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- PDB-4nyh: Orthorhombic crystal form of pir1 dual specificity phosphatase core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nyh
タイトルOrthorhombic crystal form of pir1 dual specificity phosphatase core
要素RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase
キーワードHYDROLASE / Dual Specificity Phosphatase / Protein tyrosine Phosphatase / P-loop / Protein Tyrosine Phosphatase (PTP)-fold / RNA-RNP COMPLEX-1 / Dephosphorylation / NUCLEUS
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / polynucleotide 5'-phosphatase activity / phosphatase activity / RNA processing / protein dephosphorylation / intercellular bridge / protein tyrosine phosphatase activity / fibrillar center / nuclear speck / mitochondrion ...加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / polynucleotide 5'-phosphatase activity / phosphatase activity / RNA processing / protein dephosphorylation / intercellular bridge / protein tyrosine phosphatase activity / fibrillar center / nuclear speck / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site ...: / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Lokareddy, R.K. / Cingolani, G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structure of Human PIR1, an Atypical Dual-Specificity Phosphatase.
著者: Sankhala, R.S. / Lokareddy, R.K. / Cingolani, G.
履歴
登録2013年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase
B: RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase
C: RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0949
ポリマ－63,7033
非ポリマー3916
水14,970831
1
A: RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3653
ポリマ－21,2341
非ポリマー1302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3653
ポリマ－21,2341
非ポリマー1302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3653
ポリマ－21,2341
非ポリマー1302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.026, 62.723, 178.773
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYARGARGAA24 - 2051 - 182
21GLYGLYARGARGBB24 - 2051 - 182
12ASNASNILEILEAA29 - 2046 - 181
22ASNASNILEILECC29 - 2046 - 181
13ASNASNILEILEBB29 - 2046 - 181
23ASNASNILEILECC29 - 2046 - 181

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase / Dual specificity protein phosphatase 11 / Phosphatase that interacts with RNA/RNP complex 1


分子量: 21234.215 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 29-205 / 変異: C152S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUSP11, PIR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O75319, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 831 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.22 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11.07
シンクロトロンNSLS X6A20.972
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2013年3月19日
ADSC QUANTUM 2702CCD2013年4月19日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.071
20.9721
反射解像度: 1.2→15 Å / Num. all: 163044 / Num. obs: 163044 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.2-1.243.030.482155.2
1.24-1.294.420.393174.9
1.29-1.357.280.323195.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.477 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.059 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16992 8102 5 %RANDOM
Rwork0.13732 ---
all0.1411 163044 --
obs0.13897 153934 90.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.804 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å2-0 Å20 Å2
2---1.02 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4462 0 18 831 5311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.9746222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8783.00210167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7345540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.07123.934244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.25515811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.251536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0215168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.021088
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3531.9132163
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3531.9132162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8542.8782699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8542.8782700
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8722.3532435
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.872.3552432
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5983.3663517
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.96218.826192
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.50617.2455655
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.93839046
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.0515214
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded18.24859554
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A118230.13
12B118230.13
21A115400.12
22C115400.12
31B115790.12
32C115790.12
LS精密化 シェル解像度: 1.201→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 368 -
Rwork0.32 6192 -
obs--51.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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