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- PDB-4o3b: Crystal structure of an open/closed glua2 ligand-binding domain d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o3b
タイトルCrystal structure of an open/closed glua2 ligand-binding domain dimer at 1.91 A resolution
要素Glutamate receptor 2
キーワードmembrane protein/agonist / AMPA RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN / GLUA2 / membrane protein-agonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / glutamate-gated receptor activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / dendrite cytoplasm / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / establishment of protein localization / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / presynaptic membrane / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. ...Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / GLUTAMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.906 Å
データ登録者Krintel, C. / de Rabassa, A.C. / Frydenvang, K. / Gajhede, M. / Kastrup, J.S.
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: L-Asp is a useful tool in the purification of the ionotropic glutamate receptor A2 ligand-binding domain.
著者: Krintel, C. / Frydenvang, K. / Ceravalls de Rabassa, A. / Kaern, A.M. / Gajhede, M. / Pickering, D.S. / Kastrup, J.S.
#1: ジャーナル: Neuron / 年: 2000
タイトル: Mechanisms for activation and antagonism of an AMPA-sensitive glutamate receptor: crystal structures of the GluR2 ligand binding core.
著者: Armstrong, N. / Gouaux, E.
履歴
登録2013年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22017年5月31日Group: Structure summary
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,92217
ポリマ－58,4432
非ポリマー1,47915
水9,980554
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area24350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.720, 93.720, 97.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2


分子量: 29221.682 Da / 分子数: 2
断片: Ligand binding domain (unp residues 413-527 and unp residues 653-736)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P19491

-
非ポリマー , 8種, 569分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% PEG 4000, 0.1 M lithium sulfate and 0.1 M phosphate-citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.9081 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9081 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→27.96 Å / Num. all: 44501 / Num. obs: 45335 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 16.71 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
1.91-2.013.30.0831154830.08392.1
2.01-2.133.80.07114.660520.071100
2.13-2.283.80.06216.957090.062100
2.28-2.463.80.05418.353180.05499.9
2.46-2.73.80.05220.848660.05299.9
2.7-3.013.80.0482343920.04899.9
3.01-3.483.80.04425.538670.04499.7
3.48-4.263.70.04328.532030.04399
4.26-6.033.60.04529.524110.04596.9
6.03-27.963.40.04228.512290.04287.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 41.91 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å27.5 Å
Translation2.5 Å27.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1FTL

