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- PDB-4o6k: The crystal structure of zebrafish IL-22 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o6k
タイトルThe crystal structure of zebrafish IL-22
要素Interleukin 22
キーワードIMMUNE SYSTEM / IL-22 / interleukin-22 / zIL-22
機能・相同性Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / regulation of inflammatory response / defense response to Gram-negative bacterium / immune response / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Interleukin-22
機能・相同性情報
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Siupka, P. / Hamming, O.J. / Fretaud, M. / Luftalla, G. / Levraud, J.P. / Hartmann, R.
引用ジャーナル: Genes Immun. / 年: 2014
タイトル: The crystal structure of zebrafish IL-22 reveals an evolutionary, conserved structure highly similar to that of human IL-22.
著者: Siupka, P. / Hamming, O.J. / Fretaud, M. / Luftalla, G. / Levraud, J.P. / Hartmann, R.
履歴
登録2013年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Other
改定 1.22018年5月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin 22
B: Interleukin 22
C: Interleukin 22
D: Interleukin 22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8834
ポリマ－66,8834
非ポリマー00
水4,486249
1
A: Interleukin 22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7211
ポリマ－16,7211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Interleukin 22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7211
ポリマ－16,7211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Interleukin 22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7211
ポリマ－16,7211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Interleukin 22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7211
ポリマ－16,7211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.940, 50.440, 65.800
Angle α, β, γ (deg.)72.04, 85.94, 62.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Interleukin 22 / Uncharacterized protein


分子量: 16720.689 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 71-213 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: il22, IL-22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TLE4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.01 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.9 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→27.761 Å / Num. all: 29505 / Num. obs: 29004 / % possible obs: 98.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→27.761 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2459 2002 6.9 %
Rwork0.2223 --
obs0.2239 29004 98.3 %
all-29505 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→27.761 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4392 0 0 249 4641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2466140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8641701
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007800
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1002-2.15270.25671430.247185097
2.1527-2.21080.25361440.2443194698
2.2108-2.27590.26891410.2345192198
2.2759-2.34930.25731470.2363191798
2.3493-2.43320.26471450.2276192498
2.4332-2.53060.26651480.2342195498
2.5306-2.64570.28531370.2366191898
2.6457-2.7850.26361450.2302195998
2.785-2.95930.21541360.2347192599
2.9593-3.18750.27351470.2232191399
3.1875-3.50770.24861460.2164192799
3.5077-4.0140.20961420.2102195599
4.014-5.05220.22871430.1902196599
5.0522-27.76350.24491380.2314192898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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