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- PDB-4oaj: Crystal structure of the complex between SAP97 PDZ2 and 5HT2A rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oaj
タイトルCrystal structure of the complex between SAP97 PDZ2 and 5HT2A receptor peptide
要素
  • 5-hydroxytryptamine receptor 2A peptide
  • Disks large homolog 1
キーワードPROTEIN BINDING / PDZ domain / 5HT2A receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Serotonin receptors / tissue morphogenesis / L27 domain binding / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / MPP7-DLG1-LIN7 complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of potassium ion export across plasma membrane / membrane raft organization / sensory perception of temperature stimulus ...Serotonin receptors / tissue morphogenesis / L27 domain binding / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / MPP7-DLG1-LIN7 complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of potassium ion export across plasma membrane / membrane raft organization / sensory perception of temperature stimulus / protein localization to cytoskeleton / positive regulation of heat generation / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Synaptic adhesion-like molecules / establishment of centrosome localization / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / neurofilament / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / structural constituent of postsynaptic density / epithelial structure maintenance / embryonic skeletal system morphogenesis / reproductive structure development / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of p38MAPK cascade / Trafficking of AMPA receptors / RAF/MAP kinase cascade / immunological synapse formation / myelin sheath abaxonal region / cell body fiber / lateral loop / artery smooth muscle contraction / peristalsis / smooth muscle tissue development / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / cell projection membrane / positive regulation of cytokine production involved in immune response / serotonin receptor activity / paranode region of axon / bicellular tight junction assembly / cortical microtubule organization / G protein-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of developmental growth / astral microtubule organization / serotonin receptor signaling pathway / sensitization / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / positive regulation of potassium ion transport / neurotransmitter receptor activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / hard palate development / urinary bladder smooth muscle contraction / serotonin binding / node of Ranvier / positive regulation of multicellular organism growth / amyloid precursor protein metabolic process / positive regulation of platelet aggregation / endothelial cell proliferation / lens development in camera-type eye / G alpha (q) signalling events / cortical actin cytoskeleton organization / ureteric bud development / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of myelination / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / temperature homeostasis / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of actin filament polymerization / microvillus / regulation of dopamine secretion / negative regulation of potassium ion transport / protein tyrosine kinase activator activity / basement membrane / immunological synapse / lateral plasma membrane / positive regulation of vasoconstriction / bicellular tight junction / T cell proliferation / positive regulation of execution phase of apoptosis / potassium channel regulator activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of fat cell differentiation / phosphatase binding / negative regulation of T cell proliferation / behavioral response to cocaine / actin filament polymerization / release of sequestered calcium ion into cytosol / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of glycolytic process / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / T cell activation / dendritic shaft / glycolytic process / actin filament organization
類似検索 - 分子機能
L27-1 / L27_1 / 5-Hydroxytryptamine 2A receptor / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK ...L27-1 / L27_1 / 5-Hydroxytryptamine 2A receptor / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / 5-hydroxytryptamine receptor family / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / SH3 domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxytryptamine receptor 2A / Disks large homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pandalaneni, S. / Dorr, L. / Mayans, O. / Lian, L.-Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the complex between SAP97 PDZ2 and 5HT2A receptor peptide
著者: Pandalaneni, S. / Dorr, L. / Mayans, O. / Lian, L.-Y.
履歴
登録2014年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disks large homolog 1
B: 5-hydroxytryptamine receptor 2A peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4352
ポリマ－10,4352
非ポリマー00
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.000, 45.000, 88.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Disks large homolog 1 / Embryo-dlg/synapse-associated protein 97 / E-dlg/SAP97 / Synapse-associated protein 97 / SAP-97 / SAP97


分子量: 9656.164 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ 2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dlg1, Dlgh1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q811D0
#2: タンパク質・ペプチド 5-hydroxytryptamine receptor 2A peptide


分子量: 778.894 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 465-471 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P14842
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 3.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Citric Acid pH4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.189 Å / Num. obs: 4904 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.85 % / Biso Wilson estimate: 46.23 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 17.71
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 8.64 % / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / Num. unique all: 299 / Rsym value: 0.655 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→29.189 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2542 253 5.16 %random
Rwork0.2054 ---
obs0.2079 4904 99.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.189 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数730 0 0 14 744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008738
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.103994
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.477271
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071120
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004126
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.8974 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3299 135 -
Rwork0.2356 2255 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.3859 Å / Origin y: 14.3691 Å / Origin z: 13.2993 Å
111213212223313233
T0.3355 Å2-0.0366 Å2-0.0221 Å2-0.8133 Å2-0.0856 Å2--0.4718 Å2
L1.3895 °2-1.8835 °2-1.166 °2-4.8822 °2-1.744 °2--8.334 °2
S0.2556 Å °0.4573 Å °0.0716 Å °-0.2641 Å °-0.3492 Å °-0.0484 Å °0.3872 Å °0.0979 Å °0.0768 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 315:406 ) OR ( CHAIN B AND RESID 14:20 )A315 - 406
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 315:406 ) OR ( CHAIN B AND RESID 14:20 )B14 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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