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- PDB-4nuz: Crystal structure of a glycosynthase mutant (D233Q) of EndoS, an ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nuz
タイトルCrystal structure of a glycosynthase mutant (D233Q) of EndoS, an endo-beta-N-acetyl-glucosaminidase from Streptococcus pyogenes
要素Endo-beta-N-acetylglucosaminidase F2
キーワードHYDROLASE / glycosynthase / endo-beta-N-acetylglucosaminidase S / endoglycosidase S / immunoglobulin G
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.905 Å
データ登録者Trastoy, B. / Guenther, S. / Snyder, G.A. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of Streptococcus pyogenes EndoS, an immunomodulatory endoglycosidase specific for human IgG antibodies.
著者: Trastoy, B. / Lomino, J.V. / Pierce, B.G. / Carter, L.G. / Gunther, S. / Giddens, J.P. / Snyder, G.A. / Weiss, T.M. / Weng, Z. / Wang, L.X. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2013年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase F2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5432
ポリマ－101,5031
非ポリマー401
水15,277848
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.769, 96.388, 141.545
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endo-beta-N-acetylglucosaminidase F2


分子量: 101503.344 Da / 分子数: 1 / 変異: D233Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: endoS, M5005_Spy1540 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q48WW7, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 848 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: liquid diffusion
詳細: Crystals were grown through liquid-liquid diffusion using the Crystal Former from Microlytic, 20% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.2 M Lithium acetate at 298 K , LIQUID DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.979340, 0.97870, 0.91837, 0.97951
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月19日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979341
20.97871
30.918371
40.979511
反射解像度: 1.905→30 Å / Num. obs: 98581 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.85-3.28195.4
2.55-2.84197.8
2.33-2.54199
2.16-2.32199.4
2.02-2.15199.5
1.9-2.01195.2

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
RESOLVE2.13位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JBluIce-EPICSデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.905→29.685 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8279 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2346 1984 2.02 %RANDOM
Rwork0.1923 ---
obs0.1932 98436 98.7 %-
all-98436 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.33 Å2 / Biso mean: 38.5665 Å2 / Biso min: 11.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.905→29.685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7047 0 1 848 7896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0167189
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5089718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1111069
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081258
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5032716
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9046-1.95220.36411430.31256549669295
1.9522-2.0050.32061360.27769197055100
2.005-2.0640.29571470.247168947041100
2.064-2.13060.27151450.237668326977100
2.1306-2.20670.2771370.220769427079100
2.2067-2.29510.24721400.207469227062100
2.2951-2.39950.2681430.199369037046100
2.3995-2.52590.25141400.198769327072100
2.5259-2.68410.24651460.195169407086100
2.6841-2.89110.2441410.19196908704999
2.8911-3.18180.22711460.19416888703499
3.1818-3.64150.23251360.18046842697897
3.6415-4.58520.20071410.16496872701397
4.5852-29.68850.20141430.17637109725297
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.414-0.7961-0.39521.89290.32951.6750.18360.3637-0.3165-0.2104-0.19560.3141-0.038-0.3247-0.00660.14640.0378-0.05980.2379-0.08120.1947-14.5717104.8124194.7038
20.1344-0.0528-0.3270.1030.30961.86150.07490.04760.0701-0.14690.1108-0.0648-0.28430.0815-0.16280.3057-0.02970.06170.188-0.03290.324725.2228109.888169.8725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:445)A4 - 445
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 446:890)A446 - 890

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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