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- PDB-4o6b: Dengue Type2 Virus Non-structural protein 1 (NS1) Form 1 crystal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o6b
タイトルDengue Type2 Virus Non-structural protein 1 (NS1) Form 1 crystal
要素Non-structural protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN / flavivirus / non-structural protein 1 / NS1
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.0005 Å
データ登録者Akey, D.L. / Smith, J.L.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Flavivirus NS1 structures reveal surfaces for associations with membranes and the immune system.
著者: Akey, D.L. / Brown, W.C. / Dutta, S. / Konwerski, J. / Jose, J. / Jurkiw, T.J. / DelProposto, J. / Ogata, C.M. / Skiniotis, G. / Kuhn, R.J. / Smith, J.L.
履歴
登録2013年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
B: Non-structural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7914
ポリマ－85,3482
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area29930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.879, 175.879, 81.419
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1 / NS1


分子量: 42674.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
株: Thailand/16681/1984 / 遺伝子: NS1 / プラスミド: pH-Op64-7
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P29990
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 21% PEG 3350, 250 mM ammonium formate pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月14日 / 詳細: K-B pair of biomorph mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.51
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 19002 / Num. obs: 17731 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 73.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.613 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 2893 / % possible all: 95.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4O6D

4o6d


解像度: 3.0005→47.006 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.37 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2175 1836 10.36 %Random
Rwork0.1847 ---
obs0.1922 17724 94.23 %-
all-19002 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 202.66 Å2 / Biso mean: 88.5512 Å2 / Biso min: 38.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.0005→47.006 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5098 0 28 0 5126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7127127
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046774
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002903
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1021938
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0005-3.08160.31751400.31371235137583
3.0816-3.17220.33181400.27671252139287
3.1722-3.27460.26731390.25561235137487
3.2746-3.39160.28111420.25011308145088
3.3916-3.52730.26441420.24161243138586
3.5273-3.68780.35311170.33091053117074
3.6878-3.88220.2411210.21861139126079
3.8822-4.12530.21391380.17461223136184
4.1253-4.44360.1971330.15721227136086
4.4436-4.89030.14991350.14711274140987
4.8903-5.5970.16881440.15161244138887
5.597-7.04780.2081390.15181259139887
7.0478-47.01190.20241430.15071259140287
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.58061.5963-0.97923.8425-2.51141.66080.3643-0.36570.23520.10930.32870.1174-1.03180.4446-0.00281.0478-0.4173-0.00380.1113-0.13640.8563-4.0947-16.2444-22.1177
24.31980.9110.47439.07651.45535.96880.2465-0.68660.3523-0.012-0.06711.154-0.9701-0.791-0.09120.60420.17290.0310.7171-0.15290.6157-29.5535-21.6114-3.4427
35.2769-1.5176-2.9222.33260.67823.39860.02720.04150.1960.1453-0.06040.27810.2938-1.3350.17160.7015-0.28360.07160.8156-0.08140.5575-27.2796-28.1855-4.3907
44.2054-1.0151-2.67342.09621.0254.977-0.2928-0.31070.0553-0.0920.3506-0.0220.92240.1006-0.0390.6609-0.056-0.16030.27210.04210.5368-6.2285-34.7666-18.7159
53.85320.31330.83330.9414-0.40123.65730.0227-0.4055-0.12350.3147-0.0984-0.39670.88961.18670.06741.04810.2565-0.13960.7174-0.01630.53465.0902-40.639-1.6196
64.69140.25421.93983.03832.90784.2082-0.23150.19651.0823-0.365-0.22670.7485-1.90390.47810.17441.104-0.48130.09970.5456-0.00671.0689-6.6065-14.9323-32.0921
72.89773.8029-0.67015.32050.13988.17870.23130.3062-0.80850.1329-0.6311-0.8042-0.10692.44150.21160.46750.1361-0.18441.45370.03921.188616.5233-35.4739-48.5575
85.1638-4.5649-1.26914.42412.6086.63780.2921-0.7880.0164-0.74480.5071-0.6805-0.44370.8956-0.39580.6424-0.1355-0.07191.03520.24330.842612.4832-31.8409-53.7997
93.4287-1.74380.71043.54011.65661.67190.29960.76670.9230.2105-0.6255-1.37380.63921.44310.35650.68070.1748-0.0161.29940.33760.77910.6976-38.5548-56.2173
107.04260.13050.48895.4581-0.14776.37690.4170.38740.08740.182-0.3116-0.08670.54920.5284-0.28690.51040.12190.08090.6819-0.08360.54947.4542-36.0276-45.678
110.3574-0.3636-0.07072.59850.23120.61640.17260.15380.0374-0.13610.2320.1696-0.13320.06150.39260.7402-0.2815-0.15490.18730.02910.7154-8.4987-27.4109-31.6552
121.82860.0679-0.12092.2456-0.56645.2939-0.033-0.12390.025-0.06910.06870.21930.24820.03890.15110.5313-0.116-0.08280.2864-0.01580.4527-11.9734-32.3032-37.236
130.20230.22810.53730.25760.6051.4494-0.18290.1040.08860.01870.2678-0.37811.0378-0.71110.00680.8601-0.29860.02670.38940.00730.6714-15.0767-38.5709-39.2806
146.67960.6455-0.2642.86910.32452.86060.28391.0753-0.1589-0.17150.03690.6310.4216-1.1397-0.33190.6083-0.0686-0.21640.74350.0050.6013-23.4816-31.7645-49.4165
154.3354-1.43490.45451.28760.39913.22670.2710.42560.2952-0.1621-0.19180.25160.5262-1.1117-0.08060.6806-0.3982-0.09951.04510.15220.5984-25.7549-32.0672-56.092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 33 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 81 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 82 through 180 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 181 through 257 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 258 through 349 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 31 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 32 through 52 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 53 through 81 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 82 through 135 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 136 through 180 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 181 through 196 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 197 through 237 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 238 through 257 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 258 through 292 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 293 through 349 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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