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- PDB-4o66: Crystal Structure of SMARCAL1 HARP substrate recognition domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o66
タイトルCrystal Structure of SMARCAL1 HARP substrate recognition domain
要素SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA Repair DNA Replication
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication factor A complex / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / replication fork processing / ATP-dependent activity, acting on DNA / helicase activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / site of double-strand break / hydrolase activity / DNA damage response ...DNA replication factor A complex / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / replication fork processing / ATP-dependent activity, acting on DNA / helicase activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / site of double-strand break / hydrolase activity / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
HARP domain / HepA-related protein (HARP) / HARP domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...HARP domain / HepA-related protein (HARP) / HARP domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mason, A.C. / Eichman, B.F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: A structure-specific nucleic acid-binding domain conserved among DNA repair proteins.
著者: Mason, A.C. / Rambo, R.P. / Greer, B. / Pritchett, M. / Tainer, J.A. / Cortez, D. / Eichman, B.F.
履歴
登録2013年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1
B: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1
C: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1
D: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,90310
ポリマ－34,4004
非ポリマー5036
水3,099172
1
A: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6962
ポリマ－8,6001
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6001
ポリマ－8,6001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9845
ポリマ－8,6001
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6232
ポリマ－8,6001
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1
B: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2963
ポリマ－17,2002
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area7210 Å2
手法PISA
6
C: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1
D: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6077
ポリマ－17,2002
非ポリマー4075
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area7250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.511, 56.634, 104.321
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 202:268 )
21chain B and (resseq 202:268 )
31chain C and (resseq 202:268 )
41chain D and (resseq 202:268 )

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and (resseq 202:268 )A0
211chain B and (resseq 202:268 )B0
311chain C and (resseq 202:268 )C0
411chain D and (resseq 202:268 )D0

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要素

#1: タンパク質
SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1 / HepA-related protein / mharp / Sucrose nonfermenting protein 2-like 1


分子量: 8599.902 Da / 分子数: 4 / 断片: HARP domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Smarcal1, Harp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8BJL0, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化温度: 294.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES, 30% PEG monomethyl ether 5,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.2K

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月6日
放射モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 26465 / Num. obs: 26465 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→49.772 Å / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.38 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1966 1367 5.17 %Random 5%
Rwork0.1685 ---
obs0.1713 26465 96.97 %-
all-26465 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.772 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2181 0 26 172 2379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142249
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3063030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.582810
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006369
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A532X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.086
12B532X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.086
13C528X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.089
14D530X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.097
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8952-1.9710.25311250.19852745X-RAY DIFFRACTION93
1.971-2.06070.20831480.18432713X-RAY DIFFRACTION91
2.0607-2.16930.21581550.1822717X-RAY DIFFRACTION91
2.1693-2.30510.20221370.1772725X-RAY DIFFRACTION91
2.3051-2.48290.2031350.17392746X-RAY DIFFRACTION91
2.4829-2.73240.22221650.18042696X-RAY DIFFRACTION90
2.7324-3.1270.20051500.16822822X-RAY DIFFRACTION93
3.127-3.93680.17811470.15422904X-RAY DIFFRACTION95
3.9368-23.68190.1821680.16143045X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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