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- PDB-4o61: Structure of human ALKBH5 crystallized in the presence of citrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o61
タイトルStructure of human ALKBH5 crystallized in the presence of citrate
要素RNA demethylase ALKBH5
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygenase / RNA demethylase / structural genomics consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / regulation of mRNA export from nucleus / oxidative RNA demethylase activity / regulation of mRNA processing / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / membraneless organelle assembly / paraspeckles ...gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / regulation of mRNA export from nucleus / oxidative RNA demethylase activity / regulation of mRNA processing / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / membraneless organelle assembly / paraspeckles / mRNA destabilization / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / regulation of translation / spermatogenesis / cell differentiation / response to hypoxia / nuclear speck / Golgi apparatus / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA demethylase ALKBH5 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Unknown ligand / RNA demethylase ALKBH5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tempel, W. / Chao, X. / Liu, K. / Dong, A. / Cerovina, T. / He, H. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structures of human ALKBH5 demethylase reveal a unique binding mode for specific single-stranded N6-methyladenosine RNA demethylation.
著者: Xu, C. / Liu, K. / Tempel, W. / Demetriades, M. / Aik, W. / Schofield, C.J. / Min, J.
履歴
登録2013年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22014年6月4日Group: Database references
改定 1.32015年7月1日Group: Database references
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA demethylase ALKBH5
B: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,24638
ポリマ－50,6782
非ポリマー56836
水4,900272
1
A: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,62319
ポリマ－25,3391
非ポリマー28418
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,62319
ポリマ－25,3391
非ポリマー28418
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.471, 57.172, 78.644
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RNA demethylase ALKBH5 / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 5 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 5


分子量: 25339.010 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 74-294 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALKBH5, ABH5, OFOXD1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2
参照: UniProt: Q6P6C2, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q6P6C2, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

-
非ポリマー , 5種, 308分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 30 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.79 %
結晶化温度: 291 K
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M diammonium citrate, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→38.43 Å / Num. obs: 34700 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.983 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured all: 15835 / Num. unique all: 2237 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.2.14データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.13データ抽出
XDSデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3H8R

3h8r


解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.1992 / WRfactor Rwork: 0.1506 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.7876 / SU B: 4.681 / SU ML: 0.13 / SU R Cruickshank DPI: 0.1524 / SU Rfree: 0.1496 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: PHASER, PARROT, ARP/WARP, BUCCANEER WERE ALSO USED DURING PHASING AND REFINEMENT. COOT WAS USED FOR INTERACTIVE MODEL BUILDING. MOLPROBITY WAS USED FOR GEOMETRY VALIDATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2303 1810 5.2 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.1738 ---
obs0.1767 34660 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.33 Å2 / Biso mean: 23.5301 Å2 / Biso min: 10.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.08 Å20 Å2-1.07 Å2
2---0.12 Å2-0 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3288 0 76 272 3636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.9744729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80637590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9515438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.3723.067163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.11615577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3881533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1112.1331702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1122.1311701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0983.1772127
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 196 -
Rwork0.244 2338 -
all-2534 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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