1ftl


解像度: 1.906→27.505 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.14 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Refinement done with TLS, isotropic B-factors and riding hydrogens
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1782 2250 5.06 %RANDOM
Rwork0.1376 ---
obs0.1397 44448 97.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.59 Å2 / Biso mean: 20.881 Å2 / Biso min: 6.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.906→27.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4047 0 91 554 4692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2515755
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077633
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9951641
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9062-1.94770.22251170.160421692286216982
1.9477-1.9930.21311420.1397263527772635100
1.993-2.04280.20041450.1331266428092664100
2.0428-2.0980.17821440.1312266828122668100
2.098-2.15970.18351470.1266264227892642100
2.1597-2.22940.16981560.1241264127972641100
2.2294-2.3090.17951270.1241268028072680100
2.309-2.40140.15611380.1277268828262688100
2.4014-2.51070.1651330.133268128142681100
2.5107-2.64290.19671470.1352265928062659100
2.6429-2.80840.18321340.1385268828222688100
2.8084-3.0250.19361440.1427269328372693100
3.025-3.32890.1651480.1391269628442696100
3.3289-3.80950.1591420.133327092851270999
3.8095-4.79540.15011290.121626972826269797
4.7954-27.50780.21061570.186725882745258891
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.40490.40960.56613.2419-0.25994.0310.00370.2144-0.0043-0.1527-0.0154-0.44040.21860.3253-0.03010.11090.010.02240.11460.01190.163140.782786.013226.9819
22.83331.1271-0.0864.321-0.25442.7147-0.0112-0.0294-0.16580.07960.093-0.06980.2070.0234-0.0330.05750.0317-0.01460.1063-0.00880.056530.480181.866736.5309
30.24560.24550.61250.86440.36173.3956-0.01280.0165-0.01410.04170.02710.01140.11120.0742-0.02060.05360.00380.01310.09230.00830.087122.239683.462426.6072
44.14760.56-2.13814.9996-0.49033.23850.0215-0.18980.01770.1204-0.07790.41060.1131-0.01680.06410.1158-0.0190.01260.104-0.02230.130714.800269.606514.9231
54.26252.92830.32736.72512.44134.0476-0.0981-0.1139-0.0264-0.3110.0378-0.1507-0.02770.4240.03820.1120.01120.01350.1470.03850.07425.051576.8899.8985
60.1767-0.20.21011.81261.37192.26290.04390.09030.0098-0.1928-0.0187-0.10120.00230.0977-0.01820.1166-0.01250.02350.11770.03160.102922.745783.330214.3909
71.4767-0.2328-1.10962.98590.37333.7880.01350.11320.1346-0.15160.0582-0.0193-0.15570.0493-0.0746-0-0.0191-0.02130.11360.00330.143728.429695.057824.5856
84.04380.3179-0.74332.9363-0.19882.4415-0.03420.1996-0.0107-0.02190.03760.2568-0.0935-0.31290.0130.0721-0.01190.0230.09640.00580.1312-5.7381100.627429.1231
97.8449-2.08731.60712.3803-0.50363.7349-0.0592-0.1234-0.26780.03150.11730.27720.0023-0.2209-0.03470.0926-0.03930.02760.09240.00570.1654-8.381695.180530.0263
102.86311.151-1.29895.8903-1.80242.135-0.0962-0.13980.016-0.00780.18130.46910.137-0.1758-0.10380.0910.01330.01610.12910.00940.0576-1.111398.951735.5725
112.21790.22450.9118.2758-0.04423.82070.0612-0.08030.10250.1038-0.1149-0.1968-0.70730.2260.03020.2038-0.02970.01980.1394-0.0220.07328.9442112.162338.5449
122.81430.8101-0.55573.1034-0.74113.80770.06250.00160.07130.0923-0.0407-0.1685-0.11810.1742-0.01350.06350.018-0.00430.0516-0.00830.078111.6265101.455534.6035
130.6737-0.350.83423.2901-3.62675.47140.06090.1179-0.0493-0.1846-0.0890.00830.06050.27430.06010.09120.01040.01380.0998-0.02190.070310.7883103.450212.9357
143.88410.5041-0.62884.4076-1.49475.5589-0.00630.29090.0683-0.2185-0.0557-0.105-0.28390.19530.02150.0634-0.0425-0.01250.081-0.0140.104514.7758114.494912.8293
157.4068-1.434-0.34564.7773-0.86921.9296-0.0037-0.3119-0.05530.3273-0.0694-0.5866-0.22340.31830.0280.12-0.0585-0.03530.1361-0.00130.156120.5226114.673519.4558
165.55623.8920.43435.92-0.34152.39160.005-0.06380.22180.12820.00540.2067-0.2691-0.0770.00410.06770.03380.01320.0754-0.01330.09994.8614117.416715.8687
172.54260.75460.62915.0349-2.03894.42670.00620.1032-0.1149-0.14570.15020.07930.1323-0.1881-0.12730.0580.00940.02160.1179-0.02280.05864.8996106.189212.4073
180.8265-0.6485-0.02221.4105-1.34612.06960.03450.06190.0315-0.1943-0.07880.07620.1579-0.08880.03610.1002-0.0088-0.00720.1031-0.04210.10888.8553101.685415.2017
191.59680.34880.40194.95655.94467.1129-0.0633-0.269-0.13090.4264-0.007-0.01960.29730.01460.03810.14540.01520.00670.12540.02540.13079.145589.72237.7657
203.0223-0.79161.96676.0356-4.76777.99080.12410.3406-0.1173-0.64530.03590.28040.4902-0.1171-0.14310.151-0.0255-0.03160.1498-0.06350.1778-0.082389.749717.0865
215.92694.23973.44923.14842.19572.64520.38170.771-0.1691-1.1299-0.0335-0.3076-0.462-0.3419-0.25020.19810.06390.02140.1535-0.0490.1259.1259106.25624.7763
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 4:40 )A4 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 41:80 )A41 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 81:120 )A81 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 121:180 )A121 - 180
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 181:202 )A181 - 202
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 203:222 )A203 - 222
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 223:263 )A223 - 263
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 4:23 )B4 - 23
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 24:43 )B24 - 43
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 44:63 )B44 - 63
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 64:83 )B64 - 83
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 84:103 )B84 - 103
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 104:123 )B104 - 123
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 124:143 )B124 - 143
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 144:163 )B144 - 163
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 164:183 )B164 - 183
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 184:203 )B184 - 203
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 204:223 )B204 - 223
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 224:243 )B224 - 243
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN B AND RESID 244:261 )B244 - 261
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN B AND RESID 301:301 )B301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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