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万見
- PDB-4o23: Crystal structure of mono-zinc form of succinyl diaminopimelate d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o23
タイトルCrystal structure of mono-zinc form of succinyl diaminopimelate desuccinylase from Neisseria meningitidis MC58
要素Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
キーワードHYDROLASE / DapE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylornithine deacetylase activity / succinyl-diaminopimelate desuccinylase / succinyl-diaminopimelate desuccinylase activity / arginine biosynthetic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cobalt ion binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Succinyl-diaminopimelate desuccinylase, proteobacteria / Alpha-Beta Plaits - #360 / Peptidase M20, dimerisation domain / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits ...Succinyl-diaminopimelate desuccinylase, proteobacteria / Alpha-Beta Plaits - #360 / Peptidase M20, dimerisation domain / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Nocek, B. / Holz, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Inhibition of the dapE-Encoded N-Succinyl-L,L-diaminopimelic Acid Desuccinylase from Neisseria meningitidis by L-Captopril.
著者: Starus, A. / Nocek, B. / Bennett, B. / Larrabee, J.A. / Shaw, D.L. / Sae-Lee, W. / Russo, M.T. / Gillner, D.M. / Makowska-Grzyska, M. / Joachimiak, A. / Holz, R.C.
履歴
登録2013年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
B: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6807
ポリマ－83,2922
非ポリマー3885
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area29000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.324, 111.389, 132.535
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Succinyl-diaminopimelate desuccinylase / SDAP desuccinylase / N-succinyl-LL-2 / 6-diaminoheptanedioate amidohydrolase


分子量: 41645.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: dapE, NMB1530 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9JYL2, succinyl-diaminopimelate desuccinylase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Succinic Acid, 15% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→39.25 Å / Num. all: 49315 / Num. obs: 48738 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREPCCP4位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1VGY

1vgy


解像度: 2.09→39.25 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / σ(I): 1.5 / 位相誤差: 25.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2408 2219 5.01 %RANDOM
Rwork0.2114 ---
obs0.2129 44283 89 %-
all-46492 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→39.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5664 0 13 380 6057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7147877
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9572093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027901
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021039
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.13560.3025820.2691482X-RAY DIFFRACTION27
2.1356-2.18530.296710.25911766X-RAY DIFFRACTION31
2.1853-2.240.31230.26661886X-RAY DIFFRACTION34
2.24-2.30050.29441050.25582161X-RAY DIFFRACTION38
2.3005-2.36820.26641170.24922360X-RAY DIFFRACTION43
2.3682-2.44460.31191560.25242697X-RAY DIFFRACTION49
2.4446-2.5320.29281540.25522849X-RAY DIFFRACTION51
2.532-2.63330.29691700.2522878X-RAY DIFFRACTION52
2.6333-2.75320.2471360.23372887X-RAY DIFFRACTION52
2.7532-2.89830.23751530.23252884X-RAY DIFFRACTION52
2.8983-3.07980.27361490.22812934X-RAY DIFFRACTION52
3.0798-3.31750.21591700.2182876X-RAY DIFFRACTION52
3.3175-3.65110.23891460.19632966X-RAY DIFFRACTION53
3.6511-4.17890.20561490.17912955X-RAY DIFFRACTION53
4.1789-5.2630.20531670.15793010X-RAY DIFFRACTION54
5.263-39.25720.21161710.19983473X-RAY DIFFRACTION62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8451-0.1520.38823.16110.43781.4736-0.0034-0.33980.08240.2734-0.0529-0.0585-0.016-0.17750.04530.2052-0.01350.0110.25280.02580.1192-19.1341-11.7185-2.0003
23.4468-1.11591.58312.2901-0.8613.2150.0336-0.0330.40310.115-0.22-0.4029-0.14570.28850.21270.2331-0.04150.00720.21120.06290.2322-8.5522-15.0714-9.7721
32.00981.7891-0.27441.7244-0.19510.38850.2526-0.2633-0.85810.6157-0.2919-1.0454-0.09840.15360.03590.3302-0.0689-0.20140.23990.13710.493711.35413.3481-23.0472
41.00670.0235-0.22561.00950.7361.68330.0572-0.01590.0716-0.1038-0.1452-0.0395-0.1684-0.18220.08550.1960.0163-0.02220.15090.0520.1604-18.5781-10.6328-16.5508
53.05710.1601-0.30311.76910.81412.12720.1603-0.9920.00440.31950.4295-0.3211-0.30111.0887-0.30090.4508-0.09010.02651.027-0.25040.524337.292643.8078-3.7075
62.5442-0.26170.43361.5844-0.72540.9797-0.0843-0.19220.2125-0.3830.4686-0.1653-0.8560.8885-0.33550.4764-0.34040.21751.0086-0.29780.590137.832649.085-14.1895
71.85391.0303-0.10022.67610.33361.2210.3208-0.17370.05210.4545-0.2036-0.0682-0.25580.2052-0.07110.2659-0.0634-0.0280.17350.01430.140914.969225.7514-26.7234
81.70471.4229-0.46971.6650.20150.884-0.0141-0.44130.007-0.37750.6839-0.6188-0.24041.20.06170.4081-0.42510.15391.1565-0.2890.700143.287740.7429-18.9246
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 2:132)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 133:173)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 174:300)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 301:377)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 5:102)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 103:173)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 174:300)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 301:376)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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