PDB-4ob2: Crystal Structure of Nitrile Hydratase from Pseudonocardia thermo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ob2

タイトル

Crystal Structure of Nitrile Hydratase from Pseudonocardia thermophila bound to Butaneboronic Acid via Crystal Soaking

要素

(Cobalt-containing nitrile hydratase subunit ...) x 2

キーワード

LYASE / Nitrile Hydratase / nucleophile

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrile catabolic process / nitrile hydratase / nitrile hydratase activity / cobalt ion binding / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudonocardia thermophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Rui, W. / Salette, M. / Ruslan, S. / Richard, H. / Dali, L.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: The active site sulfenic acid ligand in nitrile hydratases can function as a nucleophile.
著者: Martinez, S. / Wu, R. / Sanishvili, R. / Liu, D. / Holz, R.

履歴

登録	2014年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年12月25日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ob2.cif.gz	203.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ob2.ent.gz	162.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ob2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/4ob2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/4ob2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ob0C 4ob1C 4ob3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ugs-d 3vyh-d 1ugq-d 1ugp-d 4ob0-d 4ob1-d 1ugr-d 4ob3-d 1ire-d 1sui-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha

B: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta

ヘテロ分子

52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.601, 65.601, 185.658
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-623- HOH
2	1	B-636- HOH
3	1	B-640- HOH
4	1	B-642- HOH

-
Cobalt-containing nitrile hydratase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha / L-NHase / L-nitrilase 分子量: 23901.277 Da / 分子数: 1 / 断片: Nitrile hydratase alpha subunit / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudonocardia thermophila (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SID2, nitrile hydratase
#2: タンパク質	Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta / L-NHase / L-nitrilase 分子量: 26583.645 Da / 分子数: 1 / 断片: Nitrile hydratase beta subunit / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudonocardia thermophila (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SID3, nitrile hydratase

-
非ポリマー , 5種, 584分子

#3: 化合物	ChemComp-BUB / 1-BUTANE BORONIC ACID / ブチルボロン酸分子量: 101.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₁BO₂
#4: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	... ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル分子量: 32.042 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄O
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化	温度: 276 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: 1.4 M sodium citrate tribasic, 0.1 M HEPES, 20 mM Phenyl Boronic Acid, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 276K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年12月15日

放射

モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.52→50 Å / Num. all: 325277 / Num. obs: 72603 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 16.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
1.52-1.55	4.4	0.824	1.5	3539	1	99.2
1.55-1.57	4.4	0.718	1.8	3567	1	99.3
1.57-1.6	4.4	0.621	2.2	3605	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.3_1479)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.52→35.944 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1828	3236	5.06 %	Random
R_work	0.1518	-	-	-
obs	0.1534	63933	87.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→35.944 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3458	0	104	550	4112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	3711
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.142	4998
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.311	1403
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	654

