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- PDB-4ob3: Crystal Structure of Nitrile Hydratase from Pseudonocardia thermo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ob3
タイトルCrystal Structure of Nitrile Hydratase from Pseudonocardia thermophila : A Reference Structure to Boronic Acid Inhibition of Nitrile Hydratase
要素
  • Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha
  • Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta
キーワードLYASE / Nitrile Hydratase / Nulceophile
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrile catabolic process / nitrile hydratase / nitrile hydratase activity / cobalt ion binding / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal ...Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / SH3 type barrels. - #50 / Electron transport accessory-like domain superfamily / Cyclin A; domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha / Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudonocardia thermophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Rui, W. / Salette, M. / Ruslan, S. / Richard, H. / Dali, L.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: The active site sulfenic acid ligand in nitrile hydratases can function as a nucleophile.
著者: Martinez, S. / Wu, R. / Sanishvili, R. / Liu, D. / Holz, R.
履歴
登録2014年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha
B: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8544
ポリマ－50,7032
非ポリマー1512
水8,287460
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8570 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area18870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.234, 65.234, 184.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-604-

HOH

21B-641-

HOH

31B-648-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha / L-NHase / L-nitrilase


分子量: 24119.553 Da / 分子数: 1 / 断片: Nitrile hydratase alpha subunit / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudonocardia thermophila (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SID2, nitrile hydratase
#2: タンパク質 Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta / L-NHase / L-nitrilase


分子量: 26583.645 Da / 分子数: 1 / 断片: Nitrile hydratase beta subunit / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudonocardia thermophila (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SID3, nitrile hydratase
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化温度: 276 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 1.4 M sodium citrate tribasic, 0.1 M HEPES, 20 mM Butaneboronic Acid, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 276K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月11日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→53.96 Å / Num. all: 176494 / Num. obs: 35437 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.92→2.03 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 5090 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→41.585 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2015 1734 4.99 %Random
Rwork0.175 ---
obs0.1763 34736 96.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→41.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3477 0 7 460 3944
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0173655
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0934967
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3841384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005657
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9157-1.97210.23111190.18042356X-RAY DIFFRACTION85
1.9721-2.03570.24321420.17242788X-RAY DIFFRACTION99
2.0357-2.10850.22941520.17152771X-RAY DIFFRACTION100
2.1085-2.19290.23791340.17442796X-RAY DIFFRACTION100
2.1929-2.29270.23871370.17632810X-RAY DIFFRACTION100
2.2927-2.41360.2241450.17962824X-RAY DIFFRACTION100
2.4136-2.56480.21621460.17692807X-RAY DIFFRACTION100
2.5648-2.76280.22311490.18152803X-RAY DIFFRACTION99
2.7628-3.04070.26341690.1912826X-RAY DIFFRACTION99
3.0407-3.48050.16721760.16672788X-RAY DIFFRACTION99
3.4805-4.38430.15851280.15622646X-RAY DIFFRACTION90
4.3843-41.59470.16561370.1842787X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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