タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 358.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: oligosaccharide with S-glycosidic bond between monosaccharides, and with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond 参照: thiodigalactoside
記述子
タイプ
プログラム
[][b-D-Galp1SH]{[(1+S)][b-D-Galp]{}}
LINUCS
PDB-CARE
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
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試料調製
結晶
マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.84 %
結晶化
温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10mg/ml protein (20mM Hepes, .2% NG)and 5mM TDG against 1M NaCl, 0.05M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
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データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
解像度: 3.5→44 Å / SU ML: 0.84 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.49 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: hydrogens in riding positions, TLS refinement in final cycles (single group) Ramachandran restraints for final cycle
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.2929
1077
5.14 %
Rwork
0.2565
-
-
obs
0.2583
20954
99.38 %
all
-
20954
-
溶媒の処理
減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 3.5→44 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
6211
0
46
0
6257
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
数
X-RAY DIFFRACTION
f_bond_d
0.006
6451
X-RAY DIFFRACTION
f_angle_d
0.899
8750
X-RAY DIFFRACTION
f_dihedral_angle_d
14.418
2170
X-RAY DIFFRACTION
f_chiral_restr
0.048
995
X-RAY DIFFRACTION
f_plane_restr
0.004
1054
LS精密化 シェル
解像度 (Å)
Rfactor Rfree
Num. reflection Rfree
Rfactor Rwork
Num. reflection Rwork
Refine-ID
% reflection obs (%)
3.5-3.6592
0.463
143
0.4295
2442
X-RAY DIFFRACTION
100
3.6592-3.852
0.3895
125
0.3809
2437
X-RAY DIFFRACTION
100
3.852-4.0932
0.3655
148
0.3389
2472
X-RAY DIFFRACTION
100
4.0932-4.409
0.3414
133
0.2928
2490
X-RAY DIFFRACTION
100
4.409-4.8522
0.3317
127
0.2398
2480
X-RAY DIFFRACTION
100
4.8522-5.5531
0.329
141
0.2518
2484
X-RAY DIFFRACTION
100
5.5531-6.9918
0.3639
130
0.2782
2519
X-RAY DIFFRACTION
100
6.9918-44.0051
0.2153
130
0.2161
2553
X-RAY DIFFRACTION
96
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: 19.7872 Å / Origin y: -31.7937 Å / Origin z: 33.4496 Å