PDB-4nzb: NS9283 bound to Ls-AChBP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nzb

タイトル

NS9283 bound to Ls-AChBP

要素

Acetylcholine-binding protein

キーワード

ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN / NS9283 / AChBP-modulator complex

機能・相同性

機能・相同性情報

synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Olsen, J.A. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural and functional studies of the modulator NS9283 reveal agonist-like mechanism of action at alpha 4 beta 2 nicotinic acetylcholine receptors.
著者: Olsen, J.A. / Ahring, P.K. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M. / Balle, T.

履歴

登録	2013年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月16日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nzb.cif.gz	597.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nzb.ent.gz	498 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nzb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nzb_validation.pdf.gz	631.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nzb_full_validation.pdf.gz	698.9 KB	表示
XML形式データ	4nzb_validation.xml.gz	113 KB	表示
CIF形式データ	4nzb_validation.cif.gz	147.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/4nzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/4nzb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zdgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wip-2 3u8m-3 3u8m-1 3zdg-1 3u8n-3 4zr6-d 3zdg-2 7ndp-1 3wto-d 3u8m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

G: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

F: Acetylcholine-binding protein

H: Acetylcholine-binding protein

I: Acetylcholine-binding protein

J: Acetylcholine-binding protein

K: Acetylcholine-binding protein

L: Acetylcholine-binding protein

M: Acetylcholine-binding protein

N: Acetylcholine-binding protein

O: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

365 kDa, 15 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

G: Acetylcholine-binding protein

F: Acetylcholine-binding protein

H: Acetylcholine-binding protein

I: Acetylcholine-binding protein

J: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
123 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

K: Acetylcholine-binding protein

L: Acetylcholine-binding protein

M: Acetylcholine-binding protein

N: Acetylcholine-binding protein

O: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	231.726, 140.381, 119.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	I-421- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 17分子 GDEABCFHIJKLMNO

#1: タンパク質

Acetylcholine-binding protein / ACh-binding protein / AchBP

分子量: 23862.523 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Great pond snail / 由来: (天然)

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P58154

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 386分子

#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-NSE / 3-[3-(pyridin-3-yl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]benzonitrile / NS9283 分子量: 248.240 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₈N₄O
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1mM Tris, 0.95M (NH3)2SO4, 4% PEG 400, 0.1M NaCl, 2.5% DMSO, pH 8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 101 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX II

/ ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月15日

放射

モノクロメーター: Si[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.68→28.241 Å / Num. all: 105283 / Num. obs: 105283 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 52.68 Å² / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.68-2.82	2.3	0.379	2	0.379	1	87.6
2.82-3	3.7	0.294	2.6	0.294	1	100
3-3.2	3.8	0.173	4.4	0.173	1	100
3.2-3.46	3.8	0.107	7.1	0.107	1	100
3.46-3.79	3.8	0.075	9.8	0.075	1	100
3.79-4.24	3.8	0.06	10.1	0.06	1	100
4.24-4.89	3.8	0.052	13.3	0.052	1	100
4.89-5.99	3.8	0.051	13.1	0.051	1	100
5.99-8.47	3.8	0.045	14.9	0.045	1	100
8.47-28.241	3.7	0.041	14.6	0.041	1	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MxCuBE	/ marccd	データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3ZDG (chains A-E)

3zdg

解像度: 2.68→28.241 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	5277	5.01 %
R_work	0.2067	-	-
obs	0.2084	105263	98.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.3787 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.4447 Å²	-0 Å²	-5.5659 Å²
2-	-	9.5028 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.0581 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→28.241 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23740	0	428	335	24503

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	24710
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.588	33611
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.641	9079
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	3818
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	4287

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	C	1502	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
1	2	B	1502	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
1	3	F	1491	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.11
1	4	G	1497	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.11
1	5	I	1484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.098
1	6	L	1497	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.098
1	7	M	1472	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.099
1	8	N	1502	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.127
1	9	J	1419	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.116
1	10	D	1411	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.135
1	11	O	1419	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.072
1	12	K	1400	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.078
1	13	E	1419	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.084
1	14	A	1419	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079
1	15	H	1419	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.11
2	1	K	65	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
2	2	E	65	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
2	3	A	65	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.13
2	4	H	65	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.087

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.68-2.7104	0.3073	137	0.2858	2520	2657	74
2.7104-2.7423	0.3067	135	0.2685	2871	3006	85
2.7423-2.7757	0.2995	142	0.2735	3115	3257	90
2.7757-2.8108	0.3371	141	0.2715	3218	3359	96
2.8108-2.8478	0.3454	150	0.2551	3405	3555	100
2.8478-2.8867	0.2852	179	0.2386	3394	3573	100
2.8867-2.9279	0.2834	185	0.2558	3378	3563	100
2.9279-2.9716	0.2972	172	0.2521	3401	3573	100
2.9716-3.018	0.2869	173	0.2406	3403	3576	100
3.018-3.0674	0.2647	181	0.2323	3388	3569	100
3.0674-3.1202	0.2954	191	0.227	3367	3558	100
3.1202-3.1769	0.2938	191	0.2251	3337	3528	100
3.1769-3.2379	0.2809	185	0.2329	3412	3597	100
3.2379-3.3039	0.2918	195	0.2337	3354	3549	100
3.3039-3.3756	0.2727	165	0.225	3347	3512	100
3.3756-3.454	0.2371	186	0.2098	3397	3583	100
3.454-3.5402	0.2493	195	0.2092	3406	3601	100
3.5402-3.6358	0.2482	190	0.2073	3340	3530	100
3.6358-3.7425	0.2441	182	0.2046	3409	3591	100
3.7425-3.863	0.2341	190	0.1998	3401	3591	100
3.863-4.0007	0.2309	200	0.1946	3388	3588	100
4.0007-4.1604	0.2025	182	0.1846	3352	3534	100
4.1604-4.3491	0.2232	166	0.1785	3414	3580	100
4.3491-4.5775	0.1942	190	0.1764	3392	3582	100
4.5775-4.863	0.197	169	0.1776	3438	3607	100
4.863-5.2362	0.2153	179	0.1829	3391	3570	100
5.2362-5.7592	0.2281	178	0.1918	3406	3584	100
5.7592-6.5833	0.2396	183	0.2027	3413	3596	100
6.5833-8.2597	0.1904	175	0.1911	3451	3626	100
8.2597-28.2422	0.2277	190	0.2178	3478	3668	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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