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- PDB-2y5y: Crystal structure of LacY in complex with an affinity inactivator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y5y
タイトルCrystal structure of LacY in complex with an affinity inactivator
要素LACTOSE PERMEASE
キーワードTRANSPORT PROTEIN / AFFINITY INACTIVATION
機能・相同性
機能・相同性情報


lactose:proton symporter activity / lactose transport / carbohydrate:proton symporter activity / lactose binding / carbohydrate transport / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LacY/RafB permease family / LacY/RafB permease family, conserved site / LacY proton/sugar symporter / LacY family proton/sugar symporters signature 1. / LacY family proton/sugar symporters signature 2. / MFS general substrate transporter like domains / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily ...LacY/RafB permease family / LacY/RafB permease family, conserved site / LacY proton/sugar symporter / LacY family proton/sugar symporters signature 1. / LacY family proton/sugar symporters signature 2. / MFS general substrate transporter like domains / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2-sulfanylethyl beta-D-galactopyranoside / Lactose permease
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Chaptal, V. / Kwon, S. / Sawaya, M.R. / Guan, L. / Kaback, H.R. / Abramson, J.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Lactose Permease in Complex with an Affinity Inactivator Yields Unique Insight Into Sugar Recognition.
著者: Chaptal, V. / Kwon, S. / Sawaya, M.R. / Guan, L. / Kaback, H.R. / Abramson, J.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Probing the Mechanism of a Membrane Transport Protein with Affinity Inactivators.
著者: Guan, L. / Sahin-Toth, M. / Kalai, T. / Hideg, K. / Kaback, H.R.
履歴
登録2011年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LACTOSE PERMEASE
B: LACTOSE PERMEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2986
ポリマ－94,5432
非ポリマー7554
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-24.2 kcal/mol
Surface area35720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.560, 127.840, 189.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 LACTOSE PERMEASE / LACTOSE-PROTON SYMPORT


分子量: 47271.484 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: METHANE-THIO-SULFONIDE-GALACTOSIDE LINKED BY S-S BOND TO C122.
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P02920
#2: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 糖 ChemComp-TGA / 2-sulfanylethyl beta-D-galactopyranoside / METHANETHIOSULFONYL-GALACTOSIDE / 2-sulfanylethyl beta-D-galactoside / 2-sulfanylethyl D-galactoside / 2-sulfanylethyl galactoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 240.274 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O6S
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 117 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 122 TO CYS ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 117 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 122 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 148 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 154 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 176 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 234 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 333 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 353 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 355 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 117 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 122 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 148 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 154 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 176 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 234 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 333 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 353 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 355 TO ALA
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.69 %
解説: THE DATA DISPLAYED STRONG ANISOTROPY. THE NON- CORRECTED DATA WAS DEPOSITED IN THE PDB, WHILE THE CORRECTED DATA WAS INITIALLY USED TO SOLVE THE STRUCTURE, WITH BETTER DATA STATISTICS IN THE ...解説: THE DATA DISPLAYED STRONG ANISOTROPY. THE NON- CORRECTED DATA WAS DEPOSITED IN THE PDB, WHILE THE CORRECTED DATA WAS INITIALLY USED TO SOLVE THE STRUCTURE, WITH BETTER DATA STATISTICS IN THE HIGH RESOLUTION SHELLS.
結晶化pH: 6 / 詳細: PH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→28.28 Å / Num. obs: 35055 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 45.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PV7

1pv7


解像度: 3.38→28.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8747 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8565 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3027 1759 5.02 %RANDOM
Rwork0.2864 ---
obs0.2872 35055 --
原子変位パラメータBiso mean: 163.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.8398 Å20 Å20 Å2
2---6.5899 Å20 Å2
3---16.4297 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.298 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.38→28.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6177 0 32 0 6209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0096399HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg18661HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2147SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes79HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes952HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6369HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion813SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7546SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.38→3.48 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2843 127 5 %
Rwork0.2822 2413 -
all0.2823 2540 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1245-1.5090.40564.3839-0.42788.33080.0804-0.0379-0.00690.3248-0.0957-0.09570.38820.31070.01530.3659-0.1511-0.01640.32240.0039-0.241331.1006111.162165.211
20-1.38230.37373.4507-0.76728.32160.00070.2643-0.08370.2322-0.07180.2314-0.1328-0.54050.07110.3664-0.1270.0720.1761-0.0469-0.24259.32369.185167.608
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN B AND (RESID 4:801)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 4:701)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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