PDB-4o6g: Rv3902c from M. tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o6g

タイトル

Rv3902c from M. tuberculosis

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC

機能・相同性

Immunity protein IFT-like / Immunity protein 61 / Immunity factor for TNT

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Reddy, B.G. / Moates, D.B. / Kim, H. / Green, T.J. / Kim, C. / Terwilliger, T.J. / Delucas, L.J. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: 1.55 angstrom resolution X-ray crystal structure of Rv3902c from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Reddy, B.G. / Moates, D.B. / Kim, H.B. / Green, T.J. / Kim, C.Y. / Terwilliger, T.C. / Delucas, L.J.

履歴

登録	2013年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月16日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o6g.cif.gz	86.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o6g.ent.gz	66.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o6g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o6g_validation.pdf.gz	400 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o6g_full_validation.pdf.gz	400.6 KB	表示
XML形式データ	4o6g_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	4o6g_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/4o6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/4o6g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6r4w-1 4ibq-2 6u9m-1 3hsj-d 3oqj-1 5z9l-1 2akp-1 5f5e-d 4urn-3 6ff9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.819, 91.819, 54.231
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 19546.965 Da / 分子数: 1 / 断片: Rv3902c / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC BAA-935 / AF2122/97 / 遺伝子: Mb3932c, MT4020, Rv3902c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7N519
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein Concentration 25mg/ml, 1.5M ammonium sulphate, and 200mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→39.76 Å / Num. all: 37938 / Num. obs: 37938 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Bromide Soaked SAD Crystal Structure

解像度: 1.55→39.759 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1767	1985	5.24 %
R_work	0.1654	-	-
obs	0.166	37909	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→39.759 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1374	0	0	226	1600

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1433
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.968	1945
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.103	527
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	213
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	252

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5501-1.5888	0.2909	145	0.2639	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5888-1.6318	0.2286	144	0.227	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6318-1.6798	0.207	142	0.1995	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6798-1.734	0.2002	141	0.184	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.734-1.796	0.1966	139	0.179	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.796-1.8679	0.1815	138	0.1652	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8679-1.9529	0.1754	140	0.1526	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9529-2.0559	0.1606	141	0.1437	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0559-2.1847	0.1741	140	0.1553	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1847-2.3534	0.1964	142	0.1491	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3534-2.5902	0.1727	143	0.1571	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5902-2.9649	0.1847	141	0.1689	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9649-3.735	0.1669	144	0.1539	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.735-39.772	0.1541	145	0.1695	2647	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.249	-0.6912	0.4366	1.0449	-1.5555	4.4077	-0.0049	-0.156	-0.2625	-0.0986	0.2393	0.2272	0.8789	-0.4129	-0.175	0.1351	0.0529	-0.0057	0.155	0.0445	0.1518	25.0595	26.9317	42.7732
2	2.4133	-0.2535	-0.144	3.6753	-0.3649	1.1173	-0.0127	-0.0269	-0.0395	0.0044	0.0674	-0.1372	0.1979	0.1835	-0.0542	0.1216	0.0872	-0.0098	0.1501	-0.0147	0.0958	36.5381	28.5337	42.8209
3	1.6203	0.0678	0.9932	0.4407	0.0614	4.068	0.1684	0.0684	-0.1129	-0.0497	0.0413	0.0122	0.3752	0.0546	-0.1707	0.1376	0.073	-0.0194	0.1538	0.0151	0.1243	28.8077	33.1979	32.8131
4	2.721	0.8048	1.7533	1.4565	0.6028	4.3013	-0.0763	0.296	0.2177	-0.0689	0.0241	0.0749	-0.3091	0.4099	0.0788	0.0643	0.0393	0.0235	0.2053	0.0013	0.1549	38.5129	42.9443	31.4215
5	3.5438	1.3153	2.2351	1.1214	0.5075	3.2921	-0.0594	0.0657	0.3847	-0.0962	0.0313	0.2077	-0.3092	-0.0677	0.0077	0.1262	0.0628	0.0146	0.1465	0.0109	0.1577	30.7286	42.8526	32.6054
6	5.9238	-0.6146	0.6372	3.4274	0.0542	0.0958	0.1052	0.7353	-0.0642	-0.3534	0.2492	-0.2649	0.0309	0.4715	-0.1571	0.1771	0.0886	-0.0141	0.3229	-0.0553	0.1337	28.7593	37.7367	16.6829

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 73 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 74 through 92 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 93 through 127 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 128 through 161 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 162 through 174 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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