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- PDB-4oaf: Crystal structure of the cytosolic domain of mouse MiD51 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oaf
タイトルCrystal structure of the cytosolic domain of mouse MiD51
要素Mitochondrial dynamic protein MID51
キーワードTRANSFERASE / nucleotidyl transferase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mitochondrial fusion / mitochondrial fission / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of protein targeting to membrane / ADP binding / GDP binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial dynamics protein MID49/MID51 / : / Mitochondrial dynamics protein MID51-like, C-terminal domain / Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain ...Mitochondrial dynamics protein MID49/MID51 / : / Mitochondrial dynamics protein MID51-like, C-terminal domain / Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial dynamics protein MID51
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Loson, O.C. / Kaiser, J.T. / Chan, D.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: The Mitochondrial Fission Receptor MiD51 Requires ADP as a Cofactor.
著者: Loson, O.C. / Liu, R. / Rome, M.E. / Meng, S. / Kaiser, J.T. / Shan, S.O. / Chan, D.C.
履歴
登録2014年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial dynamic protein MID51
B: Mitochondrial dynamic protein MID51
C: Mitochondrial dynamic protein MID51
D: Mitochondrial dynamic protein MID51


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,0114
ポリマ－149,0114
非ポリマー00
水8,089449
1
A: Mitochondrial dynamic protein MID51
C: Mitochondrial dynamic protein MID51


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5062
ポリマ－74,5062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitochondrial dynamic protein MID51
D: Mitochondrial dynamic protein MID51


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5062
ポリマ－74,5062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.075, 78.592, 102.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Mitochondrial dynamic protein MID51 / Mitochondrial dynamic protein of 51 kDa homolog / Mitochondrial elongation factor 1 / Smith-Magenis ...Mitochondrial dynamic protein of 51 kDa homolog / Mitochondrial elongation factor 1 / Smith-Magenis syndrome chromosomal region candidate gene 7 protein-like


