PDB-4nyt: L-Ficolin Complexed to Phosphocholine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nyt

タイトル

L-Ficolin Complexed to Phosphocholine

要素

Ficolin-2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Soluble innate immune recognition / Extracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

mannan binding / recognition of apoptotic cell / Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface / Lectin pathway of complement activation / positive regulation of opsonization / opsonization / complement activation, lectin pathway / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / carbohydrate derivative binding / collagen trimer ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Laffly, E. / Gaboriaud, C. / Martin, L. / Thielens, N.

引用

ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2014
タイトル: Human L-ficolin recognizes phosphocholine moieties of pneumococcal teichoic Acid
著者: Vassal-Stermann, E. / Lacroix, M. / Gout, E. / Laffly, E. / Pedersen, C.M. / Martin, L. / Amoroso, A. / Schmidt, R.R. / Zahringer, U. / Gaboriaud, C. / Di Guilmi, A.M. / Thielens, N.M.

履歴

登録	2013年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月24日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nyt.cif.gz	283.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nyt.ent.gz	229.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4nyt_validation.pdf.gz	836.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nyt_full_validation.pdf.gz	858.9 KB	表示
XML形式データ	4nyt_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	4nyt_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/4nyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/4nyt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j0g 2j0h 2j0y 2j1g 2j2p 2j3f 2j3g 2j3o 2j3u
類似構造データ	2j0h-1 2j3f-2 2j3g-1 2j0g-1 4r9j-d 2j3u-1 2j60-d 2j0g-2 2j2p-2 2j5z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (8) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (8) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (8) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Ficolin-2

A: Ficolin-2

B: Ficolin-2

ヘテロ分子

75.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.130, 96.130, 139.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	TYR	TYR	2	C	A	79 - 97	8 - 26
2	1	THR	THR	TYR	TYR	2	B	C	79 - 97	8 - 26
3	1	THR	THR	TYR	TYR	2	A	B	79 - 97	8 - 26
1	2	PRO	PRO	MET	MET	2	C	A	103 - 110	32 - 39
2	2	PRO	PRO	MET	MET	2	B	C	103 - 110	32 - 39
3	2	PRO	PRO	MET	MET	2	A	B	103 - 110	32 - 39
1	3	THR	THR	ARG	ARG	2	C	A	112 - 144	41 - 73
2	3	THR	THR	ARG	ARG	2	B	C	112 - 144	41 - 73
3	3	THR	THR	ARG	ARG	2	A	B	112 - 144	41 - 73
1	4	GLU	GLU	THR	THR	2	C	A	147 - 159	76 - 88
2	4	GLU	GLU	THR	THR	2	B	C	147 - 159	76 - 88
3	4	GLU	GLU	THR	THR	2	A	B	147 - 159	76 - 88
1	5	LEU	LEU	PHE	PHE	2	C	A	166 - 173	95 - 102
2	5	LEU	LEU	PHE	PHE	2	A	B	166 - 173	95 - 102
1	6	GLN	GLN	TYR	TYR	2	C	A	178 - 182	107 - 111
2	6	GLN	GLN	TYR	TYR	2	A	B	178 - 182	107 - 111
1	7	VAL	VAL	ALA	ALA	2	C	A	187 - 191	116 - 120
2	7	VAL	VAL	ALA	ALA	2	A	B	187 - 191	116 - 120
1	8	TYR	TYR	THR	THR	4	C	A	194 - 211	123 - 140
2	8	TYR	TYR	THR	THR	4	A	B	194 - 211	123 - 140
1	9	SER	SER	ASP	ASP	2	C	A	217 - 222	146 - 151
2	9	SER	SER	ASP	ASP	2	A	B	217 - 222	146 - 151
1	10	GLY	GLY	PHE	PHE	2	C	A	230 - 236	159 - 165
2	10	GLY	GLY	PHE	PHE	2	A	B	230 - 236	159 - 165
1	11	GLY	GLY	TYR	TYR	2	C	A	238 - 242	167 - 171
2	11	GLY	GLY	TYR	TYR	2	A	B	238 - 242	167 - 171
1	12	THR	THR	GLY	GLY	2	C	A	247 - 252	176 - 181
2	12	THR	THR	GLY	GLY	2	A	B	247 - 252	176 - 181
3	12	THR	THR	GLY	GLY	2	B	C	247 - 252	176 - 181
1	13	TRP	TRP	PRO	PRO	2	C	A	268 - 287	197 - 216
2	13	TRP	TRP	PRO	PRO	2	A	B	268 - 287	197 - 216
3	13	TRP	TRP	PRO	PRO	2	B	C	268 - 287	197 - 216

