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万見
- PDB-4nw5: Rsk2 N-terminal kinase in complex with 2-amino-7-substituted benz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nw5
タイトルRsk2 N-terminal kinase in complex with 2-amino-7-substituted benzoxazole compound 8
要素Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / CREB phosphorylation / TORC1 signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / RSK activation / toll-like receptor signaling pathway / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 ...regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / CREB phosphorylation / TORC1 signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / RSK activation / toll-like receptor signaling pathway / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 / central nervous system development / skeletal system development / positive regulation of cell differentiation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / positive regulation of cell growth / response to lipopolysaccharide / chemical synaptic transmission / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / synapse / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / magnesium ion binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6 kinase alpha-3, C-terminal catalytic domain / Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Ribosomal protein S6 kinase alpha-3, C-terminal catalytic domain / Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2NR / Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Appleton, B.A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: 2-Amino-7-substituted benzoxazole analogs as potent RSK2 inhibitors.
著者: Costales, A. / Mathur, M. / Ramurthy, S. / Lan, J. / Subramanian, S. / Jain, R. / Atallah, G. / Setti, L. / Lindvall, M. / Appleton, B.A. / Ornelas, E. / Feucht, P. / Warne, B. / Doyle, L. / ...著者: Costales, A. / Mathur, M. / Ramurthy, S. / Lan, J. / Subramanian, S. / Jain, R. / Atallah, G. / Setti, L. / Lindvall, M. / Appleton, B.A. / Ornelas, E. / Feucht, P. / Warne, B. / Doyle, L. / Basham, S.E. / Aronchik, I. / Jefferson, A.B. / Shafer, C.M.
履歴
登録2013年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6292
ポリマ－37,2051
非ポリマー4241
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.830, 60.540, 112.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein S6 kinase alpha-3 / S6K-alpha-3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / p90RSK3 / Insulin-stimulated ...S6K-alpha-3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / p90RSK3 / Insulin-stimulated protein kinase 1 / ISPK-1 / MAP kinase-activated protein kinase 1b / MAPK-activated protein kinase 1b / MAPKAP kinase 1b / MAPKAPK-1b / Ribosomal S6 kinase 2 / RSK-2 / pp90RSK2


分子量: 37204.988 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 39-359) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KA3, ISPK1, MAPKAPK1B, RSK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P51812, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-2NR / 7-(2-fluoro-6-methoxyphenyl)-N-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-1,3-benzoxazol-2-amine


分子量: 424.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21FN2O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 7-8 mg/mL protein mixed 1:1:0.5 with 12-24% PEG3350 plus 100 mM sodium malonate pH 5-7 and microseeds, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→47.04 Å / Num. obs: 26981 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 22.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.724 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2645 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
PROCESSデータ削減
PROCESSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→47.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9455 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9249 / SU R Cruickshank DPI: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2187 1325 4.95 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.1752 26757 99.79 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7872 Å20 Å20 Å2
2--3.3506 Å20 Å2
3----2.5634 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.208 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→47.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2455 0 31 213 2699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012573HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.023466HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d927SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes54HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes403HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2573HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.29
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion314SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3132SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.94→2.02 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2453 150 5.05 %
Rwork0.1951 2818 -
all0.1976 2968 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.036-2.79081.571700.99083.02930.003-0.03550.03890.46410.014-0.2161-0.1623-0.1075-0.017-0.00260.0099-0.1270.01390.0056-0.044413.3464-15.006-41.5312
21.3809-0.43690.11241.08990.74083.7050.06630.21520.059-0.22080.00820.0424-0.22170.402-0.0745-0.0433-0.03090.00660.0766-0.0295-0.1498-8.4796-2.4359-29.3209
31.18590.2633-0.05390.92970.26820.7356-0.07990.0123-0.04380.0080.0704-0.00730.0466-0.00090.0095-0.05610.0032-0.00490.0244-0.0013-0.0997-12.2541.7858-4.5692
40.1309-2.1158-0.40291.75670.37911.01390.00990.0126-0.047-0.054-0.0244-0.02960.11870.08030.01450.02770.03570.03590.1073-0.0651-0.1376-52.4891-9.5645-30.8231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|51 - A|61 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|62 - A|151 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|152 - A|346 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|354 - A|359 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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