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- PDB-4o1k: Crystal structures of two tetrameric beta-carbonic anhydrases fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o1k
タイトルCrystal structures of two tetrameric beta-carbonic anhydrases from the filamentous ascomycete Sordaria macrospora.
要素Carbonic anhydrase
キーワードLYASE / Carbon dioxide / Inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 1. / Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Sordaria macrospora (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Lehneck, R. / Neumann, P. / Vullo, D. / Elleuche, S. / Supuran, C.T. / Ficner, R. / Poggeler, S.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of two tetrameric beta-carbonic anhydrases from the filamentous ascomycete Sordaria macrospora.
著者: Lehneck, R. / Neumann, P. / Vullo, D. / Elleuche, S. / Supuran, C.T. / Ficner, R. / Poggeler, S.
履歴
登録2013年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22014年3月26日Group: Database references
改定 1.32014年4月16日Group: Database references
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年9月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.62023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0172
ポリマ－26,9521
非ポリマー651
水1,13563
1
A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,0688
ポリマ－107,8074
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation11_755-x+5/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation14_755-x+5/2,-y+1/2,z1
Buried area17740 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area31960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.200, 94.110, 96.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-454-

HOH

21A-456-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase


分子量: 26951.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sordaria macrospora (菌類) / 遺伝子: cas2 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: C1L336, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris hydrochloride, 25% PEG 4000, 0.2 M CaCl2 x 2H2O, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.82661 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE, / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82661 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→33.77 Å / Num. all: 16776 / Num. obs: 16776 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 35.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 17.99
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.83-1.930.5992.4310481244199.6
1.93-2.030.3693.788039199699.7
2.03-2.230.1977.4712963301099.7
2.23-3.150.05919.7625119597099.4
3.15-3.610.0337.244577111398.9
3.61-4.070.02742.43277966998.8
4.07-4.530.02742.07168643298
4.53-140.01952.084334110297
14-170.01661.98852191.3
17-500.01556.39742278.6
50

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3E3I

3e3i


解像度: 1.83→33.77 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / 位相誤差: 28.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2113 839 5.01 %RANDOM
Rwork0.1913 ---
obs0.1923 16754 98.41 %-
all-16776 --
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.88 Å2 / Biso mean: 48.7015 Å2 / Biso min: 20.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→33.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1698 0 1 63 1762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3622388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.516648
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8278-1.94230.34051330.32632515264895
1.9423-2.09230.30521380.259526522790100
2.0923-2.30280.26361430.213626652808100
2.3028-2.63590.22911390.20212659279899
2.6359-3.32050.20881420.207126912833100
3.3205-33.77630.181440.16222733287798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4258-1.0364-0.65793.26171.24421.2148-0.00850.0881-0.2006-0.35250.1125-0.23390.06080.2244-0.13950.90960.13750.23060.736-0.00910.5029110.180936.0496-9.3819
20.4213-0.1264-0.04090.4424-0.10330.2304-0.11850.00760.1781-0.69550.17880.1093-0.0115-0.25560.04510.4864-0.0299-0.12310.35210.04930.325696.922423.2123-2.8893
30.64420.30460.90071.5820.46162.33840.12350.08330.0113-0.0619-0.0101-0.02210.287-0.00120.00970.22930.0121-0.0510.2103-0.01240.2111103.196511.220112.937
40.2663-0.13120.38520.2259-0.08980.4761-0.15710.0004-0.4602-0.1215-0.00420.21080.4056-0.242-0.01320.4806-0.1274-0.04270.3413-0.06760.525494.88944.681611.1512
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 35 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 73 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 74 through 197 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 198 through 224 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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