[日本語] English
万見
- PDB-4oaa: Crystal structure of E. coli lactose permease G46W,G262W bound to... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oaa
タイトルCrystal structure of E. coli lactose permease G46W,G262W bound to sugar
要素Lactose/galactose transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transmembrane helices helix bundles / sugar transport / symport / major facilitator superfamily / D-galactose D-galactopyranosides
機能・相同性MFS general substrate transporter like domains / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha / thiodigalactoside / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kumar, H. / Kasho, V. / Smirnova, I. / Finer-Moore, J. / Kaback, H.R. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of sugar-bound LacY.
著者: Kumar, H. / Kasho, V. / Smirnova, I. / Finer-Moore, J.S. / Kaback, H.R. / Stroud, R.M.
履歴
登録2014年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02020年8月12日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_molecule_features / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
改定 3.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lactose/galactose transporter
B: Lactose/galactose transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2954
ポリマ－93,5782
非ポリマー7172
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area34040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.560, 121.940, 264.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Lactose/galactose transporter


分子量: 46789.207 Da / 分子数: 2 / 変異: G46W, G262W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lacY, ECDH10B_1356 / プラスミド: pT7-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C21 / 参照: UniProt: B1XBJ1
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-1)-1-thio-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 358.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with S-glycosidic bond between monosaccharides, and with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: thiodigalactoside
記述子タイププログラム
[][b-D-Galp1SH]{[(1+S)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10mg/ml protein (20mM Hepes, .2% NG)and 5mM TDG against 1M NaCl, 0.05M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月25日 / 詳細: monochrometer
放射モノクロメーター: double flat, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→44 Å / Num. all: 32186 / Num. obs: 31737 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 167 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.47
反射 シェル解像度: 2.98→3.2 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 0.08 / % possible all: 61.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
PHASER位相決定
ELVES精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CFQ

2cfq


解像度: 3.5→44 Å / SU ML: 0.84 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.49 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: hydrogens in riding positions, TLS refinement in final cycles (single group) Ramachandran restraints for final cycle
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2929 1077 5.14 %
Rwork0.2565 --
obs0.2583 20954 99.38 %
all-20954 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6211 0 46 0 6257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8998750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4182170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048995
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041054
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.65920.4631430.42952442X-RAY DIFFRACTION100
3.6592-3.8520.38951250.38092437X-RAY DIFFRACTION100
3.852-4.09320.36551480.33892472X-RAY DIFFRACTION100
4.0932-4.4090.34141330.29282490X-RAY DIFFRACTION100
4.409-4.85220.33171270.23982480X-RAY DIFFRACTION100
4.8522-5.55310.3291410.25182484X-RAY DIFFRACTION100
5.5531-6.99180.36391300.27822519X-RAY DIFFRACTION100
6.9918-44.00510.21531300.21612553X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.7872 Å / Origin y: -31.7937 Å / Origin z: 33.4496 Å
111213212223313233
T1.0696 Å20.0092 Å20.1478 Å2-1.0445 Å20.0596 Å2--1.1187 Å2
L2.0633 °20.9792 °21.7654 °2-1.6818 °21.4145 °2--2.7408 °2
S-0.0735 Å °-0.082 Å °0.1345 Å °0.2288 Å °-0.0338 Å °0.2375 Å °-0.0983 Å °-0.3249 Å °0.1005 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る