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万見
- PDB-4nyf: HIV integrase in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nyf
タイトルHIV integrase in complex with inhibitor
要素Integrase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Allosteric Inhibitor / NCINI / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral ...Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4BI / : / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Coulombe, R. / Fader, L.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2014
タイトル: Discovery of BI 224436, a Noncatalytic Site Integrase Inhibitor (NCINI) of HIV-1.
著者: Fader, L.D. / Malenfant, E. / Parisien, M. / Carson, R. / Bilodeau, F. / Landry, S. / Pesant, M. / Brochu, C. / Morin, S. / Chabot, C. / Halmos, T. / Bousquet, Y. / Bailey, M.D. / Kawai, S.H. ...著者: Fader, L.D. / Malenfant, E. / Parisien, M. / Carson, R. / Bilodeau, F. / Landry, S. / Pesant, M. / Brochu, C. / Morin, S. / Chabot, C. / Halmos, T. / Bousquet, Y. / Bailey, M.D. / Kawai, S.H. / Coulombe, R. / LaPlante, S. / Jakalian, A. / Bhardwaj, P.K. / Wernic, D. / Schroeder, P. / Amad, M. / Edwards, P. / Garneau, M. / Duan, J. / Cordingley, M. / Bethell, R. / Mason, S.W. / Bos, M. / Bonneau, P. / Poupart, M.A. / Faucher, A.M. / Simoneau, B. / Fenwick, C. / Yoakim, C. / Tsantrizos, Y.
履歴
登録2013年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1797
ポリマ－36,3452
非ポリマー8345
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.770, 62.450, 81.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Integrase / IN


分子量: 18172.668 Da / 分子数: 2 / 断片: Integrase catalytic domain residues 1199-1357 / 変異: C56S, W131D, F139D, F185K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0C6F2, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-4BI / (2S)-tert-butoxy[4-(4-chlorophenyl)-2-methylquinolin-3-yl]ethanoic acid


分子量: 383.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22ClNO3
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.09 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.2 -1.5 M Ammonium Sulfate, 100mM Na citrate pH 5.6, 50mM Cadmium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 24718 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.9760.5923971.007199.4
1.97-2.056.90.43124341.01199.8
2.05-2.147.20.31624380.995199.8
2.14-2.257.30.24824231.0171100
2.25-2.397.30.20524730.9831100
2.39-2.587.30.16224360.9741100
2.58-2.847.30.16324751.1671100
2.84-3.257.40.0824751.0011100
3.25-4.097.30.05325221.0481100
4.09-4070.04726451.048199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNX位相決定
CNX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EXQ

1exq


解像度: 1.9→40 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.8 / FOM work R set: 0.8696 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 2434 9.9 %
Rwork0.2007 --
obs-24566 99.8 %
原子変位パラメータBiso max: 67.83 Å2 / Biso mean: 25.1095 Å2 / Biso min: 10.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.063 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.023 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2220 0 31 168 2419
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_deg0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.072
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2282
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4162.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 48

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.9-1.910.3119540.2824446500
1.91-1.930.3597470.279445492
1.93-1.940.375460.2655457503
1.94-1.960.2956650.2393437502
1.96-1.970.2641580.2406446504
1.97-1.990.2583590.2283453512
1.99-20.2619490.2149433482
2-2.020.2333540.2071457511
2.02-2.040.2085500.1948452502
2.04-2.050.2193410.1962470511
2.05-2.070.3192560.2114446502
2.07-2.090.1738290.1911480509
2.09-2.110.2204470.1811450497
2.11-2.130.2282520.2039458510
2.13-2.150.2116450.2022466511
2.15-2.170.2365490.1975433482
2.17-2.20.2205540.1889479533
2.2-2.220.2562520.1807452504
2.22-2.250.1997560.1943443499
2.25-2.270.2738440.2008461505
2.27-2.30.2423500.2014455505
2.3-2.330.2526480.1893473521
2.33-2.360.199480.1876445493
2.36-2.390.2172490.1944470519
2.39-2.430.2338540.1954459513
2.43-2.460.2107400.1824463503
2.46-2.50.1476430.1733465508
2.5-2.540.2486500.1967454504
2.54-2.590.2688460.1877475521
2.59-2.630.2491510.1983454505
2.63-2.690.2753510.2324438489
2.69-2.740.2152590.2443436495
2.74-2.80.2022520.1882467519
2.8-2.860.2257500.1603461511
2.86-2.940.2057490.1789457506
2.94-3.020.2489440.2016487531
3.02-3.10.149520.1841453505
3.1-3.20.2048630.1824466529
3.2-3.320.2229500.1993462512
3.32-3.450.2318490.1917470519
3.45-3.610.1981550.1624459514
3.61-3.80.1998600.1773463523
3.8-4.040.1414350.1796493528
4.04-4.350.1756550.1787473528
4.35-4.790.2334520.182480532
4.79-5.480.2204560.2288478534
5.48-6.890.2505500.2775500550
6.89-400.2181660.2361512578
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5bi.parbi.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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