PDB-4o4s: Crystal structure of phycobiliprotein lyase CpcT complexed with p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o4s

タイトル

Crystal structure of phycobiliprotein lyase CpcT complexed with phycocyanobilin (PCB)

要素

Phycocyanobilin lyase CpcT

キーワード

LYASE / beta-barrel / phycocyanobilin / BILIN LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-phycocyanobilin linkage / 付加脱離酵素（リアーゼ） / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zhou, W. / Ding, W.-L. / Zeng, X.-l. / Dong, L.-L. / Zhao, B. / Zhou, M. / Scheer, H. / Zhao, K.-H. / Yang, X.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure and Mechanism of the Phycobiliprotein Lyase CpcT.
著者: Zhou, W. / Ding, W.L. / Zeng, X.L. / Dong, L.L. / Zhao, B. / Zhou, M. / Scheer, H. / Zhao, K.H. / Yang, X.

履歴

登録	2013年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月17日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月15日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o4s.cif.gz	998.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o4s.ent.gz	843.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o4s_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o4s_full_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示
XML形式データ	4o4s_validation.xml.gz	94.8 KB	表示
CIF形式データ	4o4s_validation.cif.gz	116.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o4oSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3n7m-d 3n7k-2 4fvv-2 3r4u-1 4fvv-1 6xtw-d 3cn9-d 3tzf-d 4hl2-d 3r4s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phycocyanobilin lyase CpcT

B: Phycocyanobilin lyase CpcT

I: Phycocyanobilin lyase CpcT

J: Phycocyanobilin lyase CpcT

C: Phycocyanobilin lyase CpcT

D: Phycocyanobilin lyase CpcT

E: Phycocyanobilin lyase CpcT

F: Phycocyanobilin lyase CpcT

G: Phycocyanobilin lyase CpcT

H: Phycocyanobilin lyase CpcT

K: Phycocyanobilin lyase CpcT

L: Phycocyanobilin lyase CpcT

ヘテロ分子

298 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Phycocyanobilin lyase CpcT

B: Phycocyanobilin lyase CpcT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 2 ポリマー
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2

I: Phycocyanobilin lyase CpcT

J: Phycocyanobilin lyase CpcT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Phycocyanobilin lyase CpcT

D: Phycocyanobilin lyase CpcT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Phycocyanobilin lyase CpcT

F: Phycocyanobilin lyase CpcT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 2 ポリマー
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5

G: Phycocyanobilin lyase CpcT

H: Phycocyanobilin lyase CpcT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Phycocyanobilin lyase CpcT

L: Phycocyanobilin lyase CpcT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.746, 69.601, 162.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.21, 90.28, 60.12
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Phycocyanobilin lyase CpcT 分子量: 24248.445 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 遺伝子: cpcT1, cpeT1, all5339 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8YLF9, 付加脱離酵素（リアーゼ）
#2: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: MgCl2 6H2O (0.1M), Bis-Tris (0.1 M, pH 5.5) and polyethylene glycol 3350 (14% w/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月17日
放射	モノクロメーター: diamond laue monochromators / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 92813 / Num. obs: 77314 / % possible obs: 83.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 20.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4O4O

4o4o

解像度: 2.5→29.747 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 30.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2485	7427	5.05 %
R_work	0.1802	-	-
obs	0.1836	146956	80.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.747 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19170	0	516	17	19703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	20235
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.516	27438
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.804	7356
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	2829
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3543

