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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nxc | ||||||
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タイトル | SPERM WHALE MYOGLOBIN UNDER 30 BAR NITROUS Oxide | ||||||
要素 | Myoglobin | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / GLOBIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Colloc'h, N. / Prange, T. / Vallone, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Anesthesiology / 年: 2014 タイトル: Crystallographic Studies with Xenon and Nitrous Oxide Provide Evidence for Protein-dependent Processes in the Mechanisms of General Anesthesia 著者: Abraini, J.H. / Marassio, G. / David, H.N. / Vallone, B. / Prange, T. / Colloc'h, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nxc.cif.gz | 48.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4nxc.ent.gz | 32.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nxc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4nxc_validation.pdf.gz | 841.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4nxc_full_validation.pdf.gz | 845.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4nxc_validation.xml.gz | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4nxc_validation.cif.gz | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/4nxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/4nxc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 17366.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physeter catodon (マッコウクジラ) / 参照: UniProt: P02185 |
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-非ポリマー , 5種, 63分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-N2O / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.94 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: バッチ法 / pH: 7 詳細: 50mM potassium phosphate, saturated ammonium sulphate., pH 7, BATCH, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月22日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.55 Å / Num. obs: 18602 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 2643 / Rsym value: 0.258 / % possible all: 93.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2JHO 解像度: 1.55→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 1.629 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.289 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→20 Å
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拘束条件 |
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