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- PDB-4o08: Crystal structure of bacillus megaterium epoxide hydrolase in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o08
タイトルCrystal structure of bacillus megaterium epoxide hydrolase in complex with an inhibitor
要素Soluble epoxide hydrolase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / A/B HYDROLASE FOLD / EPOXIDE HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase activity / pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-phenoxyacetamide / Soluble epoxide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kong, X.D. / Zhou, J.H. / Xu, J.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Engineering of an epoxide hydrolase for efficient bioresolution of bulky pharmaco substrates.
著者: Kong, X.D. / Yuan, S. / Li, L. / Chen, S. / Xu, J.H. / Zhou, J.
履歴
登録2013年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble epoxide hydrolase
B: Soluble epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,39510
ポリマ－74,3512
非ポリマー1,0448
水8,737485
1
A: Soluble epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8216
ポリマ－37,1761
非ポリマー6465
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Soluble epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5744
ポリマ－37,1761
非ポリマー3983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.541, 108.541, 116.843
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細BIOMOLECULE: 1, 2 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. BIOMOLECULE: 1 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: MONOMERIC SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: MONOMERIC SOFTWARE USED: PISA APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMOLECULE: 2 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: MONOMERIC SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: MONOMERIC SOFTWARE USED: PISA APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: B BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000

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要素

#1: タンパク質 Soluble epoxide hydrolase


分子量: 37175.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
株: ECU1001 / プラスミド: PET 28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: G9BEX6, pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase
#2: 化合物
ChemComp-PO6 / 2-phenoxyacetamide / フェノキシアセトアミド


分子量: 151.163 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9NO2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M LI2SO4, 0.1M TRIS-HCL, 2.0M (NH4) 2SO4, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月6日
放射モノクロメーター: VARIMAX-HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→79.523 Å / Num. obs: 51301 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXS位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7_637)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→44.83 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 2564 5.09 %
Rwork0.17 --
obs0.171 50352 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.39 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6238 Å2-0 Å20 Å2
2---1.6238 Å2-0 Å2
3---3.2477 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→44.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4725 0 70 485 5280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074992
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0356772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5981840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073682
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005893
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.98750.29151600.22712475X-RAY DIFFRACTION94
1.9875-2.02810.25741420.21092546X-RAY DIFFRACTION95
2.0281-2.07220.2431240.18492561X-RAY DIFFRACTION95
2.0722-2.12040.22421210.18212572X-RAY DIFFRACTION96
2.1204-2.17340.24811370.182575X-RAY DIFFRACTION97
2.1734-2.23220.22481530.17022567X-RAY DIFFRACTION97
2.2322-2.29790.21861380.17942628X-RAY DIFFRACTION98
2.2979-2.3720.23821300.17682660X-RAY DIFFRACTION98
2.372-2.45680.23451580.17382637X-RAY DIFFRACTION99
2.4568-2.55510.20761400.16742668X-RAY DIFFRACTION99
2.5551-2.67140.24341310.1712672X-RAY DIFFRACTION99
2.6714-2.81220.22641480.18192686X-RAY DIFFRACTION99
2.8122-2.98840.23481140.20052724X-RAY DIFFRACTION99
2.9884-3.21910.25961430.19672715X-RAY DIFFRACTION100
3.2191-3.54290.19741470.16952722X-RAY DIFFRACTION99
3.5429-4.05530.17131900.14282689X-RAY DIFFRACTION99
4.0553-5.10810.15341290.12692786X-RAY DIFFRACTION99
5.1081-44.83840.18681590.17832905X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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