num. obs: 23133 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.18 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.69 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LJ2

4lj2


解像度: 2.5→50.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 9.695 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.83 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26425 1166 5 %RANDOM
Rwork0.21793 ---
all0.22036 23133 --
obs0.22036 21930 91.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.406 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å2-0 Å20 Å2
2--2.56 Å2-0 Å2
3----2.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4670 0 0 211 4881
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8481.9646426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2325620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.09723.9200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.72615788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4721536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213606
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 79 -
Rwork0.314 1532 -
obs--93.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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