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- PDB-4o3m: Ternary complex of Bloom's syndrome helicase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o3m
タイトルTernary complex of Bloom's syndrome helicase
要素
  • 5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*TP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*A)-3'
  • Bloom syndrome protein
キーワードHydrolase/DNA / Winged Helix / Helicase / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RecQ family helicase-topoisomerase III complex / forked DNA-dependent helicase activity / telomeric G-quadruplex DNA binding / resolution of DNA recombination intermediates / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / DNA/DNA annealing activity / telomere maintenance via semi-conservative replication / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly ...RecQ family helicase-topoisomerase III complex / forked DNA-dependent helicase activity / telomeric G-quadruplex DNA binding / resolution of DNA recombination intermediates / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / DNA/DNA annealing activity / telomere maintenance via semi-conservative replication / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly / DNA geometric change / cellular response to camptothecin / Y-form DNA binding / negative regulation of cell division / cellular response to hydroxyurea / four-way junction helicase activity / G-quadruplex DNA binding / bubble DNA binding / negative regulation of DNA recombination / DNA double-strand break processing / lateral element / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / DNA 3'-5' helicase / nuclear chromosome / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / 3'-5' DNA helicase activity / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / replication fork processing / protein complex oligomerization / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / response to X-ray / ATP-dependent activity, acting on DNA / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / four-way junction DNA binding / cellular response to ionizing radiation / telomere maintenance / DNA helicase activity / replication fork / double-strand break repair via homologous recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / helicase activity / G2/M DNA damage checkpoint / PML body / protein homooligomerization / Meiotic recombination / nuclear matrix / p53 binding / single-stranded DNA binding / Processing of DNA double-strand break ends / chromosome / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RecQ-like DNA helicase BLM, N-terminal domain / RecQ-like DNA helicase BLM, BDHCT-box associated domain / N-terminal region of Bloom syndrome protein / BDHCT-box associated domain on Bloom syndrome protein / BDHCT / BDHCT (NUC031) domain / HRDC domain / RQC domain / RQC / RQC domain ...RecQ-like DNA helicase BLM, N-terminal domain / RecQ-like DNA helicase BLM, BDHCT-box associated domain / N-terminal region of Bloom syndrome protein / BDHCT-box associated domain on Bloom syndrome protein / BDHCT / BDHCT (NUC031) domain / HRDC domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / HRDC domain superfamily / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / HRDC-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / DNA polymerase; domain 1 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / RecQ-like DNA helicase BLM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Swan, M.K. / Bertrand, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of human Bloom's syndrome helicase in complex with ADP and duplex DNA.
著者: Swan, M.K. / Legris, V. / Tanner, A. / Reaper, P.M. / Vial, S. / Bordas, R. / Pollard, J.R. / Charlton, P.A. / Golec, J.M. / Bertrand, J.A.
履歴
登録2013年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bloom syndrome protein
P: 5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*G)-3'
T: 5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*TP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,21114
ポリマ－87,1823
非ポリマー1,02911
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area30560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.930, 164.680, 50.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bloom syndrome protein / DNA helicase / RecQ-like type 2 / RecQ2 / RecQ protein-like 3


分子量: 75002.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BLM, RECQ2, RECQL3 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-2 BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54132, DNA helicase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*G)-3'


分子量: 4932.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesised oligonucleotide.
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*TP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*CP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*A)-3'


分子量: 7247.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesised oligonucleotide.

-
非ポリマー , 5種, 71分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 6-10% Isopropanol, 50mM MES, 10mM magnesium chloride., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月5日 / 詳細: slits
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35.91 Å / Num. all: 36392 / Num. obs: 36392 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 59.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rsym value: 0.025 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2666 / Rsym value: 0.498 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 2V1X

