PDB-4nyl: Crystal structure of adalimumab FAB fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nyl

タイトル

Crystal structure of adalimumab FAB fragment

要素

Adalimumab Heavy Chain
Adalimumab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin folding / antibody fragment / TNF alpha

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Fan, L.J. / Lv, L.L. / Zhang, Q.J. / Chen, C.L.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of adalimumab FAB fragment
著者: Fan, L.J.

履歴

登録	2013年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年12月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nyl.cif.gz	275 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nyl.ent.gz	217.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nyl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nyl_validation.pdf.gz	481.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nyl_full_validation.pdf.gz	510.5 KB	表示
XML形式データ	4nyl_validation.xml.gz	49.3 KB	表示
CIF形式データ	4nyl_validation.cif.gz	68.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/4nyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/4nyl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4kk5-3 5f6h-4 6z3k-9 1bbj-1 5i19-d 6au5-2 5itf-2 3vfg-d 1bfo-2 1seq-d 6azx-1 5vsh-3 6dwi-7 7dun-d 4r4b-4 6wgj-3 5alc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Adalimumab Light Chain

H: Adalimumab Heavy Chain

B: Adalimumab Light Chain

A: Adalimumab Heavy Chain

D: Adalimumab Light Chain

C: Adalimumab Heavy Chain

F: Adalimumab Light Chain

E: Adalimumab Heavy Chain

192 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: Adalimumab Light Chain

H: Adalimumab Heavy Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Adalimumab Light Chain

A: Adalimumab Heavy Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Adalimumab Light Chain

C: Adalimumab Heavy Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Adalimumab Light Chain

E: Adalimumab Heavy Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.420, 47.048, 168.515
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Adalimumab Light Chain 分子量: 23436.080 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	Adalimumab Heavy Chain 分子量: 24647.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Tris HCl, 20% PEG 3350, 0.2M calcium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97907 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 45174 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 58.05 Å² / R_sym value: 0.195 / Net I/σ(I): 4.96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→42.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.87 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.782 / SU B: 17.446 / SU ML: 0.356 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 6.182 / ESU R Free: 0.534 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.35841	2254	5.1 %	RANDOM
R_work	0.27526	-	-	-
obs	0.27745	42117	87.06 %	-
all	-	44371	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.929 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.27 Å²	0 Å²	-5.07 Å²
2-	-	6.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10486	0	0	2	10488

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	10718
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9390
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.94	14657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.818	3.002	21460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.742	5	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.408	23.546	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.397	15	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.326	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	12476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	198	-
R_work	0.293	3482	-
obs	-	-	99.76 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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