分子量: 37252.750 Da / 分子数: 4 / 断片: Cytosolic domain, unp residues 134-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mid51, MiD51 (aka SMCR7L), Mief1, Smcr7l / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8BGV8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPE, 700 mM Potassium sodium tartrate tetrahydrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月20日 / 詳細: K-B focusing mirrors
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.872→39.296 Å / Num. all: 110262 / Num. obs: 110262 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.87-1.972.50.0210.42.066174.8
1.97-2.092.90.0210.61.349198.4
2.09-2.242.80.0210.70.857197
2.24-2.422.90.0211.50.5196.8
2.42-2.652.90.0212.40.315197.3
2.65-2.962.90.0214.20.177196
2.96-3.422.90.0218.70.084196.9
3.42-4.192.90.02115.70.042195.4
4.19-5.922.80.02117.80.032194.3
5.92-39.2962.90.02118.90.024193.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.02 Å39.3 Å
Translation4.02 Å39.3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→32.005 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 1783 2.85 %
Rwork0.2039 --
obs0.2054 69897 95.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.3462 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10121 0 0 449 10570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710334
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14114109
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9253785
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731658
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051816
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2550.34081380.27954692X-RAY DIFFRACTION93
2.255-2.3160.33661410.25924877X-RAY DIFFRACTION97
2.316-2.38410.29051460.24914937X-RAY DIFFRACTION98
2.3841-2.4610.30941440.23574920X-RAY DIFFRACTION98
2.461-2.54890.31241430.22644871X-RAY DIFFRACTION97
2.5489-2.65090.28351430.21454867X-RAY DIFFRACTION96
2.6509-2.77150.29651390.22264711X-RAY DIFFRACTION93
2.7715-2.91760.28841440.20194929X-RAY DIFFRACTION97
2.9176-3.10020.2391460.19244927X-RAY DIFFRACTION97
3.1002-3.33940.23731420.19094848X-RAY DIFFRACTION96
3.3394-3.6750.22591410.18214766X-RAY DIFFRACTION94
3.675-4.20570.28381440.17964912X-RAY DIFFRACTION97
4.2057-5.29490.20231410.18024793X-RAY DIFFRACTION94
5.2949-32.00870.2531430.22134852X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.73910.48121.10756.12125.57748.49310.25380.3859-0.31960.46050.4235-0.49490.97981.2026-0.34930.54210.0981-0.11040.4028-0.01940.307-28.8869-2.8785-34.0916
22.1506-1.71480.63277.15220.89892.70990.1238-0.41970.32210.7891-0.3371-0.1437-0.53350.13510.23690.5563-0.0885-0.02060.4391-0.03740.3099-37.709422.7686-15.6963
30.7727-1.2920.4681.6696-0.17540.9089-0.2398-0.0850.07460.03560.1491-0.2168-0.17010.02710.05060.2592-0.03-0.01240.23850.02740.2612-46.744827.2947-32.6315
42.8305-0.82050.5611.9387-1.40873.6303-0.23290.14510.50810.1656-0.2452-0.3425-0.07070.30990.41640.28390.0172-0.01830.1857-0.01780.338-39.808436.5304-27.2772
53.1788-1.48170.6732.8054-0.34972.3720.1868-0.5710.01820.2118-0.1407-1.13840.19870.24780.0310.3805-0.0535-0.11980.45230.10030.5947-26.96720.6598-20.9077
61.07061.4874-0.00042.4782-0.73992.63050.05530.2521-0.0705-0.0502-0.17880.1885-0.0506-0.12010.15170.37540.01210.00590.18880.00820.3553-44.903923.4541-37.8836
72.3109-0.0283-0.32591.68840.80152.85820.12-0.23870.04170.1195-0.18340.1760.40130.08130.04010.43860.03570.04190.2104-0.01630.2019-39.1924.5047-39.7655
82.3302-1.5126-0.39225.47931.83632.33650.02610.4309-0.0563-0.2316-0.0521-0.05380.2548-0.0542-0.05460.4097-0.0280.01360.2435-0.0180.1854-37.69925.339-49.2943
91.0961-0.27840.60981.3485-0.06722.5596-0.05530.118-0.05590.3883-0.1129-0.08940.43070.07660.1510.6370.0495-0.04420.23620.0070.3406-49.394917.3838-2.6275
104.8110.62512.87365.2639-0.15562.1819-0.05880.5193-0.14480.0231-0.0255-0.20490.02530.53340.28580.59160.0267-0.02430.47580.00860.4418-49.91818.57833.278
111.6777-0.41681.16711.2079-1.29712.871-0.0612-0.1513-0.06520.1890.0570.017-0.5267-0.39970.00440.54930.0738-0.02580.3077-0.01630.2423-59.469640.6875-12.5203
121.7706-0.63640.41283.49150.36593.1812-0.02250.0478-0.56160.00220.11110.74150.3711-0.5061-0.10580.4913-0.0197-0.05930.3726-0.04620.4674-58.092116.9731-6.9301
131.84011.6504-2.70983.0137-0.3618.133-0.0396-0.4032-0.11240.2157-0.63380.9879-0.9163-1.35430.46410.52130.1679-0.13740.8102-0.15690.6717-62.854637.79780.2845
147.8315-1.72041.92053.2562-2.23093.2360.0064-0.2114-0.3756-0.4903-0.2686-0.4002-0.0963-0.17940.30010.6110.1057-0.05120.36880.00750.3286-45.826332.71063.4571
153.46070.28220.19434.98831.71733.74170.2045-0.0869-0.0030.3928-0.1163-0.27110.37370.4309-0.09840.61150.0712-0.05150.35170.0450.282-43.989726.844215.7962
162.6771-1.24161.38482.86040.59542.25640.0693-0.36780.07480.6104-0.1149-0.15670.3874-0.1225-0.02750.6293-0.0376-0.00410.3295-0.00850.2019-53.261231.105820.955
172.4180.7829-2.354.0382-4.77176.44470.03140.1469-0.4378-0.13190.1535-0.24210.7908-1.0678-0.27750.7317-0.138-0.07780.2620.06150.337-10.38481.4758-15.0253
