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万見
- PDB-4o41: Amide linked RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o41
タイトルAmide linked RNA
要素AMIDE LINKED RNA
キーワードRNA / Modified RNA / RNA structure / amide RNA / amide internucleoside linkage / modified nucleoside
機能・相同性STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Egli, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Amides are excellent mimics of phosphate internucleoside linkages and are well tolerated in short interfering RNAs.
著者: Mutisya, D. / Selvam, C. / Lunstad, B.D. / Pallan, P.S. / Haas, A. / Leake, D. / Egli, M. / Rozners, E.
履歴
登録2013年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月3日Group: Refinement description
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMIDE LINKED RNA
B: AMIDE LINKED RNA
C: AMIDE LINKED RNA
D: AMIDE LINKED RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4616
ポリマ－16,2864
非ポリマー1752
水5,116284
1
A: AMIDE LINKED RNA
B: AMIDE LINKED RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3184
ポリマ－8,1432
非ポリマー1752
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area4880 Å2
手法PISA
2
C: AMIDE LINKED RNA
D: AMIDE LINKED RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1432
ポリマ－8,1432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.360, 34.330, 43.300
Angle α, β, γ (deg.)110.03, 94.24, 95.83
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: RNA鎖
AMIDE LINKED RNA


分子量: 4071.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized modified Ribo Nucleic Acid
#2: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細URU represents the amide linked residue

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20 mM sodium cacodylate, 45 mM strontium chloride, 10 mM magnesium chloride, 6 mM spermine tetrahydrochloride and 5% 2-methyl-2,4-pentanediol [MPD (v/v)], pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.7686 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年8月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→28 Å / Num. all: 37491 / Num. obs: 35934 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.66
反射 シェル解像度: 1.2→1.4 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 6.21 / Num. unique all: 13205 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2diffractometer software from EMBL (with LS-CAT developed extensionsデータ収集
Singlewavelength anomalous dispersionモデル構築
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Singlewavelength anomalous dispersion位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→28 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.212 1795 RANDOM
Rwork0.147 --
all-37491 -
obs-35886 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1029 2 284 1315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.0327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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