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万見
- PDB-4o5f: Crystal structure of Type III pantothenate kinase from Burkholder... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o5f
タイトルCrystal structure of Type III pantothenate kinase from Burkholderia thailandensis in complex with pantothenate and phosphate
要素Type III pantothenate kinase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Type III pantothenate kinase / Pantothenate / kinase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / pantothenate kinase / phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type III pantothenate kinase / Type III pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / PANTOTHENOIC ACID / PHOSPHATE ION / Type III pantothenate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Type III pantothenate kinase from Burkholderia thailandensis in complex with pantothenate and phosphate
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Fairman, J.W. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2013年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III pantothenate kinase
B: Type III pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,71715
ポリマ－58,6492
非ポリマー2,06813
水9,206511
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.440, 99.440, 112.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

HOH

21A-453-

HOH

31A-482-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Type III pantothenate kinase / PanK-III / Pantothenic acid kinase


分子量: 29324.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / 遺伝子: BTH_I0369, coaX / プラスミド: ButhA.17294.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2T1M2, pantothenate kinase

-
非ポリマー , 7種, 524分子

#2: 化合物 ChemComp-PAU / PANTOTHENOIC ACID / N-[(2R)-2,4-DIHYDROXY-3,3-DIMETHYLBUTANOYL]-BETA-ALANINE / パントテン酸


タイプ: peptide-like / 分子量: 219.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO5
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Rigaku Reagents, Wizard 3/4 c8 : 40mM KH2PO4, 16% PEG 8000, 20 % glycerol; ButhA.17924.a.A1.PS01175 at 18.1mg/ml, 5mM pantothenate, 5mM ATP, 5mM MgCl2, tray 250051c8, puck jqa3-7, direct ...詳細: Rigaku Reagents, Wizard 3/4 c8 : 40mM KH2PO4, 16% PEG 8000, 20 % glycerol; ButhA.17924.a.A1.PS01175 at 18.1mg/ml, 5mM pantothenate, 5mM ATP, 5mM MgCl2, tray 250051c8, puck jqa3-7, direct cryo, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月6日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 82475 / Num. obs: 82347 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 26.493 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 26.42
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.55-1.590.5753.82588965990199.9
1.59-1.630.4584.795809558941100
1.63-1.680.3526.175620456861100
1.68-1.730.2957.445490255541100
1.73-1.790.2279.545326853701100
1.79-1.850.17711.915162652071100
1.85-1.920.13415.824991750271100
1.92-20.10919.274831848521100
2-2.090.08723.954641746701100
2.09-2.190.06929.614408444461100
2.19-2.310.06133.84237442901100
2.31-2.450.0539.483963740071100
2.45-2.620.04643.36374263809199.9
2.62-2.830.0448.583483335621100
2.83-3.10.03654.063175832771100
3.1-3.470.0361.64287002983199.8
3.47-40.02766.43251892647199.6
4-4.90.02568.17212122272199.6
4.9-6.930.02467.23166681806199.7
6.93-500.02363.697679998192

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2f9t, modified with CCP4 program chainsaw, search with two domains

2f9t


解像度: 1.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 2.348 / SU ML: 0.044 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 4176 5.1 %RANDOM
Rwork0.1562 ---
all0.1575 82475 --
obs0.1575 82268 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.7 Å2 / Biso mean: 27.1303 Å2 / Biso min: 11.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3682 0 88 511 4281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194052
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5681.9615597
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8438893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6935563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.05221.837147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.89515577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6831534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02936
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9681.2192092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9681.2192093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6261.8222624
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 296 -
Rwork0.198 5683 -
all-5979 -
obs-5990 99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.69131.58022.1792.31781.56074.35860.1489-0.7624-0.74540.44320.0369-0.26560.77110.1629-0.18580.24240.092-0.01390.26370.08870.09114.82124.45633.302
20.4867-0.1276-0.11740.83310.50170.59710.0279-0.06270.01280.0023-0.0077-0.01630.00710.0137-0.02020.09190.00260.0170.1156-0.00610.00421.37528.44613.175
36.60370.40453.49622.10070.27677.29780.0292-0.2805-0.4726-0.01360.12270.18110.2437-1.5458-0.15190.0817-0.11140.03340.5791-0.05270.1106-27.5154.206-8.999
40.65940.1033-0.08321.04161.04291.52960.0090.1096-0.0018-0.1376-0.09440.105-0.1288-0.18660.08540.09270.0178-0.0060.1521-0.02350.0153-9.59618.218-6.305
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2A70 - 301
3X-RAY DIFFRACTION3B4 - 77
4X-RAY DIFFRACTION4B78 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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