184.54781.5987-0.59638.6026-1.64691.84250.28320.33150.6165-0.18990.06090.3869-0.37360.0717-0.12570.6379-0.01240.0630.4311-0.00330.1885-3.113225.4447-34.8767
191.65331.24380.77151.87760.3571.2795-0.0920.0505-0.0370.08130.1398-0.0936-0.1048-0.0459-0.03850.52510.06330.07720.2612-0.00230.25047.676633.0491-18.5856
202.18741.98750.78682.88021.46711.339-0.14760.21870.4115-0.3470.07520.4592-0.5664-0.35630.16670.57090.08720.00290.40270.06090.2418-3.338.1651-26.7678
217.40854.54972.82636.44721.72315.0226-0.41760.7706-0.81250.07560.39290.6302-0.1217-0.57230.21690.3058-0.00810.05490.3861-0.060.4834-10.182326.3692-26.4165
223.7839-1.3897-2.34373.75640.97525.2938-0.08060.12190.17420.26890.0901-0.57430.3537-0.1055-0.02660.5047-0.01210.00610.2559-0.00110.25214.350531.6522-11.6928
231.49910.3383-0.61762.3713-1.71953.026-0.0280.065-0.1163-0.0334-0.0835-0.09220.39890.12970.07570.5734-0.00580.01390.24090.03540.20071.909810.9609-7.3848
244.214-0.77620.30725.205-0.54442.12720.5235-0.0247-0.24290.8030.43681.0208-0.7426-0.34630.37710.46380.03250.15540.30710.04860.2349-11.855210.60241.1983
254.46161.15430.40031.50942.32794.15070.0487-0.0141-0.3981-0.7448-0.12270.00180.5175-0.151-0.10480.5789-0.0962-0.02260.1873-0.01620.21423.700219.3513-70.9074
260.13420.50620.91733.27942.79213.3724-0.0309-0.01-0.0149-0.01230.0192-0.01710.32410.0011-0.01390.3822-0.0087-0.00530.2453-0.0220.254711.585224.7347-43.0872
271.62590.23790.86441.68791.02722.0039-0.22680.01320.1155-0.0580.1269-0.0841-0.71890.00440.10940.3708-0.0043-0.00030.15640.00970.170320.316249.1603-39.213
281.81430.84831.07863.40410.22291.54160.01390.1838-0.57270.01520.2518-0.38720.54150.472-0.25070.45930.095-0.01020.2371-0.00110.323520.595720.9193-42.849
294.5801-1.4345-2.34762.00440.97174.62560.0169-0.3492-0.20730.3956-0.07450.0003-0.02590.43990.090.4434-0.0522-0.00460.18480.01740.118619.376343.5733-49.634
306.29561.38024.04191.54072.60854.97320.23870.8232-0.69490.4288-0.1782-0.02950.1880.0244-0.01040.5977-0.06570.02910.1699-0.01180.32780.719635.8456-56.2665
311.09891.42810.03533.24460.67682.9831-0.05140.10870.0866-0.4608-0.00140.1598-0.0827-0.03870.02490.3752-0.0211-0.00430.1588-0.00440.17877.275135.7129-67.7645
321.64481.14491.8552.74650.50282.5053-0.30510.6993-0.1106-1.16210.4832-0.65840.2020.4957-0.00740.96850.00510.16080.370.02810.311716.250930.5617-77.1155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN D AND RESID 134:154 )D134 - 154
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN D AND RESID 155:179 )D155 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN D AND RESID 180:243 )D180 - 243
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 244:277 )D244 - 277
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN D AND RESID 278:314 )D278 - 314
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 315:348 )D315 - 348
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND RESID 349:394 )D349 - 394
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 395:463 )D395 - 463
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 134:189 )B134 - 189
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 190:203 )B190 - 203
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 204:274 )B204 - 274
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 275:322 )B275 - 322
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 323:337 )B323 - 337
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 338:350 )B338 - 350
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 351:403 )B351 - 403
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 404:463 )B404 - 463
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 134:151 )C134 - 151
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 152:177 )C152 - 177
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 178:243 )C178 - 243
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN C AND RESID 244:292 )C244 - 292
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN C AND RESID 294:316 )C294 - 316
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN C AND RESID 317:342 )C317 - 342
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN C AND RESID 343:440 )C343 - 440
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN C AND RESID 441:463 )C441 - 463
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN A AND RESID 134:148 )A134 - 148
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN A AND RESID 149:208 )A149 - 208
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN A AND RESID 209:265 )A209 - 265
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN A AND RESID 266:316 )A266 - 316
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN A AND RESID 317:339 )A317 - 339
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN A AND RESID 340:355 )A340 - 355
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN A AND RESID 356:440 )A356 - 440
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN A AND RESID 441:462 )A441 - 462

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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