PDB-4o1n: Crystal structure of Staphylococcal superantigen-like protein SAO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o1n

タイトル

Crystal structure of Staphylococcal superantigen-like protein SAOUHSC_00383

要素

Superantigen-like protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / oligosaccharide-binding / beta-grasp domain

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / peptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Dutta, D. / Dutta, A. / Basak, A. / Das, A.K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Staphylococcal superantigen-like protein SAOUHSC_00383
著者: Dutta, D. / Dutta, A. / Basak, A. / Das, A.K.

履歴

登録	2013年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o1n.cif.gz	451.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o1n.ent.gz	372.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o1n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4o1n_validation.pdf.gz	492.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o1n_full_validation.pdf.gz	512.3 KB	表示
XML形式データ	4o1n_validation.xml.gz	42.6 KB	表示
CIF形式データ	4o1n_validation.cif.gz	58.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/4o1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/4o1n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rdgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nto-3 4uow-17 6ihu-d 4c4k-d 4uow-12 1ha5-3 4uow-1 4nto-1 4uow-15 6nqi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Superantigen-like protein

B: Superantigen-like protein

C: Superantigen-like protein

D: Superantigen-like protein

E: Superantigen-like protein

F: Superantigen-like protein

ヘテロ分子

146 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Superantigen-like protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Superantigen-like protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Superantigen-like protein

ソフトウェアが定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Superantigen-like protein

ソフトウェアが定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Superantigen-like protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Superantigen-like protein

ソフトウェアが定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.900, 70.500, 126.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.200, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	VAL	VAL	A	A	14 - 47	23 - 56
2	1	SER	SER	VAL	VAL	B	B	14 - 47	23 - 56
1	2	SER	SER	SER	SER	A	A	54 - 100	63 - 109
2	2	SER	SER	SER	SER	B	B	54 - 100	63 - 109
1	3	PRO	PRO	HIS	HIS	A	A	110 - 150	119 - 159
2	3	PRO	PRO	HIS	HIS	B	B	110 - 150	119 - 159
1	4	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	152 - 155	161 - 164
2	4	LEU	LEU	ASN	ASN	B	B	152 - 155	161 - 164
1	5	LEU	LEU	MET	MET	A	A	157 - 201	166 - 210
2	5	LEU	LEU	MET	MET	B	B	157 - 201	166 - 210

詳細

AUTHOR STATED THE FUNCTION OF THE PROTEIN WAS NOT CLARIFIED, THEREFOR THE BIOLOGICAL ASSEMBLY WAS ALSO DIFFICULT TO PREDICT. GEL FILTRATION INDICATED TRIMER.

#1: タンパク質	Superantigen-like protein 分子量: 24282.180 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 26-226 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_00383 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q2G0X9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.28 % / Mosaicity: 0 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 6% TACSIMATE pH 6.0, 25% (W/V) PEG 3350 , 0.1M MES pH 6.0, 0.1M NDSB-256, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年11月9日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: VARIMAX (OSMIC MIRROR) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→121.477 Å / Num. all: 45615 / Num. obs: 45615 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.3 % / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 20.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.5-2.63	4.3	0.449	0.393	2	28252	6561	0.215	0.449	0.393	3.9	98.7
2.63-2.79	4.3	0.317	0.278	2.8	27008	6269	0.151	0.317	0.278	5.4	99.4
2.79-2.99	4.3	0.216	0.189	4.1	25445	5878	0.103	0.216	0.189	7.8	99.3
2.99-3.23	4.3	0.133	0.117	6.7	23845	5512	0.063	0.133	0.117	12.1	99.7
3.23-3.54	4.3	0.077	0.068	11.5	22158	5112	0.037	0.077	0.068	20.4	99.9
3.54-3.95	4.3	0.049	0.043	17.9	19956	4597	0.023	0.049	0.043	29.7	100
3.95-4.56	4.3	0.034	0.03	24.5	17755	4083	0.016	0.034	0.03	39.8	100
4.56-5.59	4.3	0.03	0.026	27	15102	3478	0.014	0.03	0.026	45.4	100
5.59-7.9	4.3	0.033	0.029	24.7	11663	2702	0.015	0.033	0.029	38.7	100
7.9-19.678	4.2	0.019	0.016	38.3	5989	1423	0.009	0.019	0.016	63.1	93.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2RDG

2rdg

解像度: 2.5→19.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / WR_factor R_free: 0.2388 / WR_factor R_work: 0.1737 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7825 / SU B: 24.565 / SU ML: 0.262 / SU R Cruickshank DPI: 0.6257 / SU R_free: 0.3333 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.626 / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2835	2300	5 %	RANDOM
R_work	0.2052	-	-	-
obs	0.2091	45608	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.78 Å² / B_iso mean: 45.573 Å² / B_iso min: 12.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.49 Å²	-0 Å²	2.65 Å²
2-	-	-3.62 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9046	0	18	153	9217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	9183
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8757
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.635	1.968	12327
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.844	3	20215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.888	5	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.488	25.248	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.697	15	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.826	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10349
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2010

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1672	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
1012	TIGHT THERMAL	5.92	0.5
1672	MEDIUM THERMAL	6.97	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	171	-
R_work	0.313	3127	-
all	-	3298	-
obs	-	-	98.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3484	-0.1494	-0.455	0.596	-0.0336	0.7449	0.025	0.0479	-0.0402	-0.0875	-0.03	0.1158	-0.0213	-0.033	0.0051	0.0237	0.0059	-0.0141	0.0908	-0.0087	0.0263	-30.1972	23.6651	55.4893
2	0.2412	-0.1905	-0.2297	0.6496	0.1238	0.4992	-0.0054	0.0527	-0.0921	-0.0923	-0.0158	0.0281	-0.0531	-0.0289	0.0212	0.0397	0.0042	0.0246	0.1006	-0.0504	0.0633	-8.2912	-4.91	32.4354
3	0.5822	0.048	-0.4235	0.7189	-0.26	0.4212	-0.0146	-0.0182	-0.03	0.111	0.0172	-0.0502	-0.0497	0.0254	-0.0026	0.033	0.0016	0.0175	0.0731	-0.0013	0.0437	-32.9817	-35.2932	12.2811
4	0.5738	-0.0541	-0.2518	0.5955	-0.1025	0.3204	0.0014	-0.0347	-0.0275	0.0515	0.0409	-0.1324	-0.1118	0.0581	-0.0424	0.081	-0.0629	0.0405	0.088	-0.0389	0.0786	-11.1102	-7.3144	-10.8002
5	1.3073	0.631	-0.4354	0.5588	-0.298	0.5145	-0.0527	-0.0022	-0.0343	0.0361	-0.0265	-0.0286	0.074	0.0215	0.0792	0.0578	0.0287	0.0402	0.0516	0.0401	0.0454	-49.4031	0.3977	28.9425
6	0.5094	0.3419	-0.1123	0.5598	-0.3862	1.0587	0.1096	-0.0487	0.0619	0.0064	-0.0605	-0.1024	-0.0217	-0.0382	-0.0491	0.052	-0.0189	0.0662	0.0575	0.0027	0.1186	-67.4273	23.3061	48.4881

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 202
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	14 - 202
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	14 - 202
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	13 - 202
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	14 - 202
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	13 - 202

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関連情報:EMDBヘッダ

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