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- PDB-4nzs: Crystal structure of beta-ketothiolase BktB B from Ralstonia eutr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nzs
タイトルCrystal structure of beta-ketothiolase BktB B from Ralstonia eutropha H16
要素Beta-ketothiolase BktB
キーワードTRANSFERASE / thiolase superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
: / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain ...: / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-ketothiolase BktB
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia eutropha (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Kim, E.J. / Son, H. / Kim, S. / Kim, K.J.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure and biochemical characterization of beta-keto thiolase B from polyhydroxyalkanoate-producing bacterium Ralstonia eutropha H16
著者: Kim, E.J. / Son, H.F. / Kim, S. / Ahn, J.W. / Kim, K.J.
履歴
登録2013年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年11月22日Group: Atomic model / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_sheet_hbond ...atom_site / pdbx_struct_sheet_hbond / software / struct_conf / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-ketothiolase BktB
B: Beta-ketothiolase BktB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3012
ポリマ－83,3012
非ポリマー00
水25214
1
A: Beta-ketothiolase BktB
B: Beta-ketothiolase BktB

A: Beta-ketothiolase BktB
B: Beta-ketothiolase BktB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,6024
ポリマ－166,6024
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area14340 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area53150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.954, 107.236, 144.137
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Beta-ketothiolase BktB / Acetyl-CoA acetyltransferase / Acetyl-CoA acyltransferase


分子量: 41650.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 株: ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337 / 遺伝子: bktB, H16_A1445 / プラスミド: pProEX HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: Q0KBP1, acetyl-CoA C-acyltransferase, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350, Li2SO4, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97985 Å
検出器タイプ: Quantum 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→35.74 Å / Num. obs: 31979

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DLU

1dlu


解像度: 2.29→35.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 14.18 / SU ML: 0.328 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.508 / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3189 1570 4.9 %RANDOM
Rwork0.2532 ---
obs0.2654 31979 85.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 135.81 Å2 / Biso mean: 58.836 Å2 / Biso min: 17.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.95 Å20 Å20 Å2
2--2.2 Å2-0 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→35.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5718 0 0 14 5732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195799
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7321.9617862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.886313098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.25784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.61823.478230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.56915934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0041550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4115.763142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4115.7583141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6178.6243924
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.353 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 101 -
Rwork0.404 1958 -
all-2059 -
obs--76.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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