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- PDB-4oal: Crystal structure of maize cytokinin oxidase/dehydrogenase 4 (ZmC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oal
タイトルCrystal structure of maize cytokinin oxidase/dehydrogenase 4 (ZmCKO4) in complex with phenylurea inhibitor CPPU in alternative spacegroup
要素Cytokinin dehydrogenase 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / CYTOKININ OXIDASE/DEHYDROGENASE / PHENYL-UREA INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokinin dehydrogenase / cytokinin dehydrogenase activity / cytokinin metabolic process / FAD binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cytokinin dehydrogenase 1, FAD/cytokinin binding domain / Cytokinin dehydrogenase 1, FAD and cytokinin binding / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / : / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site / Oxygen oxidoreductases covalent FAD-binding site. / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 ...Cytokinin dehydrogenase 1, FAD/cytokinin binding domain / Cytokinin dehydrogenase 1, FAD and cytokinin binding / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / : / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site / Oxygen oxidoreductases covalent FAD-binding site. / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(2-chloropyridin-4-yl)-3-phenylurea / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / cytokinin dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kopecny, D. / Morera, S. / Vigouroux, A. / Koncitikova, R.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Kinetic and structural investigation of the cytokinin oxidase/dehydrogenase active site.
著者: Kopecny, D. / Koncitikova, R. / Popelka, H. / Briozzo, P. / Vigouroux, A. / Kopecna, M. / Zalabak, D. / Sebela, M. / Skopalova, J. / Frebort, I. / Morera, S.
履歴
登録2014年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22015年11月25日Group: Database references
改定 1.32016年4月20日Group: Database references
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytokinin dehydrogenase 4
B: Cytokinin dehydrogenase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,25014
ポリマ－112,5592
非ポリマー2,69212
水8,863492
1
A: Cytokinin dehydrogenase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5476
ポリマ－56,2791
非ポリマー1,2685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytokinin dehydrogenase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7038
ポリマ－56,2791
非ポリマー1,4247
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.660, 112.620, 203.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Cytokinin dehydrogenase 4


分子量: 56279.270 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-541 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: CKX4, CKX4 (CKO4) / プラスミド: pTYB12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3) / 参照: UniProt: E3T1W8, cytokinin dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-245 / 1-(2-chloropyridin-4-yl)-3-phenylurea / CPPU


分子量: 247.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10ClN3O
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0,1M HEPES pH 7,5, 50% MPD, cocrystallized with 3mM CPPU in DMSO and 5% glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月8日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→27.3 Å / Num. all: 101793 / Num. obs: 101537 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 11.44
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-2.011.42198.6
2.01-2.152.581100
2.15-2.324.671100
2.32-2.547.491100
2.54-2.8411.151100
2.84-3.2817.611100
3.28-4.0226.571100
4.02-5.6633.171100
5.66-27.334.66199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4O95

4o95


解像度: 1.9→27.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9336 / SU R Cruickshank DPI: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2178 5071 5 %RANDOM
Rwork0.2073 ---
obs0.2078 101421 99.99 %-
all-101793 --
原子変位パラメータBiso mean: 38.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.1555 Å20 Å20 Å2
2---3.4851 Å20 Å2
3---9.6405 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.315 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6850 0 172 492 7514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017213HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg19796HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2370SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes142HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1162HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7213HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.1
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion866SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8527SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4105 371 5 %
Rwork0.3764 7045 -
all0.3782 7416 -
obs--99.99 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -38.3433 Å / Origin y: -27.5956 Å / Origin z: 5.8458 Å
111213212223313233
T-0.0292 Å20.0187 Å2-0.0079 Å2--0.1615 Å20.0472 Å2--0.0091 Å2
L0.154 °20.0602 °2-0.0679 °2-0.0996 °20.238 °2--0.9362 °2
S0.0161 Å °0.0028 Å °-0.0053 Å °-0.0175 Å °0.0002 Å °0.0277 Å °-0.0453 Å °-0.0148 Å °-0.0162 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|40 - A|531 A|601 - A|602 A|603 - A|605 A|701 - A|944 B|603 - B|607 B|701 - B|948 B|40 - B|531 B|601 - B|602 }A40 - 531
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|40 - A|531 A|601 - A|602 A|603 - A|605 A|701 - A|944 B|603 - B|607 B|701 - B|948 B|40 - B|531 B|601 - B|602 }A601 - 602
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|40 - A|531 A|601 - A|602 A|603 - A|605 A|701 - A|944 B|603 - B|607 B|701 - B|948 B|40 - B|531 B|601 - B|602 }A603 - 605
4X-RAY DIFFRACTION1{ A|40 - A|531 A|601 - A|602 A|603 - A|605 A|701 - A|944 B|603 - B|607 B|701 - B|948 B|40 - B|531 B|601 - B|602 }A701 - 944
5X-RAY DIFFRACTION1{ A|40 - A|531 A|601 - A|602 A|603 - A|605 A|701 - A|944 B|603 - B|607 B|701 - B|948 B|40 - B|531 B|601 - B|602 }B603 - 607
6X-RAY DIFFRACTION1{ A|40 - A|531 A|601 - A|602 A|603 - A|605 A|701 - A|944 B|603 - B|607 B|701 - B|948 B|40 - B|531 B|601 - B|602 }B701 - 948
7X-RAY DIFFRACTION1{ A|40 - A|531 A|601 - A|602 A|603 - A|605 A|701 - A|944 B|603 - B|607 B|701 - B|948 B|40 - B|531 B|601 - B|602 }B40 - 531
8X-RAY DIFFRACTION1{ A|40 - A|531 A|601 - A|602 A|603 - A|605 A|701 - A|944 B|603 - B|607 B|701 - B|948 B|40 - B|531 B|601 - B|602 }B601 - 602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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