PDB-4o57: Crystal Structure of Trichomonas vaginalis Triosephosphate Isomer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o57

タイトル

Crystal Structure of Trichomonas vaginalis Triosephosphate Isomerase Ile45-Tyr mutant (Tvag_497370)

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glycerol catabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.793 Å

データ登録者

Lara-Gonzalez, S. / Estrella-Hernandez, P. / Montero-Moran, G.M. / Benitez-Cardoza, C.G. / Brieba, L.G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Engineering mutants with altered dimer-monomer equilibrium reveal the existence of stable monomeric Triosephosphate isomerases
著者: Lara-Gonzalez, S. / Estrella-Hernandez, P. / Montero-Moran, G.M. / Benitez-Cardoza, C.G. / Brieba, L.G.

履歴

登録	2013年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o57.cif.gz	147.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o57.ent.gz	117.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o57_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o57_full_validation.pdf.gz	422.9 KB	表示
XML形式データ	4o57_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	4o57_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/4o57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/4o57	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o4vC 4o4wC 4o50C 4o52C 4o53C 4o54C 3qsr C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cg7-2 1n55-1 1tpd-1 1qds-1 1iih-d 5dlc-2 3pzu-d 1trd-3 2v0t-1 3s04-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

A: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.285, 56.346, 106.308
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase 分子量: 27568.697 Da / 分子数: 1 / 変異: I45Y / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_497370 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star rossetaII / 参照: UniProt: A2EGX9, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.78→35.436 Å / Num. all: 27186 / Num. obs: 27186 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.97 Å² / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 19.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.78-1.88	6.6	0.332	2.3	21819	3283	0.332	81.7
1.88-1.99	8	0.223	3.2	30201	3796	0.223	100
1.99-2.13	8	0.144	4.9	28436	3569	0.144	100
2.13-2.3	8	0.109	6.4	26604	3341	0.109	100
2.3-2.52	8	0.09	7.4	24744	3091	0.09	100
2.52-2.82	8	0.069	9.1	22554	2830	0.069	100
2.82-3.25	8	0.054	11.7	19703	2476	0.054	100
3.25-3.98	7.9	0.042	14.7	16816	2137	0.042	100
3.98-5.63	7.7	0.039	15.5	13113	1694	0.039	100
5.63-35.436	6.8	0.029	21.4	6634	969	0.029	96.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 40.36 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	35.44 Å
Translation	2.5 Å	35.33 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	dev_1396	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.793→35.329 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2061	1357	5 %	random
R_work	0.1769	-	-	-
obs	0.1784	27140	99.1 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 222.41 Å² / B_iso mean: 34.7005 Å² / B_iso min: 13.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.793→35.329 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1810	0	1	100	1911

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	1890
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.442	2565
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	291
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	336
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.785	661

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.793-1.857	0.2423	123	0.2082	2336	2459	92
1.857-1.9314	0.1962	136	0.1799	2581	2717	100
1.9314-2.0193	0.1889	134	0.1733	2554	2688	100
2.0193-2.1257	0.2286	135	0.1768	2559	2694	100
2.1257-2.2589	0.2061	136	0.1655	2588	2724	100
2.2589-2.4333	0.207	135	0.171	2562	2697	100
2.4333-2.678	0.1917	137	0.176	2602	2739	100
2.678-3.0654	0.2158	138	0.1868	2616	2754	100
3.0654-3.8613	0.1904	139	0.1755	2642	2781	100
3.8613-35.3356	0.2153	144	0.1754	2743	2887	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5661	0.0446	0.1955	0.2034	-0.3404	0.6873	-0.0692	-0.0885	-0.2539	-0.2837	-0.0456	-0.2313	0.1731	0.3832	0.0433	0.1863	0.0256	0.0772	0.1849	0.0523	0.2127	-9.9276	-17.8056	20.8627
2	1.2329	0.2594	0.3314	0.8415	0.6715	0.7253	-0.1103	-0.0362	0.3336	-0.05	-0.0771	-0.1926	-0.3604	0.2069	0.0002	0.2426	-0.0164	0.0202	0.2729	0.0829	0.3179	-1.7942	-0.9138	16.0779
3	1.339	0.4107	-0.6651	1.6772	0.5603	0.8866	0.0112	0.3599	0.1546	-0.4839	-0.0673	0.0766	-0.1244	0.1475	0.0125	0.2587	0.0253	0.0667	0.2704	0.07	0.1887	-4.6564	-6.6148	8.6046
4	5.3934	2.5153	1.2825	1.1682	0.5765	0.2858	0.4598	1.0456	1.4341	-0.872	-0.4942	0.2945	-0.1999	0.6616	-0.5188	0.9034	0.1982	0.2193	0.528	0.1044	0.5389	-9.2915	-8.4836	-2.6511
5	1.7097	2.0203	0.0522	6.054	3.3482	3.1033	0.1846	0.5201	0.4938	-1.3914	-0.7692	1.3529	-0.6452	-1.0894	-0.1603	0.6016	0.1403	-0.105	0.4921	-0.0708	0.3205	-20.882	-10.7949	4.81
6	0.8292	-0.0987	0.5526	0.9255	-0.4062	1.2779	0.171	0.1173	-0.0716	-0.292	-0.061	0.2733	0.0765	-0.2467	0.013	0.1814	-0.0174	0.0186	0.176	-0.006	0.2337	-27.6665	-11.1375	15.9058
7	0.8037	-0.0516	0.0992	0.6124	-0.4339	0.6514	0.1449	0.2338	-0.2354	-0.6326	-0.199	0.3285	0.0195	-0.1212	0.001	0.3003	0.0267	-0.0398	0.2198	-0.0694	0.2407	-22.5205	-18.9656	11.628
8	0.4762	-0.2985	-0.5236	0.4781	0.0016	0.8257	-0.0017	-0.0315	-0.0239	-0.1236	0.1134	0.3259	-0.0024	-0.0802	0.0003	0.1684	0.0011	0.0378	0.1685	-0.0257	0.2539	-25.9084	-11.5037	24.7032
9	2.2349	-0.1444	-0.4182	0.8203	-0.8742	1.6282	-0.07	-0.0717	-0.0057	-0.0546	-0.0156	-0.018	0.078	-0.0069	-0.0003	0.1743	-0.0025	0.0362	0.1702	0.0055	0.1517	-16.5448	-15.4454	22.5935
10	1.0928	-0.0134	0.2941	0.2448	0.3517	1.1063	0.0968	-0.2479	0.0144	0.1962	-0.2831	0.033	-0.277	0.4092	-0.0002	0.1907	-0.0254	0.02	0.2358	0.0353	0.1759	-6.2836	-8.4453	26.2881

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:7)	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 8:35)	A	8 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 36:66)	A	36 - 66
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 74:88)	A	74 - 88
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 89:119)	A	89 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 120:140)	A	120 - 140
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 141:167)	A	141 - 167
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 168:192)	A	168 - 192
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 193:236)	A	193 - 236
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 237:252)	A	237 - 252

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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