2v1x


解像度: 2.3→35.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9351 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9204 / SU R Cruickshank DPI: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2153 1735 5.01 %RANDOM
Rwork0.1811 ---
all0.1829 34639 --
obs0.1829 34639 94.05 %-
原子変位パラメータBiso mean: 85.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--33.2893 Å20 Å21.9695 Å2
2--18.9673 Å20 Å2
3---14.322 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.355 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4721 570 61 60 5412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015518HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.077580HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1816SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes108HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes754HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5518HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.71
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion739SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6064SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 125 5.03 %
Rwork0.2141 2359 -
all0.2152 2484 -
obs--94.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0331-0.74320.15182.8195-0.4142.3938-0.09170.10440.1319-0.02210.00650.108-0.0150.07860.0852-0.2556-0.005-0.016-0.42590.0365-0.4082119.341923.505658.2881
21.80850.3909-1.01984.06470.13133.30210.1337-0.1556-0.17160.4443-0.14150.15630.14830.00020.0077-0.1410.05660.0384-0.39880.0117-0.4355120.9827-6.458668.6107
32.1456-0.4618-0.29318.6766-0.14474.0707-0.14050.6618-0.1671-0.40550.25110.72540.0237-0.678-0.1106-0.03720.06270.0037-0.1939-0.0425-0.2463117.4028-14.932449.7463
44.957-0.1307-1.26421.09120.53845.8626-0.2123-0.12010.4048-0.27870.136-1.5439-0.53011.17310.07630.13470.03010.0541-0.1498-0.06610.2303137.7842-4.437454.9265
54.2479-1.23590.085512.48541.58422.3610.14970.1896-0.1248-0.95590.0424-0.4354-0.301-0.2027-0.1921-0.06570.04030.0437-0.4033-0.0079-0.3637125.022-30.155143.9357
64.2526-0.1353-0.01411.9166-0.44925.7201-0.1158-0.3230.14660.2955-0.1074-0.2241-0.0960.88810.2233-0.11110.0675-0.0548-0.17310.019-0.443132.155913.213284.1131
77.06794.4478-3.62320-7.08463.9954-0.1325-0.2099-0.91140.4028-0.18510.84910.5223-0.8370.31760.078-0.22810.3664-0.59130.0155-0.1288112.1717-36.45257.5364
84.66212.69751.75162.0649-4.20250.0085-0.0966-0.26510.15940.42010.2496-0.04380.15030.2706-0.1530.42760.2701-0.0921-0.54490.1281-0.4982124.2676-34.24167.4404
93.3217-1.6252-3.53990.6015-5.487-0.0173-0.08020.187-0.47260.18560.0894-0.32780.31190.2796-0.00920.41520.547-0.2411-0.02440.32880.467136.0595-42.79367.4843
101.10921.75582.26193.8532-1.48133.06510.01-0.30560.29330.0030.0824-0.0005-0.34780.1342-0.09240.38790.0273-0.61370.03030.2580.1677138.7558-33.839265.3098
111.901-0.9888-1.88925.0542-2.397214.3362-0.0251-0.3886-0.51261.3072-0.06361.02250.317-0.54620.08870.06080.11210.0996-0.47440.1031-0.2864123.2701-40.44963.9568
123.260.2942-5.262110.033511.2206-0.0257-0.1426-0.385-0.084-0.1205-0.33610.59210.5631-0.48470.4786-0.2931-0.022-0.0288-0.4906-0.0324-0.4623108.7164-20.713461.7505
130.0788-1.25730.40630.21720.23360.4764-0.03340.05630.026-0.01380.0390.03510.0045-0.0208-0.00560.58830.2647-0.07120.0923-0.09430.1359104.1594-1.436958.0734
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|636 - 856 }A636 - 856
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|857 - 993 }A857 - 993
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|994 - 1032 }A994 - 1032
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|1033 - 1068 }A1033 - 1068
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|1069 - 1195 }A1069 - 1195
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|1205 - 1298 }A1205 - 1298
7X-RAY DIFFRACTION7{ P|1 - 5 }P1 - 5
8X-RAY DIFFRACTION8{ P|6 - 9 }P6 - 9
9X-RAY DIFFRACTION9{ P|10 - 16 }P10 - 16
10X-RAY DIFFRACTION10{ T|1 - 6 }T1 - 6
11X-RAY DIFFRACTION11{ T|7 - 12 }T7 - 12
12X-RAY DIFFRACTION12{ T|13 - 18 }T13 - 18
13X-RAY DIFFRACTION13{ T|19 - 24 }T19 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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