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.43333, 0.899702, 0.052547), (-0.706134, -0.375173, 0.600517), (0.56, 0.223117, 0.797884)	91.54861, -27.63839, -12.64726
3	given	(-0.437006, -0.748574, 0.498661), (0.899359, -0.371903, 0.229872), (0.013378, 0.54893, 0.835761)	25.8399, -89.85398, 21.51406

-
タンパク質 , 1種, 3分子 CAB

#1: タンパク質	Ficolin-2 / 37 kDa elastin-binding protein / Collagen/fibrinogen domain-containing protein 2 / EBP-37 / Ficolin- ...37 kDa elastin-binding protein / Collagen/fibrinogen domain-containing protein 2 / EBP-37 / Ficolin-B / Ficolin-beta / Hucolin / L-ficolin / Serum lectin p35 分子量: 24615.219 Da / 分子数: 3 断片: Fibrinogen-like Ligand Binding Domain, Residues 97-313 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCN2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15485

#1: タンパク質

Ficolin-2 / 37 kDa elastin-binding protein / Collagen/fibrinogen domain-containing protein 2 / EBP-37 / Ficolin- ...

分子量: 24615.219 Da / 分子数: 3
断片: Fibrinogen-like Ligand Binding Domain, Residues 97-313
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCN2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15485

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 78分子

#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-PC / PHOSPHOCHOLINE / [りん酸水素2-(トリメチルアミニオ)エチル]アニオン分子量: 184.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₅NO₄P
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	THERE IS A DIFFERENCE BECAUSE IT EXISTS POINTS OF POLYMORPHISM IN L FICOLIN FOR 272 AND 193. THE ...THERE IS A DIFFERENCE BECAUSE IT EXISTS POINTS OF POLYMORPHISM IN L FICOLIN FOR 272 AND 193. THE CDNA USED CORRESPONDS TO ONE WIDESPREAD ALLELE AND THE SEQUENCE IN UNP TO ANOTHER

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 15%(w/v) PEG 8000, 200mM Ca acetate, 0.1M Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97887 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月2日

