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- PDB-4ob4: Structure of the S. venezulae BldD DNA-binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ob4
タイトルStructure of the S. venezulae BldD DNA-binding domain
要素Putative DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / BldD DNA binding domain / helix turn helix
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
BldD, C-terminal / BldD-like, C-terminal domain superfamily / DNA-binding protein BldD-like, C-terminal domain / Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) ...BldD, C-terminal / BldD-like, C-terminal domain superfamily / DNA-binding protein BldD-like, C-terminal domain / Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者schumacher, M.A. / Tschowri, N. / Buttner, M. / Brennan, R.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Tetrameric c-di-GMP mediates effective transcription factor dimerization to control Streptomyces development.
著者: Tschowri, N. / Schumacher, M.A. / Schlimpert, S. / Chinnam, N.B. / Findlay, K.C. / Brennan, R.G. / Buttner, M.J.
履歴
登録2014年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative DNA-binding protein
B: Putative DNA-binding protein
C: Putative DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6523
ポリマ－23,6523
非ポリマー00
水1267
1
A: Putative DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8841
ポリマ－7,8841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8841
ポリマ－7,8841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8841
ポリマ－7,8841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Putative DNA-binding protein
C: Putative DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7682
ポリマ－15,7682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area7400 Å2
手法PISA
5
B: Putative DNA-binding protein

B: Putative DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7682
ポリマ－15,7682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area7700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.970, 79.970, 117.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Putative DNA-binding protein


分子量: 7883.973 Da / 分子数: 3 / 断片: DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株: ATCC 31267 / DSM 46492 / JCM 5070 / NCIMB 12804 / NRRL 8165 / MA-4680
遺伝子: bldD, SAV_6861, SCO1489 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7AKQ8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG 400, 0.1 M MgCl2, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→69.256 Å / Num. obs: 5897 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 12.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2EWT

2ewt


解像度: 2.8→69.256 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2955 590 10.01 %random
Rwork0.2297 ---
obs0.2363 5897 99.9 %-
all-5309 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.906 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.2029 Å2-0 Å2-0 Å2
2--9.2029 Å20 Å2
3----18.4058 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→69.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1617 0 0 7 1624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011641
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1652212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.095622
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7999-3.08170.38261430.29831287X-RAY DIFFRACTION100
3.0817-3.52760.3071420.23311281X-RAY DIFFRACTION100
3.5276-4.44430.28651470.21211323X-RAY DIFFRACTION100
4.4443-69.27720.26911580.221416X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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