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万見
- PDB-4o79: Crystal Structure of Ascorbate-bound Cytochrome b561, crystal soa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o79
タイトルCrystal Structure of Ascorbate-bound Cytochrome b561, crystal soaked in 1 M L-ascorbate for 10 minutes
要素Probable transmembrane ascorbate ferrireductase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha helical membrane protein / ascorbate-dependent oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


ferric-chelate reductase activity / ascorbate ferrireductase (transmembrane) / transmembrane ascorbate ferrireductase activity / L-ascorbic acid metabolic process / Golgi apparatus / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1770 / Cytochrome b561/ferric reductase transmembrane / Cytochrome b561/Cytochrome b reductase 1-like / Eukaryotic cytochrome b561 / Cytochrome b561 domain profile. / Cytochrome b-561 / ferric reductase transmembrane domain. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ASCORBIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Transmembrane ascorbate ferrireductase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.003 Å
データ登録者Lu, P. / Ma, D. / Yan, C. / Gong, X. / Du, M. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure and mechanism of a eukaryotic transmembrane ascorbate-dependent oxidoreductase
著者: Lu, P. / Ma, D. / Yan, C. / Gong, X. / Du, M. / Shi, Y.
履歴
登録2013年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transmembrane ascorbate ferrireductase 2
B: Probable transmembrane ascorbate ferrireductase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3588
ポリマ－50,6202
非ポリマー2,7386
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8140 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area18240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.193, 108.648, 111.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Probable transmembrane ascorbate ferrireductase 2 / Cytochrome b561-1 / Artb561-2 / AtCytb561


分子量: 25310.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CYB561B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SWS1, EC: 1.16.5.1
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 糖 ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / アスコルビン酸


タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / コメント: 薬剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30% PEG400, 400mM Li2SO4, 100 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 30170 / Num. obs: 29506 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 33.72 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4O6Y

4o6y


解像度: 2.003→30.585 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8514 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2132 1499 5.08 %RANDOM
Rwork0.2017 ---
obs0.2023 29496 97.55 %-
all-30170 --
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 119.63 Å2 / Biso mean: 43.8759 Å2 / Biso min: 22.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.178 Å20 Å2-0 Å2
2---9.7047 Å2-0 Å2
3---3.5267 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.003→30.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3297 0 189 66 3552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1334958
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.941178
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0031-2.06770.29541170.27742180229785
2.0677-2.14160.26981340.24532436257095
2.1416-2.22730.2641320.234425832715100
2.2273-2.32870.22921250.208625982723100
2.3287-2.45140.22351440.186725722716100
2.4514-2.60490.19281340.185525942728100
2.6049-2.80590.18081380.177525882726100
2.8059-3.0880.21851460.187925942740100
3.088-3.53430.21791430.188926062749100
3.5343-4.45070.19021520.18222607275999
4.4507-30.58810.21481340.22312639277395
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.4521 Å / Origin y: 24.2453 Å / Origin z: -23.5938 Å
111213212223313233
T0.2454 Å2-0.021 Å20.0179 Å2-0.2878 Å20.044 Å2--0.2867 Å2
L1.1504 °2-0.3579 °20.297 °2-1.2073 °2-0.2294 °2--1.3191 °2
S0.0211 Å °0.0267 Å °-0.03 Å °0.0031 Å °-0.0377 Å °0.021 Å °0.0513 Å °0.0546 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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