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万見
- PDB-4nzt: Crystal structure of the antibody-binding region of Protein M (Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nzt
タイトルCrystal structure of the antibody-binding region of Protein M (Protein M TD) in complex with anti-infleunza hemagglutinin antibody CR9114 Fab
要素
  • CR9114 heavy chain
  • CR9114 light chain
  • Protein M TD
キーワードPROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM / Leucine-rich repeat / broad antibody-binding / block antibody-antigen union / variable region / PROTEIN BINDING-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Pectate Lyase C-like - #180 / Translation Initiation Factor IF3 - #180 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #200 / IgG-blocking protein M / : / Protein M, large region / IgG-blocking virulence domain / Translation Initiation Factor IF3 / Pectate Lyase C-like / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 ...Pectate Lyase C-like - #180 / Translation Initiation Factor IF3 - #180 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #200 / IgG-blocking protein M / : / Protein M, large region / IgG-blocking virulence domain / Translation Initiation Factor IF3 / Pectate Lyase C-like / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / 3 Solenoid / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein MG281
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma genitalium (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.497 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: A structurally distinct human mycoplasma protein that generically blocks antigen-antibody union.
著者: Rajesh K Grover / Xueyong Zhu / Travis Nieusma / Teresa Jones / Isabel Boreo / Amanda S MacLeod / Adam Mark / Sherry Niessen / Helen J Kim / Leopold Kong / Nacyra Assad-Garcia / Keehwan Kwon ...著者: Rajesh K Grover / Xueyong Zhu / Travis Nieusma / Teresa Jones / Isabel Boreo / Amanda S MacLeod / Adam Mark / Sherry Niessen / Helen J Kim / Leopold Kong / Nacyra Assad-Garcia / Keehwan Kwon / Marta Chesi / Vaughn V Smider / Daniel R Salomon / Diane F Jelinek / Robert A Kyle / Richard B Pyles / John I Glass / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Richard A Lerner /
要旨: We report the discovery of a broadly reactive antibody-binding protein (Protein M) from human mycoplasma. The crystal structure of the ectodomain of transmembrane Protein M differs from other known ...We report the discovery of a broadly reactive antibody-binding protein (Protein M) from human mycoplasma. The crystal structure of the ectodomain of transmembrane Protein M differs from other known protein structures, as does its mechanism of antibody binding. Protein M binds with high affinity to all types of human and nonhuman immunoglobulin G, predominantly through attachment to the conserved portions of the variable region of the κ and λ light chains. Protein M blocks antibody-antigen union, likely because of its large C-terminal domain extending over the antibody-combining site, blocking entry to large antigens. Similar to the other immunoglobulin-binding proteins such as Protein A, Protein M as well as its orthologs in other Mycoplasma species could become invaluable reagents in the antibody field.
履歴
登録2013年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: Protein M TD
H: CR9114 heavy chain
L: CR9114 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1903
ポリマ－94,1903
非ポリマー00
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area33430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.865, 91.468, 126.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein M TD / protein MG281


分子量: 46972.684 Da / 分子数: 1 / 断片: antibody-binding region (UNP residues 74-468) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma genitalium (バクテリア)
株: ATCC 33530 / G-37 / NCTC 10195 / 遺伝子: MG281 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47523
#2: 抗体 CR9114 heavy chain


分子量: 24377.166 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 抗体 CR9114 light chain


分子量: 22840.172 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.68 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.29
詳細: 0.1 M MES, pH 6.26, 6% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月18日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.497→50 Å / Num. obs: 27816 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.497→2.54 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4NZR AND 4FQH

4nzr

4fqh


解像度: 2.497→41.727 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2458 1408 5.07 %RANDOM
Rwork0.1773 ---
obs0.1809 27757 96.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.497→41.727 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6210 0 0 270 6480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1178654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9882278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079956
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051124
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.497-2.58660.3396880.23411942X-RAY DIFFRACTION71
2.5866-2.69020.30051350.22482623X-RAY DIFFRACTION97
2.6902-2.81260.30441390.21882651X-RAY DIFFRACTION99
2.8126-2.96080.29611400.19332704X-RAY DIFFRACTION100
2.9608-3.14630.28191330.19462695X-RAY DIFFRACTION99
3.1463-3.38910.27611570.19422682X-RAY DIFFRACTION99
3.3891-3.730.26281560.17342704X-RAY DIFFRACTION99
3.73-4.26920.20751520.15382737X-RAY DIFFRACTION100
4.2692-5.3770.19911510.14372750X-RAY DIFFRACTION99
5.377-41.73330.22671570.17862861X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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