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- PDB-4o9x: Crystal Structure of TcdB2-TccC3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o9x
タイトルCrystal Structure of TcdB2-TccC3
要素TcdB2, TccC3
キーワードTOXIN / beta sheet / cocoon / unfolding / tc toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Shell / RHS repeat-associated core / RHS repeat-associated core / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin complex C-like repeat ...Shell / RHS repeat-associated core / RHS repeat-associated core / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin complex C-like repeat / Tripartite Tc toxins repeat / : / Rhs repeat-associated core / Integrin alpha, N-terminal / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Meusch, D. / Gatsogiannis, C. / Efremov, R.G. / Lang, A.E. / Hofnagel, O. / Vetter, I.R. / Aktories, K. / Raunser, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Mechanism of Tc toxin action revealed in molecular detail.
著者: Dominic Meusch / Christos Gatsogiannis / Rouslan G Efremov / Alexander E Lang / Oliver Hofnagel / Ingrid R Vetter / Klaus Aktories / Stefan Raunser /
要旨: Tripartite Tc toxin complexes of bacterial pathogens perforate the host membrane and translocate toxic enzymes into the host cell, including in humans. The underlying mechanism is complex but poorly ...Tripartite Tc toxin complexes of bacterial pathogens perforate the host membrane and translocate toxic enzymes into the host cell, including in humans. The underlying mechanism is complex but poorly understood. Here we report the first, to our knowledge, high-resolution structures of a TcA subunit in its prepore and pore state and of a complete 1.7 megadalton Tc complex. The structures reveal that, in addition to a translocation channel, TcA forms four receptor-binding sites and a neuraminidase-like region, which are important for its host specificity. pH-induced opening of the shell releases an entropic spring that drives the injection of the TcA channel into the membrane. Binding of TcB/TcC to TcA opens a gate formed by a six-bladed β-propeller and results in a continuous protein translocation channel, whose architecture and properties suggest a novel mode of protein unfolding and translocation. Our results allow us to understand key steps of infections involving Tc toxins at the molecular level.
履歴
登録2014年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TcdB2, TccC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,12910
ポリマ－247,3231
非ポリマー1,8059
水17,709983
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)232.360, 232.360, 143.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 TcdB2, TccC3


分子量: 247323.250 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Q8GF97 RESIDUES 1-678 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TcdB2, TccC3 chimera
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: tcdB2, TccC3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q8GF99, UniProt: Q8GF97
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 983 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Trisodium citrate pH 5.5, 0.1 M MgCl2, 0.1 M NaCl and 12 % PEG 4,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X10SA11.00717
シンクロトロンSLS X10SA21.07169
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.007171
21.071691
反射解像度: 2.17→30 Å / Num. obs: 183387 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 39.937 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.178 / Net I/σ(I): 17.47

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.17→29.773 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8489 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2155 10883 5 %RANDOM
Rwork0.1922 ---
obs0.1934 183387 92.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 348.45 Å2 / Biso mean: 41.1492 Å2 / Biso min: 16.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→29.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16589 0 9 983 17581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00817001
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16623181
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053061
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3646219
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.17-2.19520.39422950.35825566586139
2.1952-2.2210.33744820.33259121960363
2.221-2.2480.34735180.313698561037468
2.248-2.27650.32865570.2987105541111172
2.2765-2.30640.3225840.2838110561164077
2.3064-2.3380.31256280.2756118331246181
2.338-2.37140.29686560.2664124341309086
2.3714-2.40680.27297190.2556135401425994
2.4068-2.44440.26817560.2602143921514899
2.4444-2.48440.26487640.24541450615270100
2.4844-2.52730.28757590.22811444615205100
2.5273-2.57320.25537600.2251451915279100
2.5732-2.62260.25297600.22151448615246100
2.6226-2.67610.25267690.21941456815337100
2.6761-2.73430.24777610.21151449815259100
2.7343-2.79790.23627600.20971445515215100
2.7979-2.86780.23287680.20761456215330100
2.8678-2.94520.22747620.20451446915231100
2.9452-3.03180.22787690.19651450315272100
3.0318-3.12960.22137570.19541451715274100
3.1296-3.24130.22737690.19381447415243100
3.2413-3.37090.20277620.18781455915321100
3.3709-3.52410.20217610.17561447815239100
3.5241-3.70960.17247660.16581454515311100
3.7096-3.94150.1787650.15551449815263100
3.9415-4.2450.17617620.14971450715269100
4.245-4.67080.14327590.13171450015259100
4.6708-5.34330.17367680.14331456415332100
5.3433-6.71920.19457570.17361446015217100
6.7192-29.7760.19657650.1871451215277100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 110.3245 Å / Origin y: -31.9852 Å / Origin z: -61.6071 Å
111213212223313233
T0.2393 Å2-0.0134 Å20.0016 Å2-0.1375 Å2-0.0114 Å2--0.205 Å2
L0.1887 °20.0634 °2-0.0339 °2-0.1566 °2-0.0346 °2--0.2912 °2
S0.0106 Å °-0.0112 Å °0.0618 Å °-0.0321 Å °0.0043 Å °0.0218 Å °-0.0685 Å °-0.0148 Å °-0.0117 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA41 - 1295
2X-RAY DIFFRACTION1allA1351 - 1503
3X-RAY DIFFRACTION1allA1518 - 2191
4X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 2208
5X-RAY DIFFRACTION1allA9 - 2209
6X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 3283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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