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- PDB-4nwl: Crystal structure of hepatis c virus protease (ns3) complexed wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nwl
タイトルCrystal structure of hepatis c virus protease (ns3) complexed with bms-650032 aka n-(tert-butoxycarbonyl)-3-me thyl-l-valyl-(4r)-4-((7-chloro-4-methoxy-1-isoquinolinyl)o xy)-n-((1r,2s)-1-((cyclopropylsulfonyl)carbamoyl)-2-vinylc yclopropyl)-l-prolinamide
要素HCV NS3 1a Protease
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b ...Thrombin, subunit H - #120 / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2R9 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Muckelbauer, J.K. / Klei, H.E.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Discovery and Early Clinical Evaluation of BMS-605339, a Potent and Orally Efficacious Tripeptidic Acylsulfonamide NS3 Protease Inhibitor for the Treatment of Hepatitis C Virus Infection.
著者: Scola, P.M. / Wang, A.X. / Good, A.C. / Sun, L.Q. / Combrink, K.D. / Campbell, J.A. / Chen, J. / Tu, Y. / Sin, N. / Venables, B.L. / Sit, S.Y. / Chen, Y. / Cocuzza, A. / Bilder, D.M. / ...著者: Scola, P.M. / Wang, A.X. / Good, A.C. / Sun, L.Q. / Combrink, K.D. / Campbell, J.A. / Chen, J. / Tu, Y. / Sin, N. / Venables, B.L. / Sit, S.Y. / Chen, Y. / Cocuzza, A. / Bilder, D.M. / D'Andrea, S. / Zheng, B. / Hewawasam, P. / Ding, M. / Thuring, J. / Li, J. / Hernandez, D. / Yu, F. / Falk, P. / Zhai, G. / Sheaffer, A.K. / Chen, C. / Lee, M.S. / Barry, D. / Knipe, J.O. / Li, W. / Han, Y.H. / Jenkins, S. / Gesenberg, C. / Gao, Q. / Sinz, M.W. / Santone, K.S. / Zvyaga, T. / Rajamani, R. / Klei, H.E. / Colonno, R.J. / Grasela, D.M. / Hughes, E. / Chien, C. / Adams, S. / Levesque, P.C. / Li, D. / Zhu, J. / Meanwell, N.A. / McPhee, F.
#1: ジャーナル: CRYST.GROWTH DES. / 年: 2011
タイトル: Image annotation and database mining to create a novel screen for the chemotype-dependent crystallization of HCV NS3 protease
著者: Klei, H.E. / Kish, K. / Russo, M.F. / Michalczyk, S.J. / Cahn, M.H. / Tredup, J. / Chang, C. / Khan, J. / Baldwin, E.T.
履歴
登録2013年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Non-polymer description
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HCV NS3 1a Protease
B: HCV NS3 1a Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1506
ポリマ－46,5232
非ポリマー1,6274
水2,018112
1
A: HCV NS3 1a Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0753
ポリマ－23,2611
非ポリマー8142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HCV NS3 1a Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0753
ポリマ－23,2611
非ポリマー8142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.412, 67.761, 61.307
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HCV NS3 1a Protease


分子量: 23261.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein crystallized is a single-chain construct of protease domain of hepatitis C virus NS3/4A, with cofactor 4A covalently linked at the N-terminus.
由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 株: 1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8DG50
#2: 化合物 ChemComp-2R9 / N-(tert-butoxycarbonyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-[(7-chloro-4-methoxyisoquinolin-1-yl)oxy]-N-{(1R,2S)-1-[(cyclopropylsulfonyl)carbamoyl]-2-ethenylcyclopropyl}-L-prolinamide / Asunaprevir / アスナプレビル


分子量: 748.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H46ClN5O9S / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The cofactor 4A residues -10-0(GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) in this entry ...The cofactor 4A residues -10-0(GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) in this entry correspond to residues numbering 1678-1688 of database sequence reference (UNP A8DG50). This peptide is covalently linked to the N-terminus of NS3 via LINKER (SER GLY ASP THR). C1679S mutation was engineered to prevent disulfide formation. The V1686I and I1687N were engineered to optimize the linker between the cofactor 4A and NS3.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.04 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
21.5411
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 17859 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.055 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.2→4.74 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Mean I/σ(I) obs: 17.7 / Num. unique all: 1847 / Χ2: 1.051 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
CNX2005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→36.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 1162918 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 623 3.5 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.248 17845 99 %-
all-17845 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.6814 Å2 / ksol: 0.3795 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 60.42 Å2 / Biso mean: 22.2232 Å2 / Biso min: 5.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.28 Å20 Å22.41 Å2
2---2.86 Å20 Å2
3----5.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2876 0 104 112 3092
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.52
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.392.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 69 3.3 %
Rwork0.292 2053 -
all-2122 -
obs--95.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMLIGAND.TOP
X-RAY DIFFRACTION5LIGAND.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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