放射

モノクロメーター: Toroidal mirror Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97887 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 38564 / Num. obs: 38356 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.26	1	99.5
2.26-2.32	1	99.6
2.32-2.39	1	99.7
2.39-2.46	1	99.7
2.46-2.54	1	99.9
2.54-2.63	1	99.7
2.63-2.73	1	99.7
2.73-2.84	1	99.8
2.84-2.97	1	99.9
2.97-3.11	1	99.9
3.11-3.28	1	99.8
3.28-3.48	1	99.8
3.48-3.72	1	99.7
3.72-4.02	1	99.5
4.02-4.4	1	99.6
4.4-4.92	1	99.3
4.92-5.68	1	99.8
5.68-6.96	1	99.5
6.96-9.84	1	99.4
9.84-20	1	80.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→19.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 13.789 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.317 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24293	1795	5 %	RANDOM
R_work	0.21285	-	-	-
all	0.21439	34287	-	-
obs	0.21439	34099	99.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0.02 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5134	0	91	70	5295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	5429
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	4791
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.898	1.927	7365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.331	3.003	10937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.233	5	649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.673	23.552	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.071	15	830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.598	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.187	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.694	0.889	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.694	0.889	2588
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.167	1.328	3239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.167	1.328	3240
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.276	1.071	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.276	1.071	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.973	1.572	4127
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.874	7.55	6248
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.871	7.526	6240
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	C	35	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	1	C	29	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	1	C	29	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	2	B	29	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	3	A	29	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	1	C	117	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	2	B	117	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	3	A	117	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	1	C	195	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
1	2	B	195	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
1	3	A	195	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
1	1	C	112	TIGHT THERMAL	4.52	0.5
1	2	B	112	TIGHT THERMAL	5.39	0.5
1	3	A	112	TIGHT THERMAL	2.48	0.5
1	1	C	195	MEDIUM THERMAL	5.6	2
1	2	B	195	MEDIUM THERMAL	7.21	2
1	3	A	195	MEDIUM THERMAL	3.79	2
2	1	C	61	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
2	2	B	61	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
2	3	A	61	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
2	1	C	41	TIGHT THERMAL	1.97	0.5
2	2	B	41	TIGHT THERMAL	4.83	0.5
2	3	A	41	TIGHT THERMAL	3.58	0.5
2	1	C	61	MEDIUM THERMAL	2.13	2
2	2	B	61	MEDIUM THERMAL	5.22	2
2	3	A	61	MEDIUM THERMAL	4.3	2
3	1	C	315	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
3	2	B	315	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
3	3	A	315	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
3	1	C	192	TIGHT THERMAL	1.82	0.5
3	2	B	192	TIGHT THERMAL	3.28	0.5
3	3	A	192	TIGHT THERMAL	1.69	0.5
3	1	C	315	MEDIUM THERMAL	2.63	2
3	2	B	315	MEDIUM THERMAL	4.36	2
3	3	A	315	MEDIUM THERMAL	2.31	2
4	1	C	127	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
4	2	B	127	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
4	3	A	127	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
4	1	C	77	TIGHT THERMAL	0.88	0.5
4	2	B	77	TIGHT THERMAL	3.34	0.5
4	3	A	77	TIGHT THERMAL	3.13	0.5
4	1	C	127	MEDIUM THERMAL	1.63	2
4	2	B	127	MEDIUM THERMAL	3.93	2
4	3	A	127	MEDIUM THERMAL	2.97	2
5	1	C	87	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
5	1	C	48	TIGHT THERMAL	0.81	0.5
5	1	C	87	MEDIUM THERMAL	1.04	2
6	1	C	59	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
6	1	C	30	TIGHT THERMAL	0.77	0.5
6	1	C	59	MEDIUM THERMAL	1.85	2
7	1	C	33	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
7	1	C	30	TIGHT THERMAL	2.26	0.5
7	1	C	33	MEDIUM THERMAL	2.1	2
8	1	C	244	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
8	1	C	244	MEDIUM THERMAL	0.94	2
9	1	C	51	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
9	1	C	36	TIGHT THERMAL	0.66	0.5
9	1	C	51	MEDIUM THERMAL	1.07	2
10	1	C	43	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
10	1	C	35	TIGHT THERMAL	1.09	0.5
10	1	C	43	MEDIUM THERMAL	1.33	2
11	1	C	56	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
11	1	C	29	TIGHT THERMAL	0.91	0.5
11	1	C	56	MEDIUM THERMAL	0.69	2
12	1	C	35	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
12	2	A	35	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
12	3	B	35	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
12	1	C	29	TIGHT THERMAL	0.76	0.5
12	2	A	29	TIGHT THERMAL	1.26	0.5
12	3	B	29	TIGHT THERMAL	0.79	0.5
12	1	C	35	MEDIUM THERMAL	0.52	2
12	2	A	35	MEDIUM THERMAL	1.46	2
12	3	B	35	MEDIUM THERMAL	1.43	2
13	1	C	215	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
13	2	A	215	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
13	3	B	215	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
13	1	C	117	TIGHT THERMAL	1.13	0.5
13	2	A	117	TIGHT THERMAL	1.34	0.5
13	3	B	117	TIGHT THERMAL	1.34	0.5
13	1	C	215	MEDIUM THERMAL	1.38	2
13	2	A	215	MEDIUM THERMAL	2.07	2
13	3	B	215	MEDIUM THERMAL	1.99	2

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	129	-
R_work	0.25	2456	-
obs	-	-	99.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5202	0.748	-2.5164	1.6896	-1.222	5.3247	0.0043	0.9351	0.6219	-0.2047	0.3148	0.2105	-0.2628	-0.7044	-0.3191	0.2335	-0.0118	-0.0293	0.3778	0.1479	0.1267	41.872	-56.077	15.877
2	12.2415	5.5691	1.7097	23.1549	3.0576	2.535	1.4634	-0.3542	-0.0614	-1.0312	-1.7587	-2.8931	0.069	-0.2286	0.2953	0.3162	0.0631	0.2415	0.6561	0.2746	0.5897	24.158	-26.241	11.277
3	4.1136	0.2889	0.5051	2.2421	-0.4283	1.9687	0.1602	-0.0663	-0.3343	-0.0436	0.2164	0.6599	0.2026	-0.5978	-0.3765	0.2055	-0.0361	-0.0246	0.301	0.1396	0.2611	57.007	-27.843	4.388

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	76 - 287
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	76 - 287
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	72 - 287

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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