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万見
- PDB-4o32: Structure of a malarial protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o32
タイトルStructure of a malarial protein
要素Thioredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein export / malaria / protein-disulfide-reductase / parasitophorous vacuole of malarial parasite
機能・相同性
機能・相同性情報


PTEX complex / symbiont-containing vacuole / symbiont-containing vacuole membrane / protein-disulfide reductase activity / mitochondrion / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.196 Å
データ登録者Egea, P.F. / Koehl, A. / Peng, M. / Cascio, D.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure and solution characterization of the thioredoxin-2 from Plasmodium falciparum, a constituent of an essential parasitic protein export complex.
著者: Peng, M. / Cascio, D. / Egea, P.F.
履歴
登録2013年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Other
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_starting_model
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.72024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin
B: Thioredoxin
C: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3874
ポリマ－48,3513
非ポリマー351
水1,27971
1
A: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1522
ポリマ－16,1171
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1171
ポリマ－16,1171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1171
ポリマ－16,1171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.030, 77.030, 134.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin / Thioredoxin-2


分子量: 16117.035 Da / 分子数: 3 / 断片: malarial thioredoxin-2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: MAL13P1.225, PF3D7_1345100, trx2 / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q8IDP4
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 断片: malarial thioredoxin-2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 断片: malarial thioredoxin-2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 4000, 100 mM citrate, isopropanol 10-15%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
PH範囲: 4.5-5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97965 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月23日 / 詳細: SI 111
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.196→50.642 Å / Num. all: 21370 / Num. obs: 21285 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 22.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
APSデータ収集
HKL2Mapモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1555)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: SAD derived from 3UL3

3ul3


解像度: 2.196→50.642 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 1092 5.13 %random
Rwork0.2072 ---
obs0.2094 21273 99.55 %-
all-21285 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.196→50.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2138 0 1 71 2210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6963013
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.612815
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003364
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1962-2.29610.30471350.27292429270198
2.2961-2.41720.30321260.257624862550100
2.4172-2.56860.30811500.248224722513100
2.5686-2.76690.27811320.245324902540100
2.7669-3.04530.25711390.235425132490100
3.0453-3.48590.28221250.216625402472100
3.4859-4.39150.22261480.175525502486100
4.3915-50.65530.22161370.19092701242999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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