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5172-1.5399	0.1911	9	0.2051	315	X-RAY DIFFRACTION	10
1.5399-1.564	0.2479	29	0.1979	613	X-RAY DIFFRACTION	21
1.564-1.5896	0.2489	44	0.1954	1179	X-RAY DIFFRACTION	39
1.5896-1.617	0.2458	107	0.1983	1989	X-RAY DIFFRACTION	68
1.617-1.6464	0.2386	146	0.193	2682	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6464-1.6781	0.2387	155	0.1899	2816	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6781-1.7123	0.1955	155	0.1847	2902	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7123-1.7496	0.206	158	0.1747	2913	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7496-1.7903	0.2346	172	0.1691	2960	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7903-1.835	0.2043	165	0.1648	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
1.835-1.8846	0.2008	160	0.1609	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8846-1.9401	0.1848	143	0.1648	3018	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9401-2.0027	0.1873	144	0.1591	2988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0027-2.0743	0.1838	176	0.1484	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0743-2.1573	0.209	133	0.1533	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1573-2.2555	0.1858	173	0.149	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2555-2.3744	0.166	175	0.1484	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3744-2.5231	0.1903	164	0.1537	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5231-2.7179	0.1756	164	0.1558	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7179-2.9912	0.1946	177	0.1571	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9912-3.4238	0.168	161	0.1399	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4238-4.3125	0.1422	163	0.1219	3097	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3125-35.954	0.176	163	0.1483	3244	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6935	0.2789	0.8426	0.4249	0.4801	7.1685	-0.0678	0.0923	0.0564	-0.0367	0.0609	-0.0336	-0.1902	0.3565	-0.0265	0.1382	-0.0156	-0.0213	0.1018	0.0137	0.1582	-5.3697	-15.437	196.7627
2	0.3774	-1.2181	-0.6024	4.7712	2.0814	0.9577	-0.0773	-0.0563	0.0073	0.1797	0.1429	-0.2308	0.0517	0.1371	-0.098	0.1578	0.0103	-0.0437	0.1442	0.0078	0.1477	4.2724	-35.9282	210.2416
3	1.0457	-0.2486	0.2212	0.9969	-0.1261	0.6958	-0.0102	0.0816	-0.053	-0.0136	-0.0177	-0.058	0.1112	0.0806	0.0154	0.1274	0.0165	0.011	0.088	-0.0102	0.1019	-1.8715	-48.1207	197.0536
4	5.0219	-1.8062	1.816	2.9653	-1.5818	3.255	-0.1133	0.1258	0.3641	0.1377	-0.1436	-0.414	-0.0674	0.2322	0.2728	0.1657	0.0171	-0.0072	0.127	0.0231	0.1867	10.409	-48.137	196.7365
5	0.3798	0.2107	0.4927	0.2176	0.3823	0.9265	-0.0428	0.1146	0.1409	-0.0292	0.0449	-0.0387	-0.045	0.1624	0.0007	0.1584	-0.024	0.0025	0.1471	0.012	0.1398	-5.1249	-32.6521	190.6244
6	2.7778	0.4361	-3.0579	1.8067	-1.5437	5.3202	0.0352	-0.1424	-0.0693	0.134	-0.0556	-0.1444	0.0222	0.0269	0.0153	0.1517	-0.007	-0.0454	0.1053	0.0023	0.1345	-4.7908	-25.0775	208.9627
7	0.5807	0.3864	0.0842	0.3744	-0.0526	0.6366	0.0026	-0.002	0.0393	0.0258	0.008	0.0444	-0.0516	-0.0234	-0.0043	0.1395	0.0058	-0.0068	0.091	0.0029	0.1286	-14.1382	-26.0291	201.4886
8	5.6576	2.4082	-2.1571	2.3105	-0.9501	2.2181	-0.0019	0.013	0.5967	0.0332	0.0299	0.2833	-0.2658	-0.0793	-0.0597	0.212	0.0327	-0.0235	0.1274	-0.0067	0.2118	-12.4023	-9.3522	206.4648
9	1.0102	0.0362	-0.0293	5.2912	-3.363	3.341	-0.0613	-0.0496	0.1246	0.3195	-0.0234	-0.1812	-0.4107	0.0673	0.0762	0.1496	-0.0199	-0.0138	0.1346	-0.0217	0.1601	-0.4956	-11.444	215.1665
10	1.12	0.4634	0.7914	2.9659	3.2527	3.7099	0.0873	-0.2288	-0.1701	0.7958	-0.0337	-0.1013	0.5234	0.0031	-0.0333	0.2443	-0.0045	-0.0318	0.1552	0.0267	0.1585	-2.5068	-32.2301	220.2549
11	1.1069	0.964	0.2022	2.0402	0.6952	1.3211	0.0405	-0.1436	-0.1575	0.215	-0.0325	0.0263	0.2581	-0.0874	0.0168	0.1559	0.0144	0.0338	0.0953	0.0204	0.1454	-22.1565	-52.332	206.2631
12	0.7708	-0.2706	0.068	0.9741	0.4221	1.9472	-0.0194	-0.0043	0.0099	-0.0141	0.0274	0.0495	-0.0044	-0.0136	-0.023	0.1038	-0.0135	0.0166	0.0839	0.0056	0.1123	-22.5332	-43.5327	200.9639
13	1.9943	-0.2762	-1.1226	1.7003	-0.6472	6.1326	-0.0834	0.1792	-0.1193	-0.1595	-0.0073	0.0171	0.3582	0.0919	0.1088	0.1202	-0.0212	0.0072	0.0597	-0.0136	0.1146	-18.3102	-51.783	191.9037
14	2.112	-0.9549	-1.0866	0.9768	0.4555	2.0593	-0.0062	0.2488	-0.2779	-0.0328	-0.0686	0.0661	0.3274	-0.0509	0.0274	0.1663	0.0049	0.0051	0.0986	-0.0269	0.1222	-19.0481	-52.7947	194.2427

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 64 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 65 through 182 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 183 through 204 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 27 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 28 through 42 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 43 through 82 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 83 through 100 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 101 through 112 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 113 through 125 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 126 through 147 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 148 through 190 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 191 through 207 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 208 through 228 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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