PDB-4ob0: Crystal Structure of Nitrile Hydratase from Pseudonocardia thermo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ob0

タイトル

Crystal Structure of Nitrile Hydratase from Pseudonocardia thermophila bound to Phenyl Boronic Acid

要素

Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha
Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta

キーワード

LYASE / Nitrile Hydratase / nucleophile

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrile catabolic process / nitrile hydratase activity / nitrile hydratase / indole-3-acetonitrile nitrile hydratase activity / cobalt ion binding / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudonocardia thermophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Rui, W. / Salette, M. / Ruslan, S. / Richard, H. / Dali, L.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: The active site sulfenic acid ligand in nitrile hydratases can function as a nucleophile.
著者: Martinez, S. / Wu, R. / Sanishvili, R. / Liu, D. / Holz, R.

履歴

登録	2014年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ob0.cif.gz	208.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ob0.ent.gz	174 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ob0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ob0_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ob0_full_validation.pdf.gz	454.7 KB	表示
XML形式データ	4ob0_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	4ob0_validation.cif.gz	37.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/4ob0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/4ob0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ob1C 4ob2C 4ob3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ugs-d 3vyh-d 1ugr-d 4ob3-d 4ob2-d 1ire-d 4ob1-d 1sus-1 1ugq-d 1ugp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha

B: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta

ヘテロ分子

50.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.680, 65.680, 185.691
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-612- HOH
2	1	B-622- HOH
3	1	B-623- HOH
4	1	B-653- HOH
5	1	B-656- HOH

詳細

Heterodimer of alpha subunit and beta subunit.

#1: タンパク質	Cobalt-containing nitrile hydratase subunit alpha / L-NHase / L-nitrilase 分子量: 24032.475 Da / 分子数: 1 / 断片: Nitrile hydratase alpha subunit / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudonocardia thermophila (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SID2, nitrile hydratase
#2: タンパク質	Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta / L-NHase / L-nitrilase 分子量: 26583.645 Da / 分子数: 1 / 断片: Nitrile hydratase beta subunit / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudonocardia thermophila (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SID3, nitrile hydratase
#3: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物	ChemComp-PBC / PHENYL BORONIC ACID / フェニルボロン酸分子量: 121.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₇BO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化	温度: 276 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: 1.4 M sodium citrate tribasic, 0.1 M HEPES, 20 mM Phenyl Boronic Acid, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 276K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月22日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→30.96 Å / Num. all: 859631 / Num. obs: 139129 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.679 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 14875 / % possible all: 71

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.3_1479)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→30.96 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1861	6751	5.01 %	Random
R_work	0.1525	-	-	-
obs	0.1541	139067	95.34 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→30.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3462	0	10	629	4101

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3649
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.079	4975
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.065	1387
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	517
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	657

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.2136	0.3727	103	0.3412	2599	X-RAY DIFFRACTION	55
1.2136-1.2279	0.3729	138	0.3339	2986	X-RAY DIFFRACTION	66
1.2279-1.2429	0.3563	161	0.32	3314	X-RAY DIFFRACTION	73
1.2429-1.2586	0.3385	185	0.316	3773	X-RAY DIFFRACTION	82
1.2586-1.2752	0.3229	227	0.3024	4014	X-RAY DIFFRACTION	89
1.2752-1.2927	0.3288	216	0.2826	4429	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2927-1.3111	0.3433	249	0.2626	4503	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3111-1.3307	0.2835	242	0.2426	4561	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3307-1.3515	0.2486	251	0.2204	4556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3515-1.3736	0.2601	236	0.2037	4562	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3736-1.3973	0.2519	245	0.1834	4666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3973-1.4227	0.2189	269	0.1768	4489	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4227-1.4501	0.2057	242	0.1681	4560	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4501-1.4797	0.2202	230	0.1588	4596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4797-1.5119	0.191	236	0.1462	4599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5119-1.547	0.1854	237	0.136	4599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.547-1.5857	0.1661	260	0.1273	4564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5857-1.6286	0.1734	244	0.1211	4616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6286-1.6765	0.1577	238	0.1211	4599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6765-1.7306	0.1578	238	0.1214	4659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7306-1.7925	0.1569	263	0.1188	4547	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7925-1.8642	0.1627	267	0.1235	4627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8642-1.9491	0.1527	256	0.1258	4584	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9491-2.0518	0.1676	259	0.1165	4671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0518-2.1803	0.1487	256	0.1215	4624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1803-2.3486	0.1777	236	0.129	4668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3486-2.5849	0.1624	244	0.1358	4685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5849-2.9586	0.1743	244	0.1485	4703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9586-3.7266	0.1708	234	0.1361	4778	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7266-30.9705	0.1497	264	0.14	4966	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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