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- PDB-4o4r: Murine Norovirus RdRp in complex with PPNDS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o4r
タイトルMurine Norovirus RdRp in complex with PPNDS
要素RNA-dependent-RNA-polymerase
キーワードVIRAL PROTEIN/REPLICATION INHIBITOR / RNA-dependent-RNA-polymerase / RNA binding / VIRAL PROTEIN-REPLICATION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / host cell mitochondrion / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell endosome membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication ...calicivirin / host cell mitochondrion / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell endosome membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3230 / Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3230 / Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Helix non-globular / Special / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-20V / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Croci, R. / Tarantino, D. / Milani, M. / Pezzullo, M. / Bolognesi, M. / Mastrangelo, E.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: PPNDS inhibits murine Norovirus RNA-dependent RNA-polymerase mimicking two RNA stacking bases.
著者: Croci, R. / Tarantino, D. / Milani, M. / Pezzullo, M. / Rohayem, J. / Bolognesi, M. / Mastrangelo, E.
履歴
登録2013年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent-RNA-polymerase
B: RNA-dependent-RNA-polymerase
C: RNA-dependent-RNA-polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,90619
ポリマ－175,3063
非ポリマー4,59916
水13,475748
1
A: RNA-dependent-RNA-polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2259
ポリマ－58,4351
非ポリマー1,7898
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA-dependent-RNA-polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0337
ポリマ－58,4351
非ポリマー1,5976
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA-dependent-RNA-polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6483
ポリマ－58,4351
非ポリマー1,2132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.710, 197.430, 109.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 RNA-dependent-RNA-polymerase / RdRp


分子量: 58435.422 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 1181-1687 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S4V9Y7, UniProt: Q80J95*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-20V / 3-[(E)-{4-formyl-5-hydroxy-6-methyl-3-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-2-yl}diazenyl]-7-nitronaphthalene-1,5-disulfonic acid / PPNDS / Pyridoxal-5'-phosphate-6-(2'-naphthylazo-6'-nitro-4',8'-disulfonic acid)


分子量: 606.434 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H15N4O14PS2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 748 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.52 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: macrobatch / pH: 8.4
詳細: 1.6M (NH4)2SO4, 12% glycerol, 100mM TRIS/HCl, pH 8.4, macrobatch, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→59.4 Å / Num. obs: 90345 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PXSOFTデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UQS

3uqs


解像度: 2.4→59.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2487 4532 5 %RANDOM
Rwork0.19151 ---
all0.19439 ---
obs0.19439 85810 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.121 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20 Å20.11 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→59.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11355 0 284 748 12387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211940
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0211124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.99616233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.5263.00125635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.99851426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.92423.103535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.203152001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.08815107
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022692
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 355 -
Rwork0.321 6253 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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