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万見
- PDB-4o06: 1.15A Resolution Structure of the Proteasome Assembly Chaperone N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o06
タイトル1.15A Resolution Structure of the Proteasome Assembly Chaperone Nas2 PDZ Domain
要素Probable 26S proteasome regulatory subunit p27
キーワードCHAPERONE / Nas2 / Proteasome / PDZ domain
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome regulatory particle assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin ...proteasome regulatory particle assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 9 / Nas2, N-terminal / Nas2 N_terminal domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable 26S proteasome regulatory subunit p27
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Lovell, S. / Mehzabeen, N. / Battaile, K.P. / Singh, C.R. / Chowdhury, W.Q. / Geanes, E. / Roelofs, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: 1.15 angstrom resolution structure of the proteasome-assembly chaperone Nas2 PDZ domain.
著者: Singh, C.R. / Lovell, S. / Mehzabeen, N. / Chowdhury, W.Q. / Geanes, E.S. / Battaile, K.P. / Roelofs, J.
履歴
登録2013年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 26S proteasome regulatory subunit p27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9353
ポリマ－11,6441
非ポリマー2902
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.968, 39.968, 115.827
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-442-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable 26S proteasome regulatory subunit p27 / Proteasome non-ATPase subunit 2


分子量: 11644.451 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ Domain (residues 126-220) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NAS2, YIL007C / プラスミド: pGR608 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P40555
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 10% (w/v) PEG 2000MME, 100 mM sodium acetate, 200 mM ammonium sulfate, pH 5.5, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→39.97 Å / Num. all: 33545 / Num. obs: 33545 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 17.6 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. measured all: 27697 / Num. unique all: 1574 / % possible all: 95.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.2.8データスケーリング
PHENIXdev_1563精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JDirectorデータ収集
XSCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RLE

3rle


解像度: 1.15→32.895 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 18.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 1698 5.07 %RANDOM
Rwork0.1716 ---
obs0.1727 33494 97.38 %-
all-33494 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 45.27 Å2 / Biso mean: 17.9684 Å2 / Biso min: 7.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→32.895 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数779 0 13 98 890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3561137
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.754331
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.15-1.18380.24981170.21832530264795
1.1838-1.22210.2251420.17232534267695
1.2221-1.26570.17931310.15912548267996
1.2657-1.31640.20781510.1512574272596
1.3164-1.37630.1951430.1422590273397
1.3763-1.44890.18461470.13942587273497
1.4489-1.53970.20141220.13852660278298
1.5397-1.65850.17081400.14142644278498
1.6585-1.82540.18761520.14922682283499
1.8254-2.08950.15811540.15552703285799
2.0895-2.63240.18781430.173727772920100
2.6324-32.90830.2111560.196429673123100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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