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5284	0.3868	207	0.3562	4441	X-RAY DIFFRACTION	77
2.5284-2.5581	0.3426	246	0.3217	4579	X-RAY DIFFRACTION	79
2.5581-2.5893	0.3888	259	0.3225	4612	X-RAY DIFFRACTION	79
2.5893-2.6221	0.3603	282	0.3237	4594	X-RAY DIFFRACTION	81
2.6221-2.6566	0.3499	217	0.3151	4660	X-RAY DIFFRACTION	81
2.6566-2.6929	0.3779	251	0.3177	4715	X-RAY DIFFRACTION	79
2.6929-2.7314	0.3556	231	0.3087	4674	X-RAY DIFFRACTION	82
2.7314-2.7721	0.3656	245	0.3075	4690	X-RAY DIFFRACTION	79
2.7721-2.8154	0.3633	235	0.2941	4655	X-RAY DIFFRACTION	80
2.8154-2.8615	0.3318	256	0.2625	4608	X-RAY DIFFRACTION	81
2.8615-2.9108	0.2973	244	0.251	4636	X-RAY DIFFRACTION	79
2.9108-2.9637	0.3157	273	0.2544	4621	X-RAY DIFFRACTION	81
2.9637-3.0206	0.3596	278	0.2639	4666	X-RAY DIFFRACTION	78
3.0206-3.0822	0.3296	214	0.2355	4521	X-RAY DIFFRACTION	80
3.0822-3.1492	0.2895	240	0.2321	4668	X-RAY DIFFRACTION	79
3.1492-3.2224	0.2884	291	0.228	4583	X-RAY DIFFRACTION	80
3.2224-3.3029	0.3222	242	0.2197	4541	X-RAY DIFFRACTION	78
3.3029-3.392	0.2854	254	0.1958	4588	X-RAY DIFFRACTION	80
3.392-3.4917	0.299	232	0.2009	4619	X-RAY DIFFRACTION	78
3.4917-3.6042	0.269	217	0.1892	4108	X-RAY DIFFRACTION	72
3.6042-3.7328	0.2676	173	0.2031	3184	X-RAY DIFFRACTION	55
3.7328-3.8819	0.2707	234	0.1826	4522	X-RAY DIFFRACTION	76
3.8819-4.0582	0.2539	205	0.1694	4064	X-RAY DIFFRACTION	71
4.0582-4.2716	0.2093	281	0.1457	4687	X-RAY DIFFRACTION	82
4.2716-4.5383	0.1835	239	0.1202	4759	X-RAY DIFFRACTION	82
4.5383-4.8873	0.1668	241	0.1134	4845	X-RAY DIFFRACTION	83
4.8873-5.3766	0.1988	295	0.1256	5410	X-RAY DIFFRACTION	92
5.3766-6.1486	0.2121	270	0.1352	5581	X-RAY DIFFRACTION	97
6.1486-7.7241	0.2264	289	0.1502	5658	X-RAY DIFFRACTION	96
7.7241-29.7486	0.191	286	0.1529	5040	X-RAY DIFFRACTION	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6165	-2.0604	0.155	1.8147	-1.0706	3.5971	-0.1071	-0.2988	-0.4541	0.1078	0.1364	0.0843	0.1131	-0.0895	-0.0384	0.2642	-0.089	-0.0148	0.6141	0.1308	0.5322	9.6775	26.3024	-50.1579
2	3.613	1.2415	-0.8658	3.1265	-1.9643	4.9159	-0.0785	0.8208	0.4262	-0.1602	0.0969	-0.1398	-0.4602	-0.2049	-0.0205	0.3774	0.0399	0.0634	0.6417	0.1366	0.5369	11.1561	53.8142	-74.3539
3	0.5774	-0.4179	-0.9221	3.3014	0.5132	3.2054	-0.0343	0.1271	-0.1904	-0.3998	0.0953	-0.5162	-0.0329	0.1387	-0.0495	0.4959	-0.191	0.1286	0.4061	-0.0924	0.5775	-22.8342	7.4747	-110.0157
4	4.4301	0.6906	-2.0527	2.5135	0.2883	5.2361	0.314	-0.3526	0.0865	0.6149	-0.3457	0.3871	-0.375	-0.3574	0.0313	0.5701	-0.0985	0.1249	0.4093	-0.031	0.5046	-47.4691	19.8906	-85.8034
5	3.3898	0.6979	-1.1189	1.0216	0.3791	2.9571	0.139	-0.2303	0.3692	0.2096	-0.1222	0.3347	-0.093	-0.0202	-0.0288	0.5489	-0.1526	0.1112	0.3696	-0.0745	0.5198	-16.6447	44.1343	-104.38
6	2.1369	-1.3076	-1.4316	3.2199	1.13	4.6713	-0.1692	0.2035	-0.218	-0.6483	0.1872	-0.3279	0.2669	0.4039	-0.0049	0.5779	-0.1573	0.1123	0.4979	-0.1224	0.5538	6.2824	29.3013	-128.5408
7	0.9033	0.7307	0.8933	3.4237	0.8742	3.5576	-0.0896	-0.1204	0.1667	0.4067	0.104	-0.4987	-0.0812	0.1622	-0.0138	0.4468	0.1531	-0.1264	0.3961	-0.0601	0.5268	11.246	58.4645	4.1258
8	4.1418	-0.468	1.8252	2.5082	0.574	5.4353	0.3016	0.2944	-0.2165	-0.6182	-0.336	0.5525	0.3395	-0.4341	-0.0026	0.5563	0.058	-0.1377	0.4215	-0.028	0.5277	-13.0993	45.9343	-20.1961
9	3.2793	1.3554	-0.3046	1.9211	-0.9811	3.0695	-0.0811	0.3493	0.595	-0.1871	0.1229	0.0868	-0.0886	-0.1349	-0.0416	0.2734	0.0061	-0.0061	0.6383	0.145	0.551	-25.2843	39.2182	-55.8009
10	3.2249	-1.5798	0.8031	3.1453	-2.002	4.8823	-0.126	-0.7386	-0.445	0.1181	0.1022	-0.0239	0.4397	-0.0751	0.022	0.3888	-0.0669	-0.0574	0.6408	0.1592	0.5339	-23.8498	12.0145	-31.6186
11	3.37	-0.875	0.9924	1.1128	0.296	3.431	0.138	0.2263	-0.4418	-0.2523	-0.0837	0.3541	0.1934	-0.0018	-0.0511	0.5134	0.1035	-0.1134	0.3249	-0.0988	0.534	17.6823	21.7503	-1.5697
12	1.833	0.8285	1.5095	4.3253	1.8661	5.0905	-0.177	-0.1628	0.2607	0.7054	0.2177	-0.3989	-0.1595	0.612	-0.0328	0.5248	0.1036	-0.0926	0.5236	-0.1213	0.4987	40.3817	36.6437	22.6156

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain J
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain K
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain L

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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