PDB-4o7o: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis maltose kinase MaK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o7o

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis maltose kinase MaK

要素

Maltokinase

キーワード

TRANSFERASE / maltose kinase / kinase / ATP binding / maltose binding

機能・相同性

機能・相同性情報

maltokinase / trehalose biosynthetic process / carbohydrate phosphorylation / glycogen biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.4006 Å

データ登録者

Li, J. / Guan, X.T. / Rao, Z.H.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014
タイトル: Homotypic dimerization of a maltose kinase for molecular scaffolding.
著者: Li, J. / Guan, X. / Shaw, N. / Chen, W. / Dong, Y. / Xu, X. / Li, X. / Rao, Z.

履歴

登録	2013年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o7o.cif.gz	353.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o7o.ent.gz	292.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o7o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o7o_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o7o_full_validation.pdf.gz	474.3 KB	表示
XML形式データ	4o7o_validation.xml.gz	34.4 KB	表示
CIF形式データ	4o7o_validation.cif.gz	47.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/4o7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/4o7o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o7pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o7p-d 6z55-d 2gp4-d 7kaw-1 7kaz-1 6j33-2 6k5l-d 6j35-1 4ia5-d 7kay-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Maltokinase

B: Maltokinase

ヘテロ分子

100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.610, 96.610, 459.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Maltokinase / MaK / Maltose-1-phosphate synthase 分子量: 49931.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: mak, Rv0127 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O07177, maltokinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.33 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis-Tris, 1M (NH4)2SO4, 1% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月16日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 12.4 % / 数: 282429 / R_merge(I) obs: 0.138 / Χ²: 1.07 / D res high: 3.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 22780 / % possible obs: 99.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.89	50	99.5	1	0.073	1.056	14.2
5.47	6.89	99.9	1	0.116	1.047	12.5
4.78	5.47	99.7	1	0.137	1.067	11.9
4.34	4.78	99.4	1	0.157	1.087	11.7
4.03	4.34	99.4	1	0.202	1.086	11.9
3.79	4.03	99.1	1	0.293	1.067	12
3.6	3.79	99.1	1	0.283	1.046	12.3
3.45	3.6	99	1	0.487	1.088	12.4
3.31	3.45	99.1	1	0.615	1.081	12.5
3.2	3.31	99.1	1	0.753	1.057	12.5

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 51256 / Num. obs: 51256 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 17.6 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 35.3

反射シェル

解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

解像度: 2.4006→38.308 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8224 / SU ML: 0.37 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2438	2543	5.06 %
R_work	0.2066	47694	-
obs	0.2085	50237	98.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.405 Å² / k_sol: 0.345 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.47 Å² / B_iso mean: 64.8513 Å² / B_iso min: 21.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.8817 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.8817 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.7635 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4006→38.308 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6839	0	5	154	6998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	7330
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.249	9534
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	1069
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1257
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.48	2517

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4006-2.4467	0.35	140	0.2648	2407	2547	92
2.4467-2.4967	0.3248	131	0.2645	2465	2596	94
2.4967-2.5509	0.3038	136	0.2476	2517	2653	95
2.5509-2.6103	0.2852	134	0.2353	2557	2691	96
2.6103-2.6755	0.3481	136	0.258	2527	2663	97
2.6755-2.7479	0.3493	137	0.2467	2596	2733	98
2.7479-2.8287	0.2995	137	0.2407	2625	2762	99
2.8287-2.92	0.2824	133	0.2298	2631	2764	99
2.92-3.0243	0.3052	158	0.2279	2631	2789	99
3.0243-3.1453	0.2808	150	0.2236	2625	2775	100
3.1453-3.2884	0.2714	137	0.2181	2679	2816	100
3.2884-3.4617	0.2531	126	0.2135	2716	2842	100
3.4617-3.6784	0.2382	151	0.2005	2658	2809	100
3.6784-3.9621	0.2115	130	0.1986	2723	2853	100
3.9621-4.3603	0.2648	134	0.184	2749	2883	100
4.3603-4.9901	0.1777	148	0.1661	2766	2914	100
4.9901-6.2825	0.2265	164	0.2124	2791	2955	100
6.2825-38.3129	0.1979	161	0.1929	3031	3192	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2846	0.2661	-0.1506	0.5211	0.1798	0.4111	-0.1483	-0.0018	-0.0563	1.3443	0.3394	-0.0224	0.038	-0.2707	0.1361	1.185	0.2758	-0.0108	0.2062	0.075	0.3078	-59.4789	17.3675	9.2877
2	0.7389	-0.1445	0.3183	0.291	-0.2658	0.2781	-0.0404	0.1762	0.0935	-0.1288	0.0796	0.0213	-0.1184	-0.1427	-0.0197	0.3269	0.0185	0.0116	0.2604	0.0173	0.2363	-54.497	16.5055	-13.9962
3	0.8847	0.3154	0.1225	0.5718	-0.1212	0.4511	-0.3168	0.3532	0.0339	0.6032	0.4347	0.3084	-0.6463	-0.5003	0.045	0.4497	0.3263	0.1295	0.2334	0.1918	0.2414	-69.9441	38.3868	-19.3929
4	0.2992	-0.2327	0.2199	0.2884	-0.0816	0.5606	0.2651	0.0633	-0.2329	-0.26	0.0119	0.0723	0.5184	0.1713	-0.0984	0.4561	0.0461	-0.1036	0.2591	-0.0214	0.2627	-36.9889	2.297	-30.1917
5	0.5812	0.0098	0.2596	0.0724	-0.1469	0.5173	0.1912	-0.1088	-0.0871	0.0157	-0.1564	-0.034	-0.079	-0.0578	0.0074	0.3365	-0.0019	-0.069	0.221	0.0525	0.2763	-37.2602	10.7216	-8.3908
6	0.6677	0.1754	0.1801	0.8236	-0.2618	0.7033	-0.0056	0.0616	0.0471	0.0942	-0.1516	-0.6336	-0.0817	0.1048	0.0636	0.3269	-0.0731	-0.0479	0.2215	0.1101	0.4804	-11.4098	21.0218	-10.1303

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 6:124)	A	6 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 125:220)	A	125 - 220
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 221:454)	A	221 - 454
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 5:124)	B	5 - 124
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 125:220)	B	125 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 221:455)	B	